矮小癥是指身高處在同年齡、同性別、正常健康兒童生長曲線第三百分位數(shù)(P3)以下或低于兩個標(biāo)準(zhǔn)差(-2SD),是最常見的兒童發(fā)育障礙性疾病。目前,對兒童矮小癥的診斷主要基于臨床測量結(jié)合生化指標(biāo)檢測及影像學(xué)檢查,部分醫(yī)療機(jī)構(gòu)對矮小癥兒童進(jìn)行了單基因的分子檢測。但是,因矮小癥的遺傳病因具有高度異質(zhì)性,單基因的檢測手段并不能為多數(shù)患者明確診斷,所以利用新的基因組技術(shù)對眾多致病原因同時進(jìn)行分析非常必要。這些技術(shù)主要包括:可以檢測單堿基變異和小的插入缺失的全外顯子組高通量測序技術(shù)以及可以進(jìn)行拷貝數(shù)變異(缺失和重復(fù))分析的全基因組染色體芯片技術(shù)。首先,我們對目前已報道的所有矮小癥基因進(jìn)行審核歸檔(Gene Curation),利用公共資源評估了1276個機(jī)械搜索到的與矮小癥相關(guān)基因的致病證據(jù)。通過從文獻(xiàn)中整理支持基因與疾病關(guān)系的遺傳學(xué)信息、功能信息以及不支持致病關(guān)系的否定信息,再利用ClinGen工作組制定的標(biāo)準(zhǔn)對基因-疾病關(guān)系臨床準(zhǔn)確性進(jìn)行分類,最終篩選出705個與矮小癥有明確致病關(guān)系的基因,通過審核歸檔確定為具有矮小癥致病性的基因成為我們后續(xù)基因包(Panel)設(shè)計和全外顯子組測序數(shù)據(jù)分析的目標(biāo)...

【文章頁數(shù)】：113 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
緒論
第一章 矮小癥基因臨床級審核歸檔(Curation)研究
    1.1 前言
    1.2 對象與方法
        1.2.1 對象
        1.2.2 證據(jù)收集
        1.2.3 臨床準(zhǔn)確性分類
    1.3 結(jié)果與討論
    1.4 總結(jié)
第二章 基于二代測序技術(shù)的矮小癥分子診斷
    2.1 前言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 對象
        2.2.2 利用羅氏NimbleGen SeqCap EZ試劑盒構(gòu)建Panel測序文庫
        2.2.3 利用Illumina TruSeq Exome Library Prep試劑盒制備全外顯子組文庫
        2.2.4 利用Illumina Hiseq2000 進(jìn)行捕獲文庫的測序
        2.2.5 利用Genome Analysis Toolkit(GATK)和Ingenuity Variant Analysis(IVA)對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析
    2.3 結(jié)果與討論
        2.3.1 隊列分析
        2.3.2 變異鑒定及診斷率分析
        2.3.3 檢出基因突變及疾病分析
        2.3.4 典型病例分析
        2.3.5 新的矮小癥候選基因(測序部分)
    2.4 總結(jié)
第三章 基于染色體芯片技術(shù)的矮小癥分子診斷
    3.1 前言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 對象
        3.2.2 利用Illumina Cyto-12 芯片對患者DNA樣本進(jìn)行檢測
        3.2.3 變異分析
    3.3 結(jié)果與討論
        3.3.1 診斷率及診斷結(jié)果
        3.3.2 新的矮小癥候選基因(芯片部分)
    3.4 總結(jié)
第四章 結(jié)論
    4.1 主要工作與創(chuàng)新點
    4.2 后續(xù)研究工作
參考文獻(xiàn)
致謝
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本文編號：3779326