【摘要】：卵巢上皮癌治療方法主要是減瘤術(shù)和術(shù)后以鉑類為主的聯(lián)合化療。晚期患者大部分對化療敏感，但最終常常發(fā)展為耐藥甚至多藥耐藥，從而導(dǎo)致治療失敗和患者死亡。 臨床研究證實的影響患者化療療效的主要因素包括卵巢上皮癌病理類型、術(shù)后殘余灶大小、細胞分化程度及FIGO分期等。但是根據(jù)這些臨床因素制定的方案而接受治療的卵巢癌患者自90年代以來其5年生存率始終徘徊不前。 分子水平研究證實卵巢癌是一種異質(zhì)性疾病。目前認為卵巢癌多藥耐藥機制包括藥物外排增加、代謝解毒增強、DNA損傷修復(fù)異常等經(jīng)典途徑和基因二次突變、細胞微環(huán)境改變等非經(jīng)典機制，涉及多藥耐藥相關(guān)基因家族、細胞色素p450系統(tǒng)等多個基因以及基因變異、表達異常和調(diào)控異常等多層次改變。根據(jù)這些差異基因譜、蛋白表達譜等用來診斷預(yù)測患者對化療藥物反應(yīng)性已在某些研究中獲得一定程度的成功，但在臨床推廣使用尚需進一步完善。 單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism,SNP）占人群基因組DNA變異的90%以上。已有研究證實SNP與個體藥物反應(yīng)差異性相關(guān)。在卵巢癌多藥耐藥研究方面業(yè)已證明多個基因SNP與之相關(guān)，但是大部分實驗結(jié)果相互矛盾，很多陽性位點也未能得到重復(fù)驗證，樣本以及檢測位點過少是其主要原因。針對這種情況，有學者提出建立卵巢癌合作組織以增大樣本量以及同時檢測多個如通路中基因或整個基因組的SNP位點來彌補其不足。目前基因組SNP芯片因其高通量、快速以及相對較低的費效比在大樣本篩選癌癥新的敏感位點方面獲得了令人矚目的成就，在較低樣本篩查藥物反應(yīng)和毒性相關(guān)位點方面也取得了不錯的成績。 高通量芯片產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)需要借助于生物信息學來幫助分析。首先在數(shù)據(jù)處理和統(tǒng)計計算方面，一方面需要分析的數(shù)據(jù)量和運算速度已大大超過了一般軟件如SPSS和SAS等的要求。另一方面不同角度的分析方法對結(jié)果有著較大的影響。近來隨著生物信息學發(fā)展產(chǎn)生了眾多幫助全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide association study,GWAS）軟件和方法，針對本研究特點選擇有效的軟件和分析方法十分重要。其次需要借助生物信 息學工具篩選功能性SNP位點。這些位點能夠通過異常剪切、編碼非同義氨基酸等方式影響基因功能，是后續(xù)驗證研究的主要來源。最后可以借助生物信息學工具對其他類似高通量數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)或薈萃分析（meta analysis）以補充驗證本實驗芯片篩選結(jié)果。 目的本研究擬使用高通量SNP芯片檢測多組卵巢組織基因組DNA的SNP位點并采用基因通路富集分析方法篩選出與卵巢癌多藥耐藥相關(guān)的差異生物學通路及其所包括的功能性SNP位點。方法卵巢正常組織、良性腺瘤、敏感癌組織和耐藥癌組織共分4組，每組各50例。樣本提取的基因組DNA經(jīng)濃度檢測和瓊脂糖電泳分析合格后按照Illumina公司建議流程采用The Human OmniZhongHua-8SNP芯片檢測。原始探針信號經(jīng)GenomeStudio軟件轉(zhuǎn)換為基因型數(shù)據(jù)并用PLINK軟件進行預(yù)處理及質(zhì)控。等位基因關(guān)聯(lián)檢驗（allelic test）來獲得正常組vs良性組、正常組vs惡性組（敏感組和耐藥組之和，下同）、良性vs惡性組以及敏感組vs耐藥組比較之后有統(tǒng)計學差異的SNP位點（p0.05）。敏感與耐藥組差異SNP在剔除前三組相同SNP后，剩余SNP連同其p值一起輸入WebGestalt網(wǎng)站進行基因富集通路分析（gene-set enrichment analysis,GSEA），以BH校正p0.05為標準進行篩選。WebGestalt轉(zhuǎn)換的基因再輸入DAVID進行通路分析，以FDR0.05為標準進行篩選。上述兩種方法的共同通路在丟棄與耐藥無關(guān)的通路后保留了12個可能與卵巢癌多藥耐藥相關(guān)的生物學通路。隨后應(yīng)用SciMiner在線工具檢索文獻以交叉驗證上述多藥耐藥通路及SNP位點。接著運用SNPFUNC網(wǎng)站預(yù)計耐藥通路中SNP位點的功能并采用Selectome數(shù)據(jù)庫對各耐藥相關(guān)基因的正選擇進行預(yù)測。