目的:應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)分析晚期早產(chǎn)兒腸道菌群建立規(guī)律及其演變的特點(diǎn),探討抗生素對(duì)晚期早產(chǎn)兒腸道菌群的影響及益生菌干預(yù)的效果。方法:根據(jù)研究目的及臨床可操作性設(shè)定有抗生素暴露早產(chǎn)兒的納入和排除標(biāo)準(zhǔn),根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)納入廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院兒科新生兒病區(qū)中母嬰均有抗生素暴露的晚期早產(chǎn)兒10例,予隨機(jī)分為兩組:抗生素組和益生菌組,各5例�？股亟M:母親產(chǎn)前1周及嬰兒生后48 h內(nèi)均予預(yù)防性使用抗生素(≤7 d);益生菌組:同抗生素組,但抗生素治療時(shí)于生后第3天開始予補(bǔ)充益生菌制劑7 d。同期選擇胎齡、出生體重等一般情況與抗生素組及益生菌組相匹配的早產(chǎn)兒5例為對(duì)照組。收集日齡為3、7、14天的糞便標(biāo)本,提取糞便細(xì)菌總DNA,PCR擴(kuò)增16S r RNA基因的V3-V4區(qū),應(yīng)用Illumina Miseq平臺(tái)進(jìn)行雙端測(cè)序,分析腸道菌群的物種組成及多樣性,觀察腸道菌群的動(dòng)態(tài)變化。結(jié)果:1.15例早產(chǎn)兒共采集45份糞便樣本,其中1份糞便樣本PCR擴(kuò)增失敗。44份測(cè)序樣本共檢測(cè)到15個(gè)門,28個(gè)綱,62個(gè)目,103個(gè)科,210個(gè)屬,289個(gè)種,345個(gè)OTUs。稀釋曲線、Shannon多樣性曲線分析表明測(cè)序數(shù)據(jù)量合理,對(duì)樣品細(xì)菌物種的檢測(cè)率接近飽和。2.對(duì)照組腸道菌群多樣性隨著日齡的增加而逐漸升高;抗生素組和益生菌組從3~7天多樣性指數(shù)逐漸降低,從7~14天多樣性指數(shù)逐漸升高;在日齡為7天時(shí),抗生素組多樣性指數(shù)顯著低于對(duì)照組及益生菌組(均P0.05)。3.(1)對(duì)照組在3d以變形菌門占絕對(duì)優(yōu)勢(shì),其次為厚壁菌門、擬桿菌門、放線菌門;隨著日齡的增加,變形菌門的豐度逐漸降低,厚壁菌門、放線菌門的豐度逐漸升高;在14d時(shí),厚壁菌門成為優(yōu)勢(shì)菌群,隨后為放線菌門、變形菌門、擬桿菌門。在屬水平上,對(duì)照組在3d時(shí)以埃希菌-志賀菌屬、腸桿菌屬等兼性厭氧菌占優(yōu)勢(shì);隨著日齡的增加,埃希氏菌-志賀菌屬、腸桿菌屬等兼性厭氧菌呈下降趨勢(shì),雙歧桿菌屬、梭菌屬等專性厭氧菌逐漸增加并在日齡為14d時(shí)占優(yōu)勢(shì);但部分菌屬如鏈球菌屬、腸球菌屬等兼性厭氧菌仍有緩慢增加的趨勢(shì),且在14d時(shí)仍占有相當(dāng)大的比例(達(dá)24%以上)。(2)與對(duì)照組相反,隨日齡的增加,抗生素組由厚壁菌門占優(yōu)勢(shì)逐漸轉(zhuǎn)變?yōu)樽冃尉T占優(yōu)勢(shì),變形菌門(埃希氏菌-志賀菌屬)的豐度逐漸增加,厚壁菌門(腸球菌屬、鏈球菌屬)的豐度逐漸減少,放線菌門(雙歧桿菌屬)的相對(duì)豐度在7天時(shí)降至最低,部分菌門如擬桿菌門、浮霉菌門、異常球菌-棲熱菌門、藍(lán)藻細(xì)菌的相對(duì)豐度在使用抗生素后顯著減少甚至檢測(cè)不到(P0.05)。(3)在3d時(shí),抗生素組與益生菌組在菌群組成上無(wú)明顯差別,但隨著日齡的增加,益生菌組放線菌門(雙歧桿菌屬)的豐度逐漸增加并在7d時(shí)顯著高于抗生素組(P0.05)。結(jié)論:1.晚期早產(chǎn)兒腸道菌群定植演變有其特點(diǎn):早期以變形菌門占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)(埃希菌-志賀菌屬、腸桿菌屬等兼性厭氧菌屬為優(yōu)勢(shì)菌屬);2周時(shí)逐漸演變?yōu)楹癖诰T占優(yōu)勢(shì),其次為放線菌門、變形菌門、擬桿菌門,優(yōu)勢(shì)菌屬為雙歧桿菌屬、梭菌屬等專性厭氧菌。2.抗生素可影響晚期早產(chǎn)兒腸道菌群的正常定植和演變、顯著降低早產(chǎn)兒腸道菌群多樣性,導(dǎo)致部分有益菌(主要為雙歧桿菌屬)的相對(duì)豐度減少,部分潛在致病菌(主要為埃希氏菌-志賀菌屬、腸桿菌屬)的相對(duì)豐度增加。3.益生菌能使腸道菌群多樣性升高,放線菌門(主要為雙歧桿菌屬)的定植增加,同時(shí)能減輕抗生素對(duì)腸道菌群的影響,促進(jìn)腸道菌群的恢復(fù)。
【學(xué)位單位】：廣西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R722.6
【部分圖文】：

