目的:從拷貝數(shù)異常的角度出發(fā),探討細胞周期相關基因在高級別漿液性卵巢癌發(fā)生及發(fā)展中的作用,從中挖掘出影響該疾病預后的靶基因,為今后臨床治療上藥物的選擇及研發(fā)提供參考。方法:1.從GEO數(shù)據(jù)庫中獲得高級別漿液性卵巢癌病例的差異表達基因。2.從TCGA數(shù)據(jù)庫中獲得高級別漿液性卵巢癌病例的拷貝數(shù)變異基因。3.從GO、KEGG、REACTOME、BIOCARTA數(shù)據(jù)庫中篩選出與細胞周期相關的通路與基因。4.將高級別漿液性卵巢癌病例中與細胞周期相關,同時發(fā)生了拷貝數(shù)變異及差異表達的基因進行整合。5.結合生存曲線獲得影響該疾病發(fā)生及發(fā)展的靶基因。結果:1.從GEO數(shù)據(jù)庫中以P值10^-9為截值篩選得到827個腫瘤中顯著上調(diào)的基因;950個腫瘤中顯著下調(diào)的基因。2.從TCGA數(shù)據(jù)庫中以突變頻率10%為截值篩選出拷貝數(shù)擴增（AMP）基因共1999個;拷貝數(shù)缺失（DEL）基因共47個。3.從GO、KEGG、REACTOME和BIOCARTA數(shù)據(jù)庫中確定了178條與細胞周期相關的通路,共包含3213個與細胞周期相關的基因。4.整合以上數(shù)據(jù),篩選得到36個與細胞周期相關,同時發(fā)生了拷貝數(shù)... 

【文章來源】：南昌大學江西省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：51 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

整合了4個數(shù)據(jù)庫中的178條通路及3213個基因

第3章實驗結果9第3章實驗結果3.1細胞周期相關基因的篩選為了探討與細胞周期相關基因在高級別漿液性卵巢癌發(fā)生及發(fā)展中的作用，我們從GO、KEGG、REACTOME和BIOCARTA數(shù)據(jù)庫中確定了178條與細胞周期相關的通路，共包含3213個與細胞周期相關的基因(圖1)。其中GO數(shù)據(jù)庫中存在141條與細胞周期相關的通路，共包含3011個與細胞周期相關的基因集合；KEGG數(shù)據(jù)庫中存在3條與細胞周期相關的通路，共包含213個與細胞周期相關的基因集合；REACTOME數(shù)據(jù)庫中存在30條與細胞周期相關的通路，共包含638個與細胞周期相關的基因集合；BIOCARTA數(shù)據(jù)庫中存在4條與細胞周期相關的通路，共包含63個與細胞周期相關的基因集合。我們發(fā)現(xiàn)，在不同數(shù)據(jù)庫中的各個基因之間均存在著交集(圖2)。圖1.整合了4個數(shù)據(jù)庫中的178條通路及3213個基因圖2.4個數(shù)據(jù)庫收錄的與細胞周期相關基因的情況

第3章實驗結果103.2細胞周期相關基因的整合為研究和分析高級別漿液性卵巢癌患者中異常表達的基因，本研究利用兩個大型數(shù)據(jù)庫，即GEO數(shù)據(jù)庫和TCGA數(shù)據(jù)庫，設計了一整套生物信息學的篩選流程，整體的篩選思路可見流程圖(圖3)。首先，從TCGA數(shù)據(jù)庫中下載了拷貝數(shù)變異基因共40516個；從GEO數(shù)據(jù)庫中下載了差異表達基因共13294個。之后，從TCGA數(shù)據(jù)庫中以突變頻率10％為截值篩選出了拷貝數(shù)擴增(AMP)基因共1999個；拷貝數(shù)缺失(DEL)基因共47個。同時，從GEO數(shù)據(jù)庫中以P值10-9為截值篩選得到了827個腫瘤中顯著上調(diào)的基因；950個腫瘤中顯著下調(diào)的基因。整合以上數(shù)據(jù)，最終確定了36個與高級別漿液性卵巢癌細胞周期相關的，同時發(fā)生了拷貝數(shù)變異和差異表達的基因。這36個基因全部來自于拷貝數(shù)擴增組(圖4A)，來自拷貝數(shù)缺失組的基因為0個(圖4B)。這說明部分高級別漿液性卵巢癌的發(fā)生主要是通過拷貝數(shù)擴增導致差異表達基因的上調(diào)從而影響到細胞周期造成的。圖3.數(shù)據(jù)篩選流程圖

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