為探究懷玉山高山馬鈴薯平原生境種植出現(xiàn)種性退化導(dǎo)致形態(tài)和品質(zhì)變異的機制,本研究以懷玉山高山馬鈴薯(麻籽洋芋)正常種及其平原種植退化種的采后塊莖為試驗材料進行轉(zhuǎn)錄組分析.結(jié)果表明:懷玉山高山馬鈴薯正常種及其平原種植退化種塊莖差異表達基因數(shù)目為3 604個,其中上調(diào)基因的數(shù)目為1 331個,下調(diào)基因的數(shù)目2 273個. GO富集分析顯示,差異基因主要注釋到鎘離子響應(yīng)、根毛伸長、對缺水的反應(yīng)、病原菌防御反應(yīng)、鹽脅迫反應(yīng)、脫落酸反應(yīng)、細胞組分、質(zhì)膜、細胞內(nèi)包膜細胞器、葉綠體、高爾基體、光系統(tǒng)Ⅱ、光系統(tǒng)I、蛋白質(zhì)結(jié)合、電子載體活性、血紅素結(jié)合、葉綠素結(jié)合、谷胱甘肽結(jié)合等功能. KEGG富集分析顯示,差異基因主要注釋到苯丙氨酸代謝、植物-病原菌相互作用、苯丙素生物合成、谷胱甘肽代謝、半乳糖代謝、光合作用、氮代謝等生物功能. qRT-PCR檢測了10個差異基因在懷玉山高山馬鈴薯正常種及其平原種植退化種塊莖的表達量,其變化趨勢均與RNA-seq一致.研究結(jié)果將為進行懷玉山高山馬鈴薯平原生境種植出現(xiàn)形態(tài)變大、品質(zhì)下降等現(xiàn)象的基因表達分析提供參考.

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗材料
    1.2 試驗方法
        1.2.1 RNA提取
        1.2.2 Illumina Hiseq測序
        1.2.3 數(shù)據(jù)分析
        1.2.4 相關(guān)差異表達基因的qRT-PCR
2 結(jié)果與分析
    2.1 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
    2.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與參考基因組序列的比對效率
    2.3 基因表達量分析
    2.4 基因差異表達分析
    2.5 差異表達基因GO分類
    2.6 差異表達基因COG分類
    2.7 差異表達基因KEGG注釋
    2.8 相關(guān)差異表達基因的qRT-PCR分析驗證
3 討 論



本文編號：3993524