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Mate pair文庫測序在染色體相互易位PGD中的應用

發(fā)布時間:2019-10-25 09:10
【摘要】:研究背景染色體平衡易位是染色體結構重排的一種,發(fā)生率約為1/625,其攜帶者通常沒有明顯的表型異常,但與反復流產、死胎、死產、新生兒精神發(fā)育遲緩及其他先天畸形等不良妊娠結局密切相關。導致反復流產的染色體平衡易位最多見的是染色體相互易位及羅伯遜易位。理論上染色體相互易位攜帶者減數分裂形成正常配子的概率為1:18,羅伯遜易位攜帶者形成正常配子的概率為1:6,所以通常建議所有的染色體平衡易位攜帶者做產前診斷。準備用輔助生殖技術(assisted reproductive technology, ART)進行助孕治療的夫妻,若一方存在染色體平衡易位,則建議其行胚胎植入前遺傳學診斷(preimplantation genetic diagnosis, PGD)。可以通過免疫熒光原位雜交(fluorescence in situ hybridization, FISH)、聚合酶鏈反應技術(polymerase chain reaction, PCR)、陣列-比較基因組雜交(array comparative genomic hybridization, aCGH)、單核苷酸多態(tài)性分析(single nucleotide polymorphism, SNP)對染色體平衡易位攜帶者的胚胎進行PGD,目前大多數國內生殖中心多采用aCGH及SNP array技術。以二代測序技術(next generation sequencing, NGS)為基礎的拷貝數變異測序(copy number variation sequencing, CNV-Seq)以其高通量、高靈敏度、低成本在PGD以及植入前遺傳學篩查(preimplantation genetic screening, PGS)中逐漸體現出其優(yōu)勢,不僅可以篩查胚胎的整倍體性,還可以檢測出基因拷貝數變異(copy number variations, CNVs)。鑒別染色體平衡易位攜帶者胚胎是正常胚胎還是染色體平衡易位胚胎,是染色體平衡易位攜帶者PGD的難點,目前的普遍做法是移植整倍體胚胎,不進行進一步鑒別,若將染色體平衡易位胚胎進行移植,其出生后仍存在和親代同樣的生育問題。因此,本實驗通過CNV-Seq技術對染色體平衡易位攜帶者進行PGD,驗證其效能的同時,采用mate pair文庫測序聯合PCR方法對正常胚胎以及平衡易位胚胎進行鑒別,為染色體平衡易位攜帶者PGD提供新的有效方法。研究目的1.證實以NGS為基礎的CNV-Seq技術在染色體平衡易位攜帶者PGD中的有效性;2.建立并優(yōu)化通過mate pair文庫測序區(qū)分染色體相互易位胚胎和正常胚胎的操作流程;3.驗證mate pair文庫測序聯合PCR鑒別染色體相互易位胚胎和正常胚胎的準確性;4.通過篩選后移植正常胚胎提高染色體相互易位攜帶者妊娠率。研究方法1.將納入病例女方予控制性超促排卵(controlled ovarian hyperstimulation, COH),卵泡達到取卵要求時陰道B超監(jiān)測下取卵,取卵日男方采集精液,經處理后行卵胞漿內單精子注射(intracytoplasmic sperm injection, ICSI),形成受精卵培養(yǎng),對卵裂球或囊胚期滋養(yǎng)層細胞進行活檢;2.胚胎細胞活檢,行全基因組擴增(whole genome amplification, WGA),測序,篩選出拷貝數正常胚胎;3.患者選擇整倍體胚胎進行移植,計算種植率、持續(xù)妊娠率及活產率;4.將納入mate pair文庫測序研究的夫妻染色體平衡易位的一方取靜脈血提取DNA,測序并建立mate pair文庫,尋找斷裂點;5.根據斷裂點設計并測試引物,通過PCR的方法用引物檢測已篩選出的正;蛉旧w平衡易位胚胎基因組是否存在斷裂點,若存在即證明其為染色體平衡易位胚胎,否則為正常胚胎;6.將篩檢后胚胎進行植入,妊娠后18-20周取羊水,行羊水細胞染色體核型分析;7.將PCR檢測結果與胎兒染色體核型進行比對,判斷mate pair文庫測序的診斷效能。結果1.21對夫妻可供活檢的胚胎共113枚,其中98枚(86.7%)進行了CNV-Seq;成功篩查了胚胎的整倍體性,甚至發(fā)現了0.8Mb的微小拷貝數變化,并且發(fā)現了嵌合比例為20%的嵌合體;2.8對夫妻(38.1%)所有的胚胎均異常,無整倍體胚胎可移植,13對夫妻至少有一枚整倍體胚胎可供移植;均進行了解凍移植,種植率為78.6%,持續(xù)妊娠率為70%,活產率60%;3.成功優(yōu)化mate pair文庫測序與PCR技術相結合的方法區(qū)分染色體相互易位胚胎和正常胚胎的操作流程,分別將2枚鑒別為完全正常的胚胎及2枚染色體平衡易位胚胎進行移植,成功妊娠;4.經羊水穿刺對胎兒進行染色體核型分析,核型結果與PCR測試結果一致,證明mate pair文庫技術聯合PCR鑒別正常胚胎診斷準確。結論1.以NGS為基礎的CNV-Seq技術可用于染色體平衡易位攜帶者PGD,靈敏高效,取得較高的臨床種植率,持續(xù)妊娠率及活產率;2.進一步證實染色體平衡易位攜帶者的胚胎具有較高的非整倍體胚胎比率;3. CNV-Seq技術分辨率較高,除可檢測微缺失及微重復外,還可以發(fā)現嵌合體;4.將CNV-Seq技術、mate pair文庫測序技術與PCR技術相結合,可用于鑒別正常胚胎及染色體平衡易位胚胎。
【圖文】:

