基于SSR和InDel標記的大翼橙亞屬種質遺傳多樣性及群體結構分析
發(fā)布時間：2021-11-15 06:43
元江宜昌橙是在云南元江縣新發(fā)現(xiàn)的宜昌橙（Citrus ichangensis Swingle）原始野生資源。為了解元江宜昌橙與長江流域宜昌橙的遺傳差異,以及元江宜昌橙野生種群內個體間的遺傳差異,利用篩選的21對SSR和InDel引物對元江宜昌橙群體、長江流域宜昌橙群體、大翼橙群體、香橙（C.junos Siebold ex Tanaka）群體等4個群體的48份資源進行了遺傳多樣性分析。結果表明,21對引物共產(chǎn)生了131條多態(tài)性條帶,平均每對引物檢測到6.2個多態(tài)性條帶,多態(tài)性標記位點的香農(nóng)信息指數(shù)為0.14～1.11,平均期望雜合度為0.04～0.97。群體遺傳結構分析、UPGMA聚類分析和主坐標分析均表明,元江宜昌橙是不同于長江流域宜昌橙的新類型,4個群體間的遺傳差異較大,群體間的基因流較低。在元江宜昌橙種群內存在遺傳異質個體,但種群內的遺傳多樣性水平比長江流域宜昌橙群體的遺傳多樣性水平低,香橙群體的遺傳多樣性水平較高。大翼橙群體中的馬來西亞大翼橙（C.macroptera Montrouz.）與宜昌橙遺傳距離較遠,而紅河大翼橙（C.hongheensis Y. L. D. L.）與...
【文章來源】：中國南方果樹. 2020,49(05)北大核心
【文章頁數(shù)】：11 頁
【部分圖文】：
48份大翼橙種質基于SSR和InDel數(shù)據(jù)構建的UPGMA聚類樹(1 000次bootstrap檢驗)
利用GenAlEx 6.501軟件基于遺傳距離進行主坐標分析的結果表明,元江宜昌橙(群體)和長江流域宜昌橙(群體)在第一主坐標軸上明顯分開。香橙群體在第一主坐標軸上與長江流域宜昌橙群體不能分離,但與元江宜昌橙群體分離相當明顯。在第二主坐標軸上日本香橙1號(21)、巴中香橙(24)、黔江3號香橙(27)、公孫桔(29)等香橙與長江流域宜昌橙群體的分離較明顯。大翼橙中的紅河大翼橙1號(31)、紅河大翼橙雜種(33)在第一主坐標軸上和第二主坐標軸上均與長江流域宜昌橙群體和元江宜昌橙群體區(qū)分較明顯;紅河大翼橙4號(34)與元江宜昌橙群體的距離較近;馬來西亞大翼橙(32)遠離紅河大翼橙和元江宜昌橙,而與香橙中的21、27和29距離較近。主坐標分析結果與遺傳結構分析結果、聚類分析結果一致,也清楚表明長江流域宜昌橙與元江宜昌橙是兩種不同類型的宜昌橙,元江宜昌橙群體內存在明顯的遺傳分化,如元江宜昌橙(有刺)15號(14)遠離群體,而與紅河大翼橙(31,33)更近,表明元江宜昌橙群體內個別單株的遺傳異質性可能與相同地理分布的紅河大翼橙的基因滲入有關。部分香橙資源(27,29,21,24)在第二主坐標軸上與長江流域宜昌橙分離較遠,表明這些香橙資源在遺傳組成上較為獨特,其長江流域宜昌橙基因所占比例較小。多數(shù)香橙資源與元江宜昌橙的距離較大,再次表明元江宜昌橙與香橙群體的基因交流可能由于地理隔離而受到限制(見圖6)。3 討論
表3 被選21對引物用于48份大翼橙資源遺傳多樣性分析呈現(xiàn)的多態(tài)性 引物編號 擴增總條帶數(shù)/條 基因多樣性 期望雜合度He 多態(tài)信息含量(PIC) 引物編號 擴增總條帶數(shù)/條 基因多樣性 期望雜合度He 多態(tài)信息含量(PIC) SSR2 11 0.59 0.52 0.55 InDel 9 6 0.57 0.14 0.48 SSR3 9 0.66 0.35 0.60 InDel 10 5 1.11 0.97 0.98 SSR6 7 0.38 0.15 0.33 InDel 11 3 0.16 0.16 0.13 SSR7 8 0.38 0.15 0.33 InDel 12 12 