為了分析鐵皮石斛組培苗與有菌根的栽培苗的circular RNA （circRNA）變化,采用高通量測(cè)序方法對(duì)鐵皮石斛組培苗和栽培苗進(jìn)行circRNA檢測(cè),并分析它們之間的差異。結(jié)果顯示:兩組4個(gè)樣品共測(cè)出4115組不同的circRNA,其中有顯著性差異的有27種,在實(shí)驗(yàn)組中17種為顯著上調(diào),10種為顯著下調(diào);GO富集分析一共檢測(cè)出99組數(shù)據(jù),其中顯著性基因最多是核基因;KEGG富集分析表明,circRNA共有富集在7條KEGG通路上,其中丁酸甲酯代謝途徑（Butanoate metabolism）和錯(cuò)配修復(fù)途徑（Mismatch repair）具有顯著性差異。以上結(jié)果可為進(jìn)一步研究鐵皮石斛形成菌根前后circRNA的變化提供參考。 

【文章來(lái)源】：浙江理工大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,43(06)

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

差異circRNA聚類熱圖

以log2FC為橫坐標(biāo),以t檢驗(yàn)顯著性檢驗(yàn)-log10(p)為縱坐標(biāo),以所測(cè)得的circRNA為原始數(shù)據(jù),得到的差異circRNA火山圖(圖2)。在圖2中,log2FC>1.0部分代表在實(shí)驗(yàn)組中上調(diào),log2FC<1.0為下調(diào),-log10(p)>1.0 可認(rèn)為具有一定的差異性,-log10(p)>1.3為具有顯著的差異性。其中有部分只在實(shí)驗(yàn)組檢測(cè)出的circRNA或只在對(duì)照組檢測(cè)出的circRNA,因?yàn)閾Q算成的log2FC值趨近正負(fù)無(wú)窮大而未能在圖中顯示出來(lái)(這部分可參照表5和表6)。從圖2中可以看出,在此次所測(cè)得的兩組樣品中,circRNA的顯著性差絕大部分在0.5以下,少部分在0.5～1.3之間,極少部分在1.3以上,而在后兩個(gè)區(qū)間中,在實(shí)驗(yàn)組中上調(diào)的circRNA數(shù)量都比下調(diào)的要高。2.6 差異circRNA 的GO富集分析

通過(guò)對(duì)KEGG富集分析(表7和圖4),發(fā)現(xiàn)顯著差異的circRNA共富集在7條KEGG通路,7條KEGG通路中,有6條為上調(diào)circRNA的KEGG富集通路,1條為下調(diào)circRNA的KEGG富集通路。其中丁酸甲酯代謝途徑(Butanoate metabolism)和錯(cuò)配修復(fù)途徑(Mismatch repair)具有顯著性差異,而磷酸肌醇代謝途徑(Inositol phosphate metabolism)和磷脂酰肌醇信號(hào)系統(tǒng)(Phosphatidylinositol signaling system)差異性較小。表7 差異circRNA的KEGG富集分析表 通路ID 通路名稱 circRNA編碼 上調(diào)/下調(diào) p值 ko00650 丁酸甲酯代謝途徑 circRNA2827 上調(diào) 0.04 ko03430 錯(cuò)配修復(fù)途徑 circRNA1301 上調(diào) 0.05 ko00250 丙氨酸,天門冬氨酸和谷氨酸代謝途徑 circRNA2827 上調(diào) 0.06 ko03440 同源重組途徑 circRNA120 上調(diào) 0.09 ko00330 精氨酸和脯氨酸代謝途徑 circRNA1379 下調(diào) 0.09 ko00562 磷酸肌醇代謝途徑 circRNA676 上調(diào) 0.12 ko04070 磷脂酰肌醇信號(hào)系統(tǒng) circRNA676 上調(diào) 0.13

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]circRNA的生物學(xué)功能及其在卵巢癌中的研究進(jìn)展[J]. 劉致新,孫文洲,李佳欣,于麗波.  癌癥進(jìn)展. 2020(04)
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博士論文
[1]葡萄circRNA鑒定分析及Vv-circATS1的抗冷功能研究[D]. 高振.上海交通大學(xué) 2019
[2]玉米小斑病菌O小種分化鑒定與非編碼RNA效應(yīng)物研究[D]. 王猛.上海交通大學(xué) 2018

碩士論文
[1]番茄晚疫病密切相關(guān)circRNA及其功能初探[D]. 張敏.大連理工大學(xué) 2018
[2]在擬南芥中檢測(cè)和驗(yàn)證環(huán)形RNA及其在植物與病原物互作中的作用研究[D]. 王彥如.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016



本文編號(hào)：3536143