為了從轉(zhuǎn)錄本水平闡明水分脅迫下的棗裂果的分子機(jī)制,以5 a生金絲新4號品種為試驗(yàn)材料進(jìn)行50 h的噴淋,模擬水分脅迫,處理結(jié)束后對噴淋前后的樣品在ONT平臺進(jìn)行3代全長轉(zhuǎn)錄組測序。6個(gè)樣品共獲得13 368條轉(zhuǎn)錄本序列,APA事件中鑒定到9 178個(gè)PolyA位點(diǎn),并找到78個(gè)顯著富集的PolyA信號（PAS）motif,預(yù)測到7 321個(gè)SSR和114個(gè)lncRNA;對照組和處理組分別鑒定到239,189個(gè)可變剪接事件;差異分析共得到248個(gè)差異轉(zhuǎn)錄本,參與的主要轉(zhuǎn)錄本包括鈣網(wǎng)蛋白、鈣聯(lián)蛋白、熱激蛋白、微管蛋白、果糖激酶等。GO富集顯示,差異轉(zhuǎn)錄本主要參與了翻譯、有絲分裂、冷適應(yīng)等生物學(xué)過程,相應(yīng)地細(xì)胞組分為細(xì)胞質(zhì)和核糖體,富集的分子功能為核糖體成分、木葡糖基轉(zhuǎn)移酶活性等;通過KEGG富集分析發(fā)現(xiàn),上調(diào)表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本主要參與了內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白加工、吞噬體、氨基糖與核糖代謝以及淀粉和蔗糖代謝通路;下調(diào)轉(zhuǎn)錄本主要參與了內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白加工、氮代謝和光合作用-天線蛋白通路等過程。差異轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白之間存在復(fù)雜的互作網(wǎng)絡(luò)。水分脅迫下的裂果機(jī)制可能包括可變剪接事件的減少、鈣網(wǎng)蛋白和鈣調(diào)蛋白對鈣離子的調(diào)節(jié)、... 

【文章來源】：華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2020,35(S1)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

噴淋前后果皮可變剪接事件統(tǒng)計(jì)

用MISA從11 100條500 bp以上的轉(zhuǎn)錄本中共鑒定到7 321個(gè)簡單重復(fù)序列(Simple Single Repeat, SSR),各種類型的SSR的數(shù)目如表2所示。其中包含1個(gè)以上SSR的轉(zhuǎn)錄本有1 713個(gè)。表2 SSR分析結(jié)果統(tǒng)計(jì)Tab.2 Statistics of SSR 類型Searching items 數(shù)量Numbers 序列總數(shù)Total number of sequences examined 11 100 包含SSR的序列數(shù)Number of SSR containing sequences 4 799 包含1個(gè)以上SSR序列數(shù)Number of sequences containing more than 1 SSR 1 713 單堿基Mono nucleotide 3 433 雙堿基Di nucleotide 2 317 三堿基Tri nucleotide 1 449 四堿基Tetra nucleotide 67 五堿基Penta nucleotide 23 六堿基Hexa nucleotide 32

因長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)不編碼蛋白，通過對轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行編碼潛能篩選，判斷其是否具有編碼潛能，從而可以判定該轉(zhuǎn)錄本是否為lncRNA。用4種分析方法預(yù)測lncRNA得到的結(jié)果取交集，結(jié)果如圖3所示，共預(yù)測到114個(gè)lncRNA。2.3 轉(zhuǎn)錄本/基因表達(dá)定量和差異轉(zhuǎn)錄本/基因篩選分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3592010