黑果枸杞果實發(fā)育過程中轉錄組測序分析
發(fā)布時間:2024-03-17 09:21
【目的】研究黑果枸杞果實在不同發(fā)育階段基因表達譜的變化情況,為進一步開展黑果枸杞果實發(fā)育過程中的分子生物學研究提供基礎資料!痉椒ā恳院诠坭焦麑嵃l(fā)育過程中青果期、變色期和成熟期的果實為材料,利用新一代高通量測序技術平臺Illumina Solexa進行轉錄組測序和數據de novo組裝,并對得到的Unigene進行功能注釋、分類及代謝通路分析!窘Y果】基于轉錄組測序數據得到N50值為1 743 bp及平均長度為1 262.65bp的黑果枸杞Unigene共有43 573條。在GO、KEGG、KOG、NR和SwissProt數據庫上得到注釋的Unigene總數為23 723條,占總Unigene的54.44%,有3 726條Unigene在這5個數據庫中同時得以注釋,但還有19 850個Unigene在這些數據庫中沒有得到注釋。23 559條和17 212條Unigene分別在Nr和SwissProt數據庫有同源比對信息。GO數據庫中注釋到的15 064個Unigene分為細胞組分、分子功能及生物學過程等3大類62個功能組。KOG數據庫中注釋到的13 128個Unigene功能系統(tǒng)分為...
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【部分圖文】:
本文編號:3930813
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圖1Unigene中NR,SwissProt,KOG,GO,KEGG注釋交并集
由表3~4可看出,黑果枸杞果實轉錄組所得Unigene有23559個Unigene在NR數據庫中得到注釋。在NR數據庫注釋中與馬鈴薯Solanumtuberosum同源序列最多,為4586個,占注釋Unigene的19.47%;與擬南芥Arabidopsisthalian....
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