0.31 0.32 0.26 SSR9 7 0.27 0.35 0.22 InDel 14 10 0.37 0.05 0.33 SSR10 5 0.34 0.16 0.32 InDel 16 9 0.29 0.07 0.26 InDel 1 1 0.14 0.04 0.15 InDel 18 8 0.58 0.66 0.51 InDel 2 4 0.34 0.16 0.32 InDel 19 8 0.16 0.05 0.15 InDel 5 10 0.35 0.14 0.32 InDel 20 4 0.36 0.22 0.31 InDel 6 6 0.33 0.05 0.30 InDel 21 10 0.65 0.54 0.61 InDel 8 15 0.56 0.20 0.50表4 4個大翼橙群體基于21個位點(SSR和InDel)的遺傳多樣性 群體名 多態(tài)位點百分率P/% 等位變異數(shù)Na 有效等位變異數(shù)Ne 香農(nóng)指數(shù)I 觀測雜合度Ho 期望雜合度He 無偏期望雜合度uHe 固定指數(shù)F 元江宜昌橙 76.92 2.308 1.585 0.469 0.299 0.275 0.283 0.261 香橙 73.08 2.538 1.882 0.607 0.343 0.360 0.376 0.117 長江流域宜昌橙 84.62 2.538 1.651 0.527 0.308 0.306 0.317 0.298 大翼橙 69.23 1.962 1.640 0.499 0.298 0.319 0.365 0.156
【參考文獻】：
期刊論文
[1]云南元江縣首次發(fā)現(xiàn)原始宜昌橙群落[J]. 陳洪明,江東,胡忠榮,李坤明,何永睿,陳善春,李中安,周常勇,李立會,鄭殿升,劉旭. 植物遺傳資源學報. 2012(06)
[2]柑橘潰瘍病抗性相關的SSR標記篩選[J]. 彭祝春,龔桂芝,陳善春,張戈壁,洪棋斌. 園藝學報. 2010(03)
[3]應用cpSSR和EST-SSR標記進行柑橘特異種質資源遺傳背景研究[J]. 王福生,江東. 園藝學報. 2010(03)
[4]利用SSR標記對中國柚類資源及近緣種遺傳多樣性研究[J]. 劉勇,劉德春,吳波,孫中海. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2006(01)
[5]小果宜昌橙—柑桔屬宜昌橙的新變種[J]. 暴卓然,梁明清,丁素琴,張顯努. 園藝學報. 1991(01)
本文編號：3496249
【文章來源】：中國南方果樹. 2020,49(05)北大核心
【文章頁數(shù)】：11 頁
【部分圖文】：
48份大翼橙種質基于SSR和InDel數(shù)據(jù)構建的UPGMA聚類樹(1 000次bootstrap檢驗)
利用GenAlEx 6.501軟件基于遺傳距離進行主坐標分析的結果表明,元江宜昌橙(群體)和長江流域宜昌橙(群體)在第一主坐標軸上明顯分開。香橙群體在第一主坐標軸上與長江流域宜昌橙群體不能分離,但與元江宜昌橙群體分離相當明顯。在第二主坐標軸上日本香橙1號(21)、巴中香橙(24)、黔江3號香橙(27)、公孫桔(29)等香橙與長江流域宜昌橙群體的分離較明顯。大翼橙中的紅河大翼橙1號(31)、紅河大翼橙雜種(33)在第一主坐標軸上和第二主坐標軸上均與長江流域宜昌橙群體和元江宜昌橙群體區(qū)分較明顯;紅河大翼橙4號(34)與元江宜昌橙群體的距離較近;馬來西亞大翼橙(32)遠離紅河大翼橙和元江宜昌橙,而與香橙中的21、27和29距離較近。主坐標分析結果與遺傳結構分析結果、聚類分析結果一致,也清楚表明長江流域宜昌橙與元江宜昌橙是兩種不同類型的宜昌橙,元江宜昌橙群體內存在明顯的遺傳分化,如元江宜昌橙(有刺)15號(14)遠離群體,而與紅河大翼橙(31,33)更近,表明元江宜昌橙群體內個別單株的遺傳異質性可能與相同地理分布的紅河大翼橙的基因滲入有關。部分香橙資源(27,29,21,24)在第二主坐標軸上與長江流域宜昌橙分離較遠,表明這些香橙資源在遺傳組成上較為獨特,其長江流域宜昌橙基因所占比例較小。多數(shù)香橙資源與元江宜昌橙的距離較大,再次表明元江宜昌橙與香橙群體的基因交流可能由于地理隔離而受到限制(見圖6)。3 討論
