【目的】可可毛色二孢（Lasiodiplodia theobromae）是一種世界性分布的重要植物病原真菌,可引起嚴(yán)重的葡萄潰瘍�。˙otryosphaeria dieback）,影響果木品質(zhì)并造成巨大的經(jīng)濟損失。本研究預(yù)測并分析可可毛色二孢基因組范圍內(nèi)的分泌蛋白,并明確其基本特征,為該病菌分泌蛋白致病機理的研究打下基礎(chǔ)�！痉椒ā恳罁�(jù)已公布的可可毛色二孢全基因組序列,利用信號肽預(yù)測軟件SignalP v5.0、跨膜結(jié)構(gòu)分析軟件TMHMM v2.0、細(xì)胞器定位分析軟件ProtComp v9.0、GPI錨定預(yù)測軟件big-PI Fungal Predictor和亞細(xì)胞器定位分析軟件TargetP v2.0生物信息學(xué)軟件對該菌中的典型分泌蛋白進行篩選。對分泌蛋白N端信號肽的長度、氨基酸使用頻率及其切割位點進行統(tǒng)計分析。依據(jù)蛋白序列的同源性,應(yīng)用BLASTP程序?qū)Ψ置诮M蛋白進行功能注釋分析,預(yù)測其生物學(xué)功能。采用蔗糖酶缺陷的酵母分泌系統(tǒng),對所選分泌蛋白的信號肽進行活性檢測。利用qRT-PCR方法檢測所選分泌蛋白基因在可可毛色二孢侵染葡萄中的表達(dá)情況�！窘Y(jié)果】在可可毛色二孢全基因組編碼蛋白中共篩... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(24)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

可可毛色二孢中937個具有信號肽蛋白的亞細(xì)胞定位

圖1 可可毛色二孢中937個具有信號肽蛋白的亞細(xì)胞定位為了在預(yù)測蛋白中將這一部分蛋白去除，對576個蛋白序列進一步應(yīng)用big-PI Fungal predictor[26]在線軟件進行GPI錨定位點預(yù)測分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)552個蛋白序列不具有GPI錨定位點，而24個蛋白含有GPI錨定位點。通過對以上552個非GPI錨定蛋白序列測試發(fā)現(xiàn)，這552個測試蛋白序列均具有胞外分泌途徑信號肽（SP）。

進一步對20種氨基酸在候選分泌蛋白信號肽區(qū)段中的使用頻率進行統(tǒng)計分析，結(jié)果如圖5所示，在組成信號肽的20種氨基酸中，有129個丙氨酸（A），數(shù)量最多，占分泌蛋白總數(shù)的23.4%；其次為亮氨酸（L），數(shù)量為106個，占全部的19.2%；非極性、疏水的氨基酸使用頻率最高（A、G、I、L、P和V），占蛋白總數(shù)的60.2%；其次是極性、不帶電荷的氨基酸（C、M、N、Q、S和T），占全部的27.2%；帶正電荷的堿性氨基酸（K、R和H）所占比例為5.2%；帶負(fù)電荷的酸性氨基酸（A和E）占23.7%；芳香族氨基酸（W、F和Y）占6.8%。圖4 可可毛色二孢分泌蛋白的信號肽長度分布

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3444977