發(fā)布時(shí)間：2022-12-08 03:52

　　系統(tǒng)發(fā)育分析是揭示物種間進(jìn)化關(guān)系的重要方法。由于插入/缺失（Insertion/Deletion, InDels）變異情況的復(fù)雜性,大多數(shù)研究進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析時(shí)往往只考慮單核苷酸堿基替換（Single nucleotide polymorphism, SNPs）,忽略了InDels的遺傳變異信息。為揭示InDels在系統(tǒng)發(fā)育分析中的解析力,本研究對(duì)花生屬13個(gè)物種葉綠體基因組全序列的遺傳變異信息（SNPs和InDels）進(jìn)行統(tǒng)計(jì)和處理,首先依據(jù)全部SNPs變異所構(gòu)建系統(tǒng)樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),確定的NJ樹分支系統(tǒng)關(guān)系揭示所需SNPs飽和變異數(shù)目。結(jié)果顯示,當(dāng)SNP數(shù)目達(dá)到3000個(gè)之后,拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)持續(xù)保持穩(wěn)定。研究發(fā)現(xiàn)InDels能夠增加系統(tǒng)發(fā)育樹中某些節(jié)點(diǎn)的分辨率,但其解析力低于同等數(shù)目的SNP的解析力。綜上,InDels作為主要遺傳變異形式之一,能夠?yàn)闇?zhǔn)確解析系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系提供有力支持。 

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【文章目錄】：
1 數(shù)據(jù)與方法
    1.1 花生葉綠體基因組數(shù)據(jù)收集
    1.2 序列對(duì)齊及變異處理
    1.3 SNP變異構(gòu)樹飽和度
    1.4 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
        1.4.1 利用MEGA v6.0進(jìn)行NJ樹的構(gòu)建
        1.4.2 利用MEGA v6.0進(jìn)行MP樹的構(gòu)建
2 結(jié)果與分析
    2.1 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建所需SNP數(shù)目飽和度分析
    2.2 InDels對(duì)系統(tǒng)發(fā)育樹的影響及其解析力分析
3 討 論
4 結(jié) 論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Development of genome-wide insertion/deletion markers in rice based on graphic pipeline platform[J]. Yang L,Xiao Cui,Rui Li,Piaopiao Huang,Jie Zong,Danqing Yao,Gang Li,Dabing Zhang,Zheng Yuan.  Journal of Integrative Plant Biology. 2015(11)



本文編號(hào)：3713493