目的:應用高通量測序技術分析晚期早產(chǎn)兒腸道菌群建立規(guī)律及其演變的特點,探討抗生素對晚期早產(chǎn)兒腸道菌群的影響及益生菌干預的效果。方法:根據(jù)研究目的及臨床可操作性設定有抗生素暴露早產(chǎn)兒的納入和排除標準,根據(jù)標準納入廣西醫(yī)科大學第一附屬醫(yī)院兒科新生兒病區(qū)中母嬰均有抗生素暴露的晚期早產(chǎn)兒10例,予隨機分為兩組:抗生素組和益生菌組,各5例�？股亟M:母親產(chǎn)前1周及嬰兒生后48 h內(nèi)均予預防性使用抗生素(≤7 d);益生菌組:同抗生素組,但抗生素治療時于生后第3天開始予補充益生菌制劑7 d。同期選擇胎齡、出生體重等一般情況與抗生素組及益生菌組相匹配的早產(chǎn)兒5例為對照組。收集日齡為3、7、14天的糞便標本,提取糞便細菌總DNA,PCR擴增16S r RNA基因的V3-V4區(qū),應用Illumina Miseq平臺進行雙端測序,分析腸道菌群的物種組成及多樣性,觀察腸道菌群的動態(tài)變化。結果:1.15例早產(chǎn)兒共采集45份糞便樣本,其中1份糞便樣本PCR擴增失敗。44份測序樣本共檢測到15個門,28個綱,62個目,103個科,210個屬,289個種,345個OTUs。稀釋曲線、Shannon多樣性曲線分析表明測序數(shù)據(jù)量合理,對樣品細菌物種的檢測率接近飽和。2.對照組腸道菌群多樣性隨著日齡的增加而逐漸升高;抗生素組和益生菌組從3~7天多樣性指數(shù)逐漸降低,從7~14天多樣性指數(shù)逐漸升高;在日齡為7天時,抗生素組多樣性指數(shù)顯著低于對照組及益生菌組(均P0.05)。3.(1)對照組在3d以變形菌門占絕對優(yōu)勢,其次為厚壁菌門、擬桿菌門、放線菌門;隨著日齡的增加,變形菌門的豐度逐漸降低,厚壁菌門、放線菌門的豐度逐漸升高;在14d時,厚壁菌門成為優(yōu)勢菌群,隨后為放線菌門、變形菌門、擬桿菌門。在屬水平上,對照組在3d時以埃希菌-志賀菌屬、腸桿菌屬等兼性厭氧菌占優(yōu)勢;隨著日齡的增加,埃希氏菌-志賀菌屬、腸桿菌屬等兼性厭氧菌呈下降趨勢,雙歧桿菌屬、梭菌屬等專性厭氧菌逐漸增加并在日齡為14d時占優(yōu)勢;但部分菌屬如鏈球菌屬、腸球菌屬等兼性厭氧菌仍有緩慢增加的趨勢,且在14d時仍占有相當大的比例(達24%以上)。(2)與對照組相反,隨日齡的增加,抗生素組由厚壁菌門占優(yōu)勢逐漸轉變?yōu)樽冃尉T占優(yōu)勢,變形菌門(埃希氏菌-志賀菌屬)的豐度逐漸增加,厚壁菌門(腸球菌屬、鏈球菌屬)的豐度逐漸減少,放線菌門(雙歧桿菌屬)的相對豐度在7天時降至最低,部分菌門如擬桿菌門、浮霉菌門、異常球菌-棲熱菌門、藍藻細菌的相對豐度在使用抗生素后顯著減少甚至檢測不到(P0.05)。(3)在3d時,抗生素組與益生菌組在菌群組成上無明顯差別,但隨著日齡的增加,益生菌組放線菌門(雙歧桿菌屬)的豐度逐漸增加并在7d時顯著高于抗生素組(P0.05)。結論:1.晚期早產(chǎn)兒腸道菌群定植演變有其特點:早期以變形菌門占絕對優(yōu)勢(埃希菌-志賀菌屬、腸桿菌屬等兼性厭氧菌屬為優(yōu)勢菌屬);2周時逐漸演變?yōu)楹癖诰T占優(yōu)勢,其次為放線菌門、變形菌門、擬桿菌門,優(yōu)勢菌屬為雙歧桿菌屬、梭菌屬等專性厭氧菌。2.抗生素可影響晚期早產(chǎn)兒腸道菌群的正常定植和演變、顯著降低早產(chǎn)兒腸道菌群多樣性,導致部分有益菌(主要為雙歧桿菌屬)的相對豐度減少,部分潛在致病菌(主要為埃希氏菌-志賀菌屬、腸桿菌屬)的相對豐度增加。3.益生菌能使腸道菌群多樣性升高,放線菌門(主要為雙歧桿菌屬)的定植增加,同時能減輕抗生素對腸道菌群的影響,促進腸道菌群的恢復。
【學位單位】：廣西醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2018
【中圖分類】：R722.6
【部分圖文】：

