環(huán)狀RNA在小鼠肺發(fā)育中的連續(xù)表達及功能預(yù)測
發(fā)布時間:2021-02-03 06:51
目的探討環(huán)狀RNA(circRNA)circ4:150439343|150477468和circ15:73330849|73343359在小鼠肺發(fā)育中的連續(xù)表達及潛在功能。方法根據(jù)肺發(fā)育分期,取孕16.5 d(E16.5 d)、孕18.5 d(E18.5 d)及生后2 d(P2 d)胎鼠及新生小鼠的肺組織,利用蘇木精-伊紅染色觀察肺組織形態(tài)學(xué);利用qRT-PCR技術(shù)檢測晚期肺發(fā)育過程中circ4:150439343|150477468和circ15:73330849|73343359的表達情況;應(yīng)用miRanda和TargetScan軟件預(yù)測circRNA的靶向miRNA,然后對靶基因進行GO和KEGG分析并預(yù)測相應(yīng)circRNA功能。結(jié)果在E16.5 d小鼠肺組織切片中觀察到Ⅱ型肺泡上皮細胞,且逐漸增多,P2 d時肺泡迅速擴張,間質(zhì)變薄,肺泡結(jié)構(gòu)逐漸成熟;qRT-PCR結(jié)果顯示circ4:150439343|150477468相對表達量隨時間推移持續(xù)上調(diào)(P<0.05),circ15:73330849|73343359的相對表達量先下調(diào)再上調(diào)(P<0.05);宿主基因功能...
【文章來源】:中國當(dāng)代兒科雜志. 2020,22(10)北大核心
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
肺發(fā)育過程中小鼠肺發(fā)育的形態(tài)學(xué)變化
圖2 與circ4:150439343|150477468、circ15:73330849|73343359相互作用的miRNA靶基因的GO功能富集分析圖。3 討論
經(jīng)過與circBase數(shù)據(jù)庫進行比對,發(fā)現(xiàn)circ4:150439343|150477468、circ15:73330849|73343359分別對應(yīng)mmu_circ_0001213和mmu_circ_0005897。通過miRanda和TargetScan軟件預(yù)測結(jié)果表明,circ4:150439343|150477468可能與miR-3102-5p.2-5p結(jié)合,circ15:73330849|7334335可能與miR-6769b-5p和miR-6989-3p結(jié)合。這兩條circRNA從生物學(xué)過程而言,主要富集于通過質(zhì)膜黏附分子黏附同質(zhì)細胞、對信息素的反應(yīng)、細胞間信號傳導(dǎo)、細胞外基質(zhì)組織等;從細胞成分而言,主要富集于蛋白質(zhì)細胞外基質(zhì)、細胞骨架、受體復(fù)合體、基底膜等;從分子功能而言,主要富集于信息素結(jié)合、信息素受體活性、細胞外基質(zhì)結(jié)構(gòu)成分、染色質(zhì)結(jié)合等(圖2)。KEGG通路分析主要涉及Notch、PI3K-Akt、NF-κB、甲狀腺激素、胰島素、內(nèi)分泌抵抗等信號通路(圖3)。圖3 與circ4:150439343|150477468、circ15:73330849|73343359相互作用的mi RNA靶基因的KEEG富集分析圖
本文編號:3016085
【文章來源】:中國當(dāng)代兒科雜志. 2020,22(10)北大核心
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
肺發(fā)育過程中小鼠肺發(fā)育的形態(tài)學(xué)變化
圖2 與circ4:150439343|150477468、circ15:73330849|73343359相互作用的miRNA靶基因的GO功能富集分析圖。3 討論
經(jīng)過與circBase數(shù)據(jù)庫進行比對,發(fā)現(xiàn)circ4:150439343|150477468、circ15:73330849|73343359分別對應(yīng)mmu_circ_0001213和mmu_circ_0005897。通過miRanda和TargetScan軟件預(yù)測結(jié)果表明,circ4:150439343|150477468可能與miR-3102-5p.2-5p結(jié)合,circ15:73330849|7334335可能與miR-6769b-5p和miR-6989-3p結(jié)合。這兩條circRNA從生物學(xué)過程而言,主要富集于通過質(zhì)膜黏附分子黏附同質(zhì)細胞、對信息素的反應(yīng)、細胞間信號傳導(dǎo)、細胞外基質(zhì)組織等;從細胞成分而言,主要富集于蛋白質(zhì)細胞外基質(zhì)、細胞骨架、受體復(fù)合體、基底膜等;從分子功能而言,主要富集于信息素結(jié)合、信息素受體活性、細胞外基質(zhì)結(jié)構(gòu)成分、染色質(zhì)結(jié)合等(圖2)。KEGG通路分析主要涉及Notch、PI3K-Akt、NF-κB、甲狀腺激素、胰島素、內(nèi)分泌抵抗等信號通路(圖3)。圖3 與circ4:150439343|150477468、circ15:73330849|73343359相互作用的mi RNA靶基因的KEEG富集分析圖
本文編號:3016085
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