表3 被選21對引物用于48份大翼橙資源遺傳多樣性分析呈現(xiàn)的多態(tài)性 引物編號 擴增總條帶數(shù)/條 基因多樣性 期望雜合度He 多態(tài)信息含量(PIC) 引物編號 擴增總條帶數(shù)/條 基因多樣性 期望雜合度He 多態(tài)信息含量(PIC) SSR2 11 0.59 0.52 0.55 InDel 9 6 0.57 0.14 0.48 SSR3 9 0.66 0.35 0.60 InDel 10 5 1.11 0.97 0.98 SSR6 7 0.38 0.15 0.33 InDel 11 3 0.16 0.16 0.13 SSR7 8 0.38 0.15 0.33 InDel 12 12 0.31 0.32 0.26 SSR9 7 0.27 0.35 0.22 InDel 14 10 0.37 0.05 0.33 SSR10 5 0.34 0.16 0.32 InDel 16 9 0.29 0.07 0.26 InDel 1 1 0.14 0.04 0.15 InDel 18 8 0.58 0.66 0.51 InDel 2 4 0.34 0.16 0.32 InDel 19 8 0.16 0.05 0.15 InDel 5 10 0.35 0.14 0.32 InDel 20 4 0.36 0.22 0.31 InDel 6 6 0.33 0.05 0.30 InDel 21 10 0.65 0.54 0.61 InDel 8 15 0.56 0.20 0.50表4 4個大翼橙群體基于21個位點(SSR和InDel)的遺傳多樣性 群體名 多態(tài)位點百分率P/% 等位變異數(shù)Na 有效等位變異數(shù)Ne 香農(nóng)指數(shù)I 觀測雜合度Ho 期望雜合度He 無偏期望雜合度uHe 固定指數(shù)F 元江宜昌橙 76.92 2.308 1.585 0.469 0.299 0.275 0.283 0.261 香橙 73.08 2.538 1.882 0.607 0.343 0.360 0.376 0.117 長江流域宜昌橙 84.62 2.538 1.651 0.527 0.308 0.306 0.317 0.298 大翼橙 69.23 1.962 1.640 0.499 0.298 0.319 0.365 0.156
【參考文獻】：
期刊論文
[1]云南元江縣首次發(fā)現(xiàn)原始宜昌橙群落[J]. 陳洪明,江東,胡忠榮,李坤明,何永睿,陳善春,李中安,周常勇,李立會,鄭殿升,劉旭. 植物遺傳資源學報. 2012(06)
[2]柑橘潰瘍病抗性相關的SSR標記篩選[J]. 彭祝春,龔桂芝,陳善春,張戈壁,洪棋斌. 園藝學報. 2010(03)
[3]應用cpSSR和EST-SSR標記進行柑橘特異種質資源遺傳背景研究[J]. 王福生,江東. 園藝學報. 2010(03)
[4]利用SSR標記對中國柚類資源及近緣種遺傳多樣性研究[J]. 劉勇,劉德春,吳波,孫中海. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2006(01)
[5]小果宜昌橙—柑桔屬宜昌橙的新變種[J]. 暴卓然,梁明清,丁素琴,張顯努. 園藝學報. 1991(01)
本文編號：3496249
本文鏈接：http://sikaile.net/wenshubaike/xszy/3496249.html
最近更新
教材專著