圖 5-1.序列長度分布圖Figure5-1. Sequence length distribution釋曲線應用 Usearch 軟件對優(yōu)化序列在 97%相似性水平下進行 OTU 劃 345 個 OUT。將得到的 OUT 與 Silva 數(shù)據(jù)庫進行相似性比對，分、界、門、綱、目、科、屬、種各個分類水平上的物種構成，4本共得到 15 個門，28 個綱，62 個目，103 個科， 210 個屬，289繪制稀釋曲線可知（見圖 5-2），在序列數(shù)為<2500 條時，OUT 數(shù)增加而迅速增加，在序列數(shù)為 5000 條時，OUT 數(shù)增加速度逐漸稀釋曲線趨于平臺期。同時 shannon 多樣性曲線也達到飽和（見圖曲線、shannon 多樣性曲線結合說明，本次研究測序數(shù)據(jù)量合理足夠，對樣品細菌物種的檢測率接近飽和，滿足后續(xù)生物信息

3.稀釋曲線應用 Usearch 軟件對優(yōu)化序列在 97%相似性水平下進行 OTU 劃分，共得到 345 個 OUT。將得到的 OUT 與 Silva 數(shù)據(jù)庫進行相似性比對，分析樣本在域、界、門、綱、目、科、屬、種各個分類水平上的物種構成，44 份糞便樣本共得到 15 個門，28 個綱，62 個目，103 個科， 210 個屬，289 個種。通過繪制稀釋曲線可知（見圖 5-2），在序列數(shù)為<2500 條時，OUT 數(shù)隨著序列數(shù)增加而迅速增加，在序列數(shù)為 5000 條時，OUT 數(shù)增加速度逐漸減緩，隨后稀釋曲線趨于平臺期。同時 shannon 多樣性曲線也達到飽和（見圖 5-3）稀釋曲線、shannon 多樣性曲線結合說明，本次研究測序數(shù)據(jù)量合理，測序深度足夠，對樣品細菌物種的檢測率接近飽和，滿足后續(xù)生物信息學分析要求。

3.稀釋曲線應用 Usearch 軟件對優(yōu)化序列在 97%相似性水平下進行 OTU 劃分，共得到 345 個 OUT。將得到的 OUT 與 Silva 數(shù)據(jù)庫進行相似性比對，分析樣本在域、界、門、綱、目、科、屬、種各個分類水平上的物種構成，44 份糞便樣本共得到 15 個門，28 個綱，62 個目，103 個科， 210 個屬，289 個種。通過繪制稀釋曲線可知（見圖 5-2），在序列數(shù)為<2500 條時，OUT 數(shù)隨著序列數(shù)增加而迅速增加，在序列數(shù)為 5000 條時，OUT 數(shù)增加速度逐漸減緩，隨后稀釋曲線趨于平臺期。同時 shannon 多樣性曲線也達到飽和（見圖 5-3）稀釋曲線、shannon 多樣性曲線結合說明，本次研究測序數(shù)據(jù)量合理，測序深度足夠，對樣品細菌物種的檢測率接近飽和，滿足后續(xù)生物信息學分析要求。

【參考文獻】

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本文編號：2822362