株高是影響大豆單株產(chǎn)量的重要性狀,明確調(diào)控大豆株高的主效基因?qū)梅肿虞o助育種手段提高大豆產(chǎn)量具有重要意義。選用株高差異顯著的東農(nóng)594（高稈）為父本,Charleston（矮稈）為母本,雜交構(gòu)建F₂群體和RIL群體,然后選取F₂群體的1 500個(gè)單株中極高和極矮單株各40株和RIL群體的高矮稈單株各20株,分別建立2套高矮稈池;進(jìn)而利用二代DNA測(cè)序技術(shù)對(duì)親本進(jìn)行50×測(cè)序,高矮稈池進(jìn)行20×測(cè)序并篩選read讀數(shù)大于4的高質(zhì)量可信SNP位點(diǎn),在F₂群體篩選到20 187個(gè)符合要求的SNP位點(diǎn)、RIL群體篩選到20 285個(gè)符合要求的SNP位點(diǎn);最后采用混合群體分離分析（Bulked segregant analysis, BSA）的SNP-index關(guān)聯(lián)分析法和Euclidean distance（ED）關(guān)聯(lián)分析法計(jì)算2個(gè)群體和株高關(guān)聯(lián)的染色體區(qū)間,進(jìn)而重新計(jì)算株高關(guān)聯(lián)染色體的閾值,并篩選2個(gè)群體2種方法共同定位到的10個(gè)染色體區(qū)間作為候選區(qū)間,此結(jié)果顯著降低了全基因組單一閾值鑒定到的染色體區(qū)間,提高了定位結(jié)果的準(zhǔn)確... 

【文章來(lái)源】：華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2020,35(S1)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：10 頁(yè)

【部分圖文】：

RIL群體各染色體單獨(dú)計(jì)算閾值

對(duì)F2群體各染色體的SNP位點(diǎn)分別分析結(jié)果表明Chr1有609個(gè)SNP位點(diǎn)；Chr2有1 075個(gè)；Chr3有995個(gè)；Chr4有937個(gè)；Chr5有1 012個(gè)；Chr9有1 058個(gè)；Chr11有820;Chr12有845個(gè)；Chr15有967個(gè)(圖4)。然后計(jì)算了置信度為0.90時(shí)各染色體ΔSNP-index關(guān)聯(lián)分析閾值：Chr1為0.44;Chr2為0.80;Chr3、Chr4為0.40;Chr5為0.08;Chr9、Chr11、Chr12為0.24;Chr15為0.06。通過ED關(guān)聯(lián)分析取每條染色體所有位點(diǎn)擬合值的median+3SD作為分析的關(guān)聯(lián)閾值：Chr1為0.46;Chr2為1.00;Chr3為0.58;Chr4為0.40;Chr5、Chr11、Chr12為0.45;Chr9為0.22;Chr15為0.29(表1)。

首先對(duì)RIL群體的株高QTL進(jìn)行BSA關(guān)聯(lián)分析，共得到read讀數(shù)大于4的高質(zhì)量SNP位點(diǎn)20 285個(gè)。經(jīng)計(jì)算，當(dāng)置信度為0.90時(shí)，RIL群體ΔSNP-index方法的閾值為0.17,ED方法的閾值為1(圖1)。計(jì)算結(jié)果表明，在18個(gè)染色體有高于閾值的區(qū)間。其中，16號(hào)染色體有1個(gè)；1,4,12,14,15,17號(hào)染色體有2個(gè)；3,8,13號(hào)染色體有3個(gè)；5,7,9,10,11,19號(hào)染色體有4個(gè)；6號(hào)染色體有5個(gè)；2號(hào)染色體有8個(gè)。接下來(lái)對(duì)F2群體株高QTL進(jìn)行BSA關(guān)聯(lián)分析，得到read讀數(shù)大于4的高質(zhì)量SNP位點(diǎn)20 187個(gè)。當(dāng)置信度為0.90時(shí)，F(xiàn)2群體ΔSNP-index的閾值為0.5,ED關(guān)聯(lián)分析閾值為1.2(圖2)。計(jì)算結(jié)果表明，19個(gè)染色體有高于閾值的區(qū)間。其中，1號(hào)染色體有1個(gè)；9,12,20號(hào)染色體有2個(gè)；10,13,16號(hào)染色體有3個(gè)；2,4,5,6,7,8,11,14,17號(hào)染色體有4個(gè)；3,15,19號(hào)染色體有5個(gè)。

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3433020