圖 5-1.序列長(zhǎng)度分布圖Figure5-1. Sequence length distribution釋曲線應(yīng)用 Usearch 軟件對(duì)優(yōu)化序列在 97%相似性水平下進(jìn)行 OTU 劃 345 個(gè) OUT。將得到的 OUT 與 Silva 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性比對(duì)，分、界、門、綱、目、科、屬、種各個(gè)分類水平上的物種構(gòu)成，4本共得到 15 個(gè)門，28 個(gè)綱，62 個(gè)目，103 個(gè)科， 210 個(gè)屬，289繪制稀釋曲線可知（見圖 5-2），在序列數(shù)為<2500 條時(shí)，OUT 數(shù)增加而迅速增加，在序列數(shù)為 5000 條時(shí)，OUT 數(shù)增加速度逐漸稀釋曲線趨于平臺(tái)期。同時(shí) shannon 多樣性曲線也達(dá)到飽和（見圖曲線、shannon 多樣性曲線結(jié)合說(shuō)明，本次研究測(cè)序數(shù)據(jù)量合理足夠，對(duì)樣品細(xì)菌物種的檢測(cè)率接近飽和，滿足后續(xù)生物信息

3.稀釋曲線應(yīng)用 Usearch 軟件對(duì)優(yōu)化序列在 97%相似性水平下進(jìn)行 OTU 劃分，共得到 345 個(gè) OUT。將得到的 OUT 與 Silva 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性比對(duì)，分析樣本在域、界、門、綱、目、科、屬、種各個(gè)分類水平上的物種構(gòu)成，44 份糞便樣本共得到 15 個(gè)門，28 個(gè)綱，62 個(gè)目，103 個(gè)科， 210 個(gè)屬，289 個(gè)種。通過(guò)繪制稀釋曲線可知（見圖 5-2），在序列數(shù)為<2500 條時(shí)，OUT 數(shù)隨著序列數(shù)增加而迅速增加，在序列數(shù)為 5000 條時(shí)，OUT 數(shù)增加速度逐漸減緩，隨后稀釋曲線趨于平臺(tái)期。同時(shí) shannon 多樣性曲線也達(dá)到飽和（見圖 5-3）稀釋曲線、shannon 多樣性曲線結(jié)合說(shuō)明，本次研究測(cè)序數(shù)據(jù)量合理，測(cè)序深度足夠，對(duì)樣品細(xì)菌物種的檢測(cè)率接近飽和，滿足后續(xù)生物信息學(xué)分析要求。

3.稀釋曲線應(yīng)用 Usearch 軟件對(duì)優(yōu)化序列在 97%相似性水平下進(jìn)行 OTU 劃分，共得到 345 個(gè) OUT。將得到的 OUT 與 Silva 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性比對(duì)，分析樣本在域、界、門、綱、目、科、屬、種各個(gè)分類水平上的物種構(gòu)成，44 份糞便樣本共得到 15 個(gè)門，28 個(gè)綱，62 個(gè)目，103 個(gè)科， 210 個(gè)屬，289 個(gè)種。通過(guò)繪制稀釋曲線可知（見圖 5-2），在序列數(shù)為<2500 條時(shí)，OUT 數(shù)隨著序列數(shù)增加而迅速增加，在序列數(shù)為 5000 條時(shí)，OUT 數(shù)增加速度逐漸減緩，隨后稀釋曲線趨于平臺(tái)期。同時(shí) shannon 多樣性曲線也達(dá)到飽和（見圖 5-3）稀釋曲線、shannon 多樣性曲線結(jié)合說(shuō)明，本次研究測(cè)序數(shù)據(jù)量合理，測(cè)序深度足夠，對(duì)樣品細(xì)菌物種的檢測(cè)率接近飽和，滿足后續(xù)生物信息學(xué)分析要求。

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2822362