本研究基于木本油料植物光皮樹葉片轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),利用軟件MISA (1.0)對所有Unigene進行SSR搜索、檢測和特征分析。結(jié)果顯示,光皮樹葉片轉(zhuǎn)錄組36 839條Unigene,有8 945條Unigene含有SSR。一共有SSR位點12 538個,出現(xiàn)頻率約為2 514 bp/個。其中完整型和混合型SSR位點個數(shù)分別為11 050和1 488,一條Unigene中含有5、4、3、2、1個SSR位點的分別有11、37、199、1 329、8 540條。SSR豐富度依次為二、一、三、四、六、五核苷酸,分別有7 282、3 388、1 675、96、59、38個。SSR共有210種重復基元,從一核苷酸到六核苷酸分別有4、12、60、52、27、55種。其中SSR重復基元的重復次數(shù)均在5～44次,重復次數(shù)主要集中在4～15次,占94.47%。不同類型SSR重復基元頻率最高的4類堿基序列依次為AG/CT、A/T、AT/AT和AC/CT,以二核苷酸為主。通過正交實驗,得出SSR-PCR反應(yīng)體系最佳組合為:退火溫度55℃+循環(huán)次數(shù)34+模板濃度50 ng/μL+引物量0.5μL。SSR-PCR反...

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【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 RNA質(zhì)量檢測
    1.2 光皮樹葉片轉(zhuǎn)錄組測序與拼接組裝
    1.3 SSR數(shù)量及分布特點
    1.4 SSR重復基元類型特征分析
    1.5 SSR不同重復基元堿基特征分析和長度分布
    1.6 光皮樹SSR-PCR反應(yīng)體系優(yōu)化
2 討論
3 材料與方法
    3.1 實驗材料
    3.2 總RNA提取與檢測
    3.3 轉(zhuǎn)錄組測序與拼裝
    3.4 DNA提取
    3.5 DNA質(zhì)量與SSR-PCR產(chǎn)物檢測
    3.6 引物合成參數(shù)與反應(yīng)體系



本文編號：3834442