目的:利用生物信息學方法從夏枯草(Prunella vulgaris)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中篩選,鑒定夏枯草WRKY轉(zhuǎn)錄因子,并對其蛋白特征、表達水平進行分析。方法:從夏枯草轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫中篩選WRKY轉(zhuǎn)錄因子,并對蛋白基序、理化性質(zhì)、功能注釋、系統(tǒng)進化、表達特性等進行分析,并預測其功能。結(jié)果:從夏枯草中共獲得23條WRKY轉(zhuǎn)錄因子序列。序列結(jié)構分析發(fā)現(xiàn),夏枯草WRKY蛋白均包含一個保守的WRKYGQK模塊,通過與擬南芥同源蛋白進行進化分析表明,夏枯草WRKY蛋白可分為I和Ⅱ型2種類型;I組共有7個成員;Ⅱ組共有16個成員,Ⅱ組可進一步分為Ⅱ-b(3個),Ⅱ-c(5個),Ⅱ-d(3個)和Ⅱ-e(5個)4個亞組。夏枯草WRKY蛋白的理化特性分析結(jié)果表明,WRKY蛋白的氨基酸數(shù)在85～599個之間;相對分子質(zhì)量在9 527.5～66 438.4 Da;理論等電點在5.01～9.83;其中c13719.graph_c0,c32199.graph_c0,c24547.graph_c0,c37881.graph_c0等可能在夏枯...

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圖1夏枯草WRKY蛋白家族序列比對（Ⅰ型）

利用DNAMAN5.1序列分析軟件對夏枯草WRKY轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構域蛋白序列進行鑒定和分析。結(jié)果顯示，根據(jù)WRKY保守域可分為Ⅰ和Ⅱ型2種類型，Ⅰ組可進一步分為I-N和I-C亞組，Ⅰ組共有7個成員，其N端WRKY七肽域和鋅指結(jié)構為WRKYGQK和CX4CX22HXH形式，C端WRK....

圖2夏枯草WRKY蛋白家族序列比對（Ⅱ型）

圖1夏枯草WRKY蛋白家族序列比對（Ⅰ型）2.4夏枯草WRKY基因家族基序分析

圖3夏枯草WRKY轉(zhuǎn)錄因子基序分析

利用在線軟件MEME對夏枯草WRKY家族蛋白序列進行分析，結(jié)果顯示，夏枯草WRKY基因家族包含10個保守元件，不同的夏枯草WRKY基因含有的motif和種類不盡相同，見圖3。對23個夏枯草轉(zhuǎn)錄因子家族蛋白上所含的10個基序所分布的規(guī)律分析發(fā)現(xiàn)，除夏枯草c27218.graph＿c....

圖4夏枯草WRKY家族蛋白與擬南芥WRKY家族蛋白進化樹（I型）

從PlantTFDB數(shù)據(jù)庫中下載擬南芥56個WRKY家族蛋白氨基酸序列，采用MEGA6.0軟件對夏枯草23個和擬南芥56個（I型蛋白15個，Ⅱ型蛋白41個）WRKY蛋白序列，構建系統(tǒng)進化樹。夏枯草WRKY蛋白可分為2大類，以擬南芥WRKY蛋白區(qū)分，可將夏枯草Ⅱ型細分為Ⅱ-b，Ⅱ-....

本文編號：3939159