森林,統(tǒng)計學意義,病例,對照組


51.7%,p=0.08);其余邋4邋篇文獻,包括邋Yangwa/.邋’邋RCT(2012),Sco?ef邋R%.’邋RCT逡逑(2013),Scottefa/.'化stractofRCT(20H)),Treffefa/.'^stractofRCT(2011)逡逑均得出了病例組臨床妊娠率明顯商于對照組,差異有統(tǒng)計學意義。見圖1.4。逡逑PG¥邐Control邐Odds邋Ratio邐Odds邋Ratio逡逑fthidy邋Of邋Subgroup邋Evntm邋Total邋Evntm邋Total邋Waiyht邋M-H.邋Random.邋95%邋Cl邐M-H.邋Random.邋95^邋Cl逡逑Yang邋2013邐48邐70邐30邐61邐14.1%邐2.25邋[1.11,4.59]逡逑Treff2011邐46邐67邐汾邐77邐15.3%邐2,13邋[1邋朗.4邋22]逡逑Scon邋JR邋2013邐89邐134邐巧邐1邋的邐32.0%邐2.16邋[1邋34.3邋46]邐?逡逑?con邋2010邐18邐24邐15邋巧邋5.0%邐2.40邋陽邋73.7邋9刮邐邐邐邐逡逑Forman邋2013邐妨邐。7邐89邐1邋巧邐25.5X邐1.說陽.94,2.721邐?"逡逑Ffior?nbno2013邐13邐37邐13邐46邋6.2%邐1.38邋[0.54,3.49]邐—、 ̄逡逑ToUMM%CI)邐419邐546邋100.0%邐1.95邋[1.49

流產率,病例,妊娠率,對照組


Forman邋efa/.邋’邋RCT邋(2013),病例組與對照組流產率相比較,差異無明顯統(tǒng)計逡逑學意義(11.5%w20%,片=0.2),,YangWfl/.邋’邋RCT邋(2012)病例紐與對照沮流產逡逑率相比較,病例組流產率明顯低于對照組(2.5%wll.8%,P<化05)。見圖1.6。逡逑90.00%邋-1邐逡逑80.00%邐^邐逡逑70.00%邐^邐逡逑60.00%邐^邐逡逑50.00%邋—邋—邐邋■邋PGS逡逑40.00%邐^邐逡逑30.00%邋—^H邐邋■眶ROL逡逑——^^邐逡逑10.00%邐^^邐逡逑0.00%邋-I邐^^邐,逡逑Scott邋2013邐Fiorentino邋F2013逡逑圖1.5邋Scott民CT與Fiorentino邋F邋RCT活產率比較逡逑25.00%邋1邐逡逑20.00%邐邐逡逑巧.00%邐邐逡逑__邐■邋PGS逡逑10‘00%邐^邐邋■邐CONTROL逡逑邐^^邐逡逑0.00%邋-1邐^^邐,逡逑Forman邋2013邐Yang邋2012逡逑圖1.6邋Forman邋RCT與Yang邋RCT流產率比較逡逑1.4討論逡逑1.4.1結論逡逑將納入研究各項臨床指標經me化分祈W后,發(fā)現PGS-CCS可W提高ART逡逑過程中臨床妊娠率及持續(xù)妊娠率
【學位授予單位】:中國人民解放軍醫(yī)學院
【學位級別】:博士
【學位授予年份】:2016
【分類號】:R714.8

【相似文獻】

相關博士學位論文 前1條

1 張雯珂;Mate pair文庫測序在染色體相互易位PGD中的應用[D];中國人民解放軍醫(yī)學院;2016年



本文編號:2552729

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