目的利用生物信息學(xué)分析方法,通過對(duì)腫瘤基因組圖譜（the Cancer Genome Atlas, TCGA）數(shù)據(jù)庫中存儲(chǔ)的子宮頸癌測序數(shù)據(jù)及臨床資料進(jìn)行分析,試圖去識(shí)別子宮頸癌預(yù)后相關(guān)的lncRNA,彌補(bǔ)目前l(fā)ncRNA在子宮頸癌上研究的不足。方法 TCGA數(shù)據(jù)庫官網(wǎng)下載子宮頸癌轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)及臨床資料,篩選子宮頸癌與正常組織的差異lncRNA,利用Kaplan-Meier生存分析和單因素Cox分析初步篩選與患者預(yù)后相關(guān)的lncRNA基因集,采用多因素Cox法對(duì)初步篩選的lncRNA基因集構(gòu)建與子宮頸癌患者預(yù)后相關(guān)的基因模型,對(duì)在基因模型中具有顯著性的lncRNA進(jìn)行靶基因的功能注釋。結(jié)果首先篩選出子宮頸癌與正常組織差異的lncRNA 292個(gè),利用Kaplan-Meier生存分析和單因素Cox分析初步篩選與患者預(yù)后具有相關(guān)lncRNA 8個(gè),利用多因素Cox模型構(gòu)建患者預(yù)后相關(guān)的7個(gè)lncRNA構(gòu)成預(yù)測模型,AUC值為0.714,模型具有可靠性。結(jié)論共篩選出7個(gè)與子宮頸癌預(yù)后相關(guān)的lncRNA,其中有4個(gè)lncRNA在子宮頸癌中尚未涉及,為今后進(jìn)行相關(guān)研究提供方向。 

【文章來源】：臨床與實(shí)驗(yàn)病理學(xué)雜志. 2020,36(10)北大核心

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

差異lncRNA火山圖:紅色表示上調(diào)的lncRNA,綠色表示下調(diào)的lncRNA

表1 Kaplan-Meier與單因素Cox生存分析篩選出的8個(gè)顯著差異的lncRNA lncRNA 差異倍數(shù) 矯正后P值(差異) P值(KM) P值(unicoX) DLEU1 1.442 0.034 0.013 6 0.005 2 LINC00908 -4.144 1.086E-10 0.048 5 0.025 5 LINC00702 -3.655 2.222E-09 0.005 4 0.011 7 LINC01337 5.750 0.011 0.045 3 0.008 9 CASC15 1.644 0.033 0.004 3 0.007 1 LINC00484 -2.508 3.66E-05 0.001 3 0.041 8 UNQ6494 -2.147 0.009 0.027 7 0.016 2 LINC01305 7.345 0.019 0.001 39 0.002 3 差異倍數(shù)．對(duì)腫瘤比正常組織的差異倍數(shù)log2值圖3 7個(gè)lncRNA構(gòu)建的預(yù)后模型

7個(gè)lncRNA構(gòu)建的預(yù)后模型


本文編號(hào)：2975492