為了明確杜梨葉綠體基因組密碼子的使用偏性,以杜梨葉綠體基因組中的37條蛋白質(zhì)編碼序列為研究對象,利用Codon W 1.4.2和在線軟件CUSP等對其密碼子進行了中性繪圖分析、ENC-plot和PR2-plot分析。結(jié)果表明:（1）杜梨葉綠體基因組密碼子不同位置GC堿基含量為:GC₁（48.45%）> GC₂（40.76%）> GC₃（28.66%）,說明密碼子末位堿基偏好以A/U結(jié)尾;（2）有效密碼子數(shù)（ENC）取值范圍是33.13～52.73,表明密碼子偏性較弱;（3）相對同義密碼子（RSCU）分析表明,其值> 1的密碼子有30個,其中以A、U結(jié)尾的有29個;（4）GC₃和GC₁₂無顯著相關(guān),相關(guān)系數(shù)和回歸系數(shù)分別為-0.143 4和0.207 2; ENC-plot中大部分基因分布于曲線周圍和下方,ENC比值分布在-0.05～0.05區(qū)間的有14個,說明密碼子偏性主要受選擇的影響;PR2-plot分析中,T的使用頻率高于A,G的使用頻率高于C,說明密碼子... 

【文章來源】：河北農(nóng)業(yè)大學學報. 2020,43(06)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

中性繪圖分析

ENC-plot繪圖分析

PR2-plot繪圖分析

【參考文獻】：
期刊論文
[1]鐵核桃葉綠體基因組密碼子偏好性分析[J]. 原曉龍,郝佳波,王毅,陸斌.  分子植物育種. 2020(20)
[2]杜梨響應(yīng)鹽脅迫CIPK01的克隆及表達分析[J]. 王影,李慧,藺經(jīng),楊青松,常有宏.  江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2019(21)
[3]酸棗葉綠體基因組密碼子使用偏性分析[J]. 胡曉艷,許艷秋,韓有志,杜淑輝.  森林與環(huán)境學報. 2019(06)
[4]沙棗葉綠體全基因組序列及其使用密碼子偏性分析[J]. 王婧,王天翼,王羅云,張建國,曾艷飛.  西北植物學報. 2019(09)
[5]密碼子中的密碼:密碼子偏好性與基因表達的精細調(diào)控[J]. 任桂萍,董瓔瑩,黨云琨.  中國科學:生命科學. 2019(07)
[6]抽筒竹葉綠體基因組的密碼子偏好性分析[J]. 李江平,秦政,國春策,楊光耀,張文根.  竹子學報. 2019(02)
[7]兩種梧桐葉綠體基因組密碼子使用偏性分析[J]. 陸奇豐,駱文華,黃至歡.  廣西植物. 2020(02)
[8]竹亞科葉綠體基因組的密碼子使用偏性分析[J]. 吳妙麗,陳世品,陳輝.  森林與環(huán)境學報. 2019(01)
[9]巨桉葉綠體基因組密碼子偏好性分析[J]. 王鵬良,吳雙成,楊利平,王華宇,陳乃明,張照遠.  廣西植物. 2019(12)
[10]劍麻葉綠體基因組編碼序列密碼子的使用特征[J]. 金剛,覃旭,龍凌云,王麗萍,覃劍峰,危丹妮,陳濤,蔡中全.  福建農(nóng)林大學學報(自然科學版). 2018(06)

碩士論文
[1]禾本科葉綠體基因組密碼子使用模式及紫莖澤蘭葉綠體RNA編輯分析[D]. 張月榮.西北農(nóng)林科技大學 2013



本文編號：3325620