利用簡化基因組測序技術(shù)—特異性位點(diǎn)擴(kuò)增片段測序技術(shù)（Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq）對509份蘋果屬植物種質(zhì)進(jìn)行測序,獲得586 454個(gè)SLAF標(biāo)簽,其中多態(tài)性SLAF標(biāo)簽463 612個(gè);經(jīng)過序列比對,根據(jù)完整度＞ 0.94、次要等位基因頻率（MAF）＞ 0.05,過濾篩選得到46460個(gè)多態(tài)性單核苷酸（SNP）位點(diǎn);基于這些SNP位點(diǎn)構(gòu)建蘋果屬植物不同種的系統(tǒng)發(fā)生樹并分析主成分。結(jié)果表明,通過SLAF-seq技術(shù)能夠在全基因組范圍內(nèi)快速開發(fā)高通量的SNP標(biāo)記,并直接用于蘋果屬植物種質(zhì)資源遺傳多樣性研究中。34種509份蘋果屬植物的多樣性水平較高（H_e=0.318,I=0.488,A_e=1.520）,在多于1份試材的種群中,變?nèi)~海棠的遺傳多樣性水平最高,中國蘋果的遺傳多樣性水平最低。綜合聚類分析和主成分分析結(jié)果表明,供試蘋果屬植物分為5個(gè)基本的類群,Ⅰ山荊子類群,Ⅱ蘋果屬植物野生種類群,Ⅲ蘋果栽培品種類群,Ⅳ以中國蘋果、八棱海棠、花紅、楸子和海棠花為主的類群,Ⅴ新... 

【文章頁數(shù)】：14 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 DNA的提取
    1.3 酶切建庫
    1.4 測序及數(shù)據(jù)開發(fā)
    1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 建庫與測序質(zhì)量評(píng)估
    2.2 SLAF標(biāo)簽與多態(tài)性SNP標(biāo)記篩選
    2.3 蘋果屬植物的多樣性
    2.3 蘋果屬植物系統(tǒng)發(fā)育分析
    2.4 基于SNP標(biāo)記的蘋果屬不同種主成分分析
3 討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國山荊子和楸子種質(zhì)資源遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)的熒光SSR分析[J]. 高源,王昆,王大江,劉立軍,李連文,樸繼成.  園藝學(xué)報(bào). 2019(07)
[2]基于SLAF-seq技術(shù)的葡萄種質(zhì)遺傳多樣性分析[J]. 李貝貝,張恒,姜建福,張穎,樊秀彩,房經(jīng)貴,劉崇懷.  園藝學(xué)報(bào). 2019(11)
[3]基于SLAF-seq技術(shù)分析甜、糯玉米種質(zhì)遺傳多樣性[J]. 李余良,索海翠,韓福光,劉建華,胡建廣,高磊,李武.  玉米科學(xué). 2019(04)
[4]我國蘋果屬資源現(xiàn)代分布調(diào)查初報(bào)[J]. 王大江,王昆,高源,趙繼榮,劉立軍,龔欣,李連文.  植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2017(06)
[5]中國野生山定子的自然分布及利用研究現(xiàn)狀[J]. 杜學(xué)梅,楊廷楨,高敬東,王騫,蔡華成,李春燕,弓桂花.  中國農(nóng)學(xué)通報(bào). 2017(05)
[6]世界蘋果屬植物的起源演化研究新進(jìn)展[J]. 李育農(nóng).  果樹科學(xué). 1999(S1)

博士論文
[1]變?nèi)~海棠起源及其遺傳多樣性分化研究[D]. 石勝友.西南大學(xué) 2005



本文編號(hào)：3716134