目的:從拷貝數(shù)異常的角度出發(fā),探討細(xì)胞周期相關(guān)基因在高級(jí)別漿液性卵巢癌發(fā)生及發(fā)展中的作用,從中挖掘出影響該疾病預(yù)后的靶基因,為今后臨床治療上藥物的選擇及研發(fā)提供參考。方法:1.從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得高級(jí)別漿液性卵巢癌病例的差異表達(dá)基因。2.從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得高級(jí)別漿液性卵巢癌病例的拷貝數(shù)變異基因。3.從GO、KEGG、REACTOME、BIOCARTA數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出與細(xì)胞周期相關(guān)的通路與基因。4.將高級(jí)別漿液性卵巢癌病例中與細(xì)胞周期相關(guān),同時(shí)發(fā)生了拷貝數(shù)變異及差異表達(dá)的基因進(jìn)行整合。5.結(jié)合生存曲線獲得影響該疾病發(fā)生及發(fā)展的靶基因。結(jié)果:1.從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中以P值10^-9為截值篩選得到827個(gè)腫瘤中顯著上調(diào)的基因;950個(gè)腫瘤中顯著下調(diào)的基因。2.從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中以突變頻率10%為截值篩選出拷貝數(shù)擴(kuò)增（AMP）基因共1999個(gè);拷貝數(shù)缺失（DEL）基因共47個(gè)。3.從GO、KEGG、REACTOME和BIOCARTA數(shù)據(jù)庫(kù)中確定了178條與細(xì)胞周期相關(guān)的通路,共包含3213個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)的基因。4.整合以上數(shù)據(jù),篩選得到36個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān),同時(shí)發(fā)生了拷貝數(shù)... 

【文章來(lái)源】：南昌大學(xué)江西省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：51 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

整合了4個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的178條通路及3213個(gè)基因

第3章實(shí)驗(yàn)結(jié)果9第3章實(shí)驗(yàn)結(jié)果3.1細(xì)胞周期相關(guān)基因的篩選為了探討與細(xì)胞周期相關(guān)基因在高級(jí)別漿液性卵巢癌發(fā)生及發(fā)展中的作用，我們從GO、KEGG、REACTOME和BIOCARTA數(shù)據(jù)庫(kù)中確定了178條與細(xì)胞周期相關(guān)的通路，共包含3213個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)的基因(圖1)。其中GO數(shù)據(jù)庫(kù)中存在141條與細(xì)胞周期相關(guān)的通路，共包含3011個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)的基因集合；KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中存在3條與細(xì)胞周期相關(guān)的通路，共包含213個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)的基因集合；REACTOME數(shù)據(jù)庫(kù)中存在30條與細(xì)胞周期相關(guān)的通路，共包含638個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)的基因集合；BIOCARTA數(shù)據(jù)庫(kù)中存在4條與細(xì)胞周期相關(guān)的通路，共包含63個(gè)與細(xì)胞周期相關(guān)的基因集合。我們發(fā)現(xiàn)，在不同數(shù)據(jù)庫(kù)中的各個(gè)基因之間均存在著交集(圖2)。圖1.整合了4個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的178條通路及3213個(gè)基因圖2.4個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的與細(xì)胞周期相關(guān)基因的情況

