為大量開發(fā)SNP用于構(gòu)建栽培草莓高質(zhì)量的遺傳圖譜,以國產(chǎn)草莓品種紅星為母本,日本草莓品種紅顏為父本構(gòu)建F₁群體,采用SLAF-seq技術(shù)和HighMap軟件,對2個親本和200個F₁子代群體進(jìn)行高通量測序、SNP標(biāo)記的開發(fā)及高密度遺傳圖譜的構(gòu)建。通過高通量測序,共獲得565 919 066 reads,平均質(zhì)量Q30為95.36%,平均GC含量為39.68%,樣本GC分布正常。通過生物信息學(xué)分析,共獲得717 881個SLAF標(biāo)簽,2 136 939個SNP標(biāo)記,其中有56 237個SNP為高質(zhì)量標(biāo)記可用于遺傳圖譜標(biāo)記的定位和構(gòu)建。共構(gòu)建了28個連鎖群,總圖距為4 022.16 cM,該圖SNP標(biāo)記14 412個,完整度為99.84%,標(biāo)記間的平均距離為0.28 cM。通過對遺傳圖譜單體來源進(jìn)行評估,結(jié)果表明每個個體中較大區(qū)段均來源于親本;通過連鎖關(guān)系熱圖對相鄰標(biāo)記間的連鎖關(guān)系進(jìn)行分析,結(jié)果表明,每個連鎖群上的大部分標(biāo)記順序與基因組保持一致,標(biāo)記順序正確,圖譜質(zhì)量高。這是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技術(shù)構(gòu)建的高密度SNP遺傳圖譜,為栽培... 

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 試驗材料
    1.2 試驗方法
        1.2.1 酶切方案設(shè)計及測序
        1.2.2 SNP開發(fā)及編碼
        1.2.3 圖譜構(gòu)建
2 結(jié)果與分析
    2.1 SLAF文庫建立及高通量測序
        2.1.1 SLAF文庫建立
        2.1.2 測序質(zhì)量值驗證
        2.1.3 堿基分布檢查
        2.1.4 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計與評估
    2.2 標(biāo)記開發(fā)
    2.3 遺傳圖譜構(gòu)建及評估
        2.3.1 遺傳圖譜構(gòu)建
        2.3.2 遺傳圖譜評估
            2.3.2.1 單體來源評估
            2.3.2.2 標(biāo)記連鎖評估
3 結(jié)論與討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]蘋果SLAF圖譜構(gòu)建及果銹基因QTL分析[J]. 張朝紅,陳東玫,楊鳳秋,趙同生,李揚(yáng),趙國棟,趙永波.  華北農(nóng)學(xué)報. 2019(05)
[2]草莓育種新動態(tài)及發(fā)展趨勢[J]. 趙密珍,王靜,袁華招,王慶蓮,關(guān)玲.  植物遺傳資源學(xué)報. 2019(02)
[3]基于SLAF-seq技術(shù)構(gòu)建亞麻高密度遺傳圖譜[J]. 高鳳云,斯欽巴特爾,張輝,賈霄云,伊六喜,周宇,李強(qiáng),葉應(yīng)福,侯建華.  中國油料作物學(xué)報. 2017(03)



本文編號：3715392