薔薇科桃屬植物長柄扁桃Amygdalus pedunculataPall.是我國重點發(fā)展的12種木本油料作物之一。將自然生長在陜西省榆林市毛烏素沙地的長柄扁桃進行高通量測序、組裝得到了GenBank登錄號為MG602257的長柄扁桃葉綠體基因組。與NCBI中其他兩個長柄扁桃葉綠體基因組（MG869261和KY101153）進行序列比對發(fā)現(xiàn):長柄扁桃葉綠體基因組均呈現(xiàn)典型的4分區(qū)域結構;基因組序列GC含量均是36.8%;總長度MG602257<MG869261<KY101153,分別為157 851 bp、157 873 bp和157 948 bp;3個葉綠體基因組存在149個突變位點,包括93次替換事件、56次插入缺失事件、無小倒位事件。長柄扁桃葉綠體基因組密碼子數(shù)目和RSCU值偏性分析具有極高的相似性。3個長柄扁桃葉綠體基因組在JLB/JSB/JSA/JLA四個邊界有相同的基因類型和排列順序,但在LSC/IRa邊界JSA中,ndhF基因在MG602257和MG869261中的總長度相同,而在KY101153中總長度增加9bp;ycf1基因橫跨IRb/SSC邊界區(qū),基因長度... 

【文章來源】：生物工程學報. 2020,36(12)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

長柄扁桃的葉綠體基因組不同序列插入缺失事件分布情況

長柄扁桃的葉綠體基因組插入缺失類型與數(shù)目

長柄扁桃和同屬物種榆葉梅是多倍體植物，分類地位一直有爭議[41-44]。在分子系統(tǒng)學中，高等植物葉綠體基因是研究植物分類中可依賴的材料。為闡明長柄扁桃在扁桃亞屬上的系統(tǒng)進化位置和與近緣種的親緣關系，本研究選取NCBI中全部已有的長柄扁桃葉綠體基因組，加上已公布的共9個物種的13條葉綠體基因組序列為研究對象構建進化樹。選取的植物物種葉綠體基因組具體情況如表2所示。以MEGA5.5和Geneious軟件構建NJ進化樹如圖8所示。圖8中結果顯示長柄扁桃MG602257、MG869261和KY101153三條序列聚為一支，KY101153與榆葉梅聚為一小支，顯示長柄扁桃和榆葉梅親緣關系相近，研究結果與董山平等學者結論一致[4,41-44]。圖7 長柄扁桃葉綠體基因組密碼子的RSCU值對比

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3623914