以云南優(yōu)良品種"三臺"核桃4個不同成熟期種仁為材料,從分子水平上探索云南核桃（Juglans sigillata）種子不同成熟期種仁合成相關基因的表達模式。共有53 868條unigenes得到了注釋,其中33 407條unigenes注釋在Nr數(shù)據(jù)庫中;31 725條unigenes注釋在KEGG數(shù)據(jù)庫中;Swissprot數(shù)據(jù)庫中注釋到19 842條unigenes;COG數(shù)據(jù)庫中注釋到16 655條unigenes。四大數(shù)據(jù)庫共注釋到33 753條unigenes,占總unigenes的62.66%。CK-vs-HT1、CK-vs-HT2、CK-vs-HT3、HT1-vs-HT2、HT1-vs-HT3、HT2-vs-HT3分別有2 417、2 703、4 166、1 256、5 347、3 283條上調表達的差異基因和9 515、12 455、9 498、1 751、3 132、1 365條下調表達的差異基因。不同時期基因差異表達富集度最高的為脂肪酸生物合成代謝通路。核桃果實在成熟中后期,油脂及蛋白大量積累,相關基因表達量增加。 

【文章來源】：安徽農業(yè)科學. 2020,48(23)

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

“三臺”核桃四大數(shù)據(jù)庫注釋維恩圖

Nr數(shù)據(jù)庫屬于非冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫NR(non-redundant protein sequence database)非冗余蛋白庫,NCBI收錄,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,對于所有已知的或可能的編碼序列,NR記錄中都給出了相應的氨基酸序列(通過已知或可能的讀碼框推斷而來)以及專門蛋白數(shù)據(jù)庫中的序列號[13]�！叭_”核桃序列與Nr數(shù)據(jù)庫比對的結果如圖2。其中有25 505條unigenes比對到云南核桃即鐵核桃上,基因配比率達76.34%,其余依次為土瓶草(2.46%)、可可(2.12%)、葡萄(1.14%)、木豆(1.01%)、黃麻(0.85%)、粉掌(0.76%)、棗(0.74%)、烏梅(0.61%)等。而其余13.37%的序列沒有明確匹配到相應物種,可能是因為分散到了多種其他物種,或由于產生了一些數(shù)據(jù)庫里沒有的新基因。2.4 KEGG pathway分析

表2 “三臺”核桃轉錄組的KEGG注釋結果統(tǒng)計Table 2 Statistics of KEGG annotation results of Santai walnut transcripts KEGG代表類別KEGG categories represented 基因數(shù)Number of uniques 新陳代謝Metabolism 6 662 遺傳信息過程Genetic information processing 2 498 環(huán)境信息過程Environmental information processing 546 細胞過程Cellular processes 567 生物系統(tǒng)Organismal systems 422 合計Total 10 6952.5 COG功能分類

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3295597