此外還應(yīng)用PLINK軟件計算SNP之間互作效應(yīng)并對臨床病理因素進行了多因素和分層分析。最后應(yīng)用ROC曲線試圖建立預(yù)測多藥耐藥的SNP診斷模型。結(jié)果黏著斑信號途徑等12個通路與卵巢癌多藥耐藥相關(guān)，包括EFGR基因rs2293347在內(nèi)的一批基因含有的SNP位點可通過異常剪切等方式影響基因功能。其中ABC transporters和Focaladhesion兩條通路以及MRP1（rs4148356）、TP53（rs1042522）及PDGFC（rs1425486）等3個位點在文獻挖掘中得到交叉驗證。SNP互作效應(yīng)分析中發(fā)現(xiàn)rs111878422、 rs2274223等11個富集位點在整個多藥耐藥相關(guān)SNP互著關(guān)系網(wǎng)絡(luò)中可能發(fā)揮關(guān)鍵作用。在耐藥相關(guān)基因中FYN在237、291、296及298位堿基存在正選擇壓力。多個SNP在不同臨床病理因素的分層分析中發(fā)現(xiàn)與多藥耐藥相關(guān)。此外，雖然未能成功建立預(yù)測卵巢癌多藥耐藥的SNP診斷模型，，但是隨著SNP數(shù)量的增加，其診斷敏感性有隨之上升的趨勢。結(jié)論通過全基因組SNP芯片檢測和通路分析發(fā)現(xiàn)了多條通路以及SNP位點與卵巢癌多藥耐藥相關(guān)。在后續(xù)驗證階段采用擴大的相同病理因素樣本可望增加檢驗效能，最終有望成功建立預(yù)測卵巢上皮癌多藥耐藥的SNP診斷模型。 目的采用基因通路分析方法探索卵巢癌多藥耐藥通路及功能性SNP位點。方法對來自基因表達綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）的單核苷酸多態(tài)性（SNP）芯片數(shù)據(jù)(編號：GSE13813)在篩選和質(zhì)控后采用主成分分析方法校正人群分層，并利用PLINK軟件的線性回歸計算晚期上皮卵巢癌患者多藥耐藥及敏感組間所有SNP的差異p值。隨后采用第2章敘述的通路分析流程來篩選與耐藥相關(guān)的通路。結(jié)果縫隙連接(Gap junction)、緊密連接(Tight junction)和磷脂肌醇信號通路(Phosphatidylinositol signaling system)與卵巢癌多藥耐藥相關(guān)。功能預(yù)計結(jié)果顯示4個連鎖性功能SNP（rs1013986、rs2672734、rs5008332和rs700626）可通過異常剪切等方式改變通路內(nèi)的基因功能。結(jié)論這些通路及其SNP位點可以一并納入后續(xù)分析，如果得到驗證，有望用于預(yù)測卵巢上皮癌耐藥 目的通過文獻檢索薈萃分析切除交叉互補1（excision repair cross-complementationgroup1，ERCC1）基因19007C/T多態(tài)性與卵巢癌鉑類聯(lián)合化療反應(yīng)之間的關(guān)系。方法全面檢索pubmed、Embase及萬方數(shù)據(jù)庫，按照納入排除標準篩選出合格的文獻7篇，共879例經(jīng)鉑類聯(lián)合化療的卵巢癌患者。采用stata11.0軟件分析該變異不同基因型與化療反應(yīng)的關(guān)系。采用漏斗圖和Begg、Egger法檢驗有無發(fā)表偏倚。結(jié)果亞組分析發(fā)現(xiàn)利用血細胞作為基因型檢測來源者CT較TT（OR=6.52，95%CI1.74-24.42）化療敏感性升高。漏斗圖和Begg、Egger法（PBegg=0.089; PEgger=0.296）檢驗亞組之間比較無明顯發(fā)表偏倚。結(jié)論ERCC1的19007C/T基因型可納入后續(xù)驗證，有助于確立預(yù)測卵巢癌耐藥的SNP診斷模型。
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【學位授予單位】：廣西醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R737.31

【參考文獻】

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1 張春霆;生物信息學的現(xiàn)狀與展望[J];世界科技研究與發(fā)展;2000年06期

2 汪維鵬;倪坤儀;周國華;;單核苷酸多態(tài)性檢測方法的研究進展[J];遺傳;2006年01期

3 童英,潘凌亞,周生,吳英,毛寧,楊秀玉;多藥耐藥基因反義寡脫氧核苷酸對卵巢癌細胞株SKOV3多藥耐藥性逆轉(zhuǎn)的作用[J];中華婦產(chǎn)科雜志;2000年11期

本文編號：2275367