第3章實(shí)驗(yàn)結(jié)果103.2細(xì)胞周期相關(guān)基因的整合為研究和分析高級(jí)別漿液性卵巢癌患者中異常表達(dá)的基因，本研究利用兩個(gè)大型數(shù)據(jù)庫(kù)，即GEO數(shù)據(jù)庫(kù)和TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)，設(shè)計(jì)了一整套生物信息學(xué)的篩選流程，整體的篩選思路可見(jiàn)流程圖(圖3)。首先，從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了拷貝數(shù)變異基因共40516個(gè)；從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了差異表達(dá)基因共13294個(gè)。之后，從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中以突變頻率10％為截值篩選出了拷貝數(shù)擴(kuò)增(AMP)基因共1999個(gè)；拷貝數(shù)缺失(DEL)基因共47個(gè)。同時(shí)，從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中以P值10-9為截值篩選得到了827個(gè)腫瘤中顯著上調(diào)的基因；950個(gè)腫瘤中顯著下調(diào)的基因。整合以上數(shù)據(jù)，最終確定了36個(gè)與高級(jí)別漿液性卵巢癌細(xì)胞周期相關(guān)的，同時(shí)發(fā)生了拷貝數(shù)變異和差異表達(dá)的基因。這36個(gè)基因全部來(lái)自于拷貝數(shù)擴(kuò)增組(圖4A)，來(lái)自拷貝數(shù)缺失組的基因?yàn)?個(gè)(圖4B)。這說(shuō)明部分高級(jí)別漿液性卵巢癌的發(fā)生主要是通過(guò)拷貝數(shù)擴(kuò)增導(dǎo)致差異表達(dá)基因的上調(diào)從而影響到細(xì)胞周期造成的。圖3.數(shù)據(jù)篩選流程圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]甲狀腺癌細(xì)針穿刺組織中S100A13、FOXA1表達(dá)量與細(xì)胞周期、細(xì)胞侵襲的相關(guān)性[J]. 殷月玲,于曉東.  海南醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2018(01)
[2]微小RNA-141對(duì)肝癌細(xì)胞增殖、凋亡及細(xì)胞周期的影響[J]. 陳淑英,張敬軍,林勇.  中華肝膽外科雜志. 2017 (06)
[3]乳鐵蛋白對(duì)口腔癌細(xì)胞中VEGF和bFGF表達(dá)的影響[J]. 霍安.  北華大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(05)
[4]miR-125a-5p對(duì)胰腺癌細(xì)胞增殖、凋亡和細(xì)胞周期的影響[J]. 賈叢偉,孫洋,張婷婷,盧朝輝,陳杰.  中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報(bào). 2016(04)
[5]1990年與2013年中國(guó)人群肝癌疾病負(fù)擔(dān)研究[J]. 王黎君,殷鵬,劉韞寧,劉江美,齊金蕾,周脈耕.  中華流行病學(xué)雜志. 2016 (06)
[6]長(zhǎng)鏈非編碼RNAPVT1對(duì)膀胱癌細(xì)胞株UMUC-3增殖、凋亡細(xì)胞周期作用研究[J]. 李偉聰,鄭灶松,謝文練.  嶺南急診醫(yī)學(xué)雜志. 2016(02)
[7]CXCR4 shRNA對(duì)U87膠質(zhì)瘤細(xì)胞周期和凋亡的影響[J]. 袁宏,馮虎,家秀秀,姚曉晴,王溪.  中國(guó)熱帶醫(yī)學(xué). 2015(01)
[8]siRNA抑制CDK6表達(dá)影響鼻咽癌細(xì)胞增殖和細(xì)胞周期進(jìn)展[J]. 羅小鵬,夏瓊,覃繼新,黃永秩,劉津,王瑩,王懷飛,陳家軍.  南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2014(07)
[9]Epithelial ovarian cancer:An overview[J]. Arpita Desai,Jingyao Xu,Kartik Aysola,Yunlong Qin,Chika Okoli,Ravipati Hariprasad,Ugorji Chinemerem,Candace Gates,Avinash Reddy,Omar Danner,Geary Franklin,Anachebe Ngozi,Guilherme Cantuaria,Karan Singh,William Grizzle,Charles Landen,Edward E Partridge,Valerie Montgomery Rice,E Shyam P Reddy,Veena N Rao.  World Journal of Translational Medicine. 2014(01)
[10]細(xì)胞周期與腫瘤轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)[J]. 詹啟敏,陳杰.  中國(guó)腫瘤臨床. 2014(01)



本文編號(hào)：2955467