煙草開花期全基因組關聯(lián)分析
發(fā)布時間：2021-08-17 06:56
煙草開花期影響煙葉的產量和品質,是決定生態(tài)適應性和產量的重要性狀,與各種生物或非生物脅迫密切相關。研究煙草開花期的遺傳規(guī)律,進而解析調控開花時間的分子基礎,對煙草品種改良具有重要意義。本研究選用煙草MAGIC（Multiparent Advanced Generation Inter-crossing）群體為材料,利用高密度煙草SNP（Single Nucleotide Polymorphism）芯片進行基因型分析,進而對開花期性狀進行全基因組關聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study,GWAS）。結果表明,共檢測到13個與煙草開花期性狀顯著關聯(lián)位點,其中位于12號染色體109 616 410bp位置上的SNP為最顯著關聯(lián)位點。根據(jù)參考基因組,初步確定了控制開花期的關鍵候選基因Ntab0279610,該基因與擬南芥控制開花的關鍵基因SOC1高度同源,可能在控制煙草開花時間上起到關鍵作用。研究結果為進一步揭示煙草開花期遺傳調控機制及育種改良奠定了基礎。
【文章來源】：中國煙草科學. 2020,41(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：6 頁
【部分圖文】：
MAGIC群體材料開花期的表型分布圖
采用TASSEL V 5.0軟件MLM模型，對519份MAGIC群體材料進行開花期的全基因組關聯(lián)分析，如圖2、3所示。其中共檢測到13個與開花期顯著關聯(lián)的位點（p<0.000 1）（表1），分別位于煙草第4、5、6、8、12、13、15、17、19號染色體上，根據(jù)p值排序，在煙草全基因組染色體上的物理位置分別為：12號染色體，109 616 410 bp;8號染色體，2 266 918 bp;8號染色體，135 192 920 bp;17號染色體，43 342 018 bp;6號染色體，74 138 868bp;4號染色體，35 423 572 bp;4號染色體，91 394779 bp;12號染色體，57 703 873 bp;13號染色體，76 563 713 bp;15號染色體，21 104 329 bp;5號染色體，138 720 068 bp;6號染色體，146 052 300bp;19號染色體，40 502 891 bp；其中，4、6、8號染色體分別檢測出2個顯著性位點，12號染色體上109 616 410 bp處的SNP位點顯著性最高，p值為4.79；單個位點表型變異貢獻率（R2）范圍為3.38～4.74%，其中最顯著位點的表型貢獻率為4.49%。圖3 全基因組關聯(lián)分析分位數(shù)-分位數(shù)圖（QQ圖）
全基因組關聯(lián)分析分位數(shù)-分位數(shù)圖（QQ圖）
【參考文獻】：
期刊論文
[1]煙草成花素FT基因及其調控機制研究進展[J]. 解敏敏,龔達平,孫榕,王蕾,趙澤玉,陳明麗. 中國煙草科學. 2018(03)
[2]煙草耐低溫脅迫早花NtMYB15的克隆及功能分析[J]. 白戈,楊大海,姚恒,謝賀. 分子植物育種. 2018(11)
[3]植物MADS-box轉錄因子參與調控非生物脅迫的研究進展[J]. 姚琦園,李紛芬,張林成,周升恩. 江西農業(yè)學報. 2018(05)
[4]應用SNP標記分析24份煙草品種的遺傳多樣性[J]. 張劍鋒,羅朝鵬,何聲寶,金靜靜,李澤鋒,許亞龍,謝小東,魏攀,王燃,楊軍. 煙草科技. 2017(11)
[5]231份烤煙種質資源SSR標記遺傳多樣性及其與農藝性狀和化學成分的關聯(lián)分析[J]. 童治軍,陳學軍,方敦煌,曾建敏,吳興富,肖炳光. 中國煙草學報. 2017(05)
[6]以關聯(lián)分析發(fā)掘煙草抗赤星病基因分子標記[J]. 朱承廣,任民,蔣彩虹,張雨生,孫明銘,劉旦,程立銳,楊愛國,王元英. 中國煙草科學. 2017(01)
[7]基于關聯(lián)分析發(fā)掘煙草高鉀優(yōu)異等位變異[J]. 樊文強,孫鑫,楊愛國,程立銳,張忠鋒,任民. 中國煙草學報. 2016(02)
[8]烤煙生育期相關性狀的初步遺傳分析[J]. 蔡長春,鄧環(huán),馮吉,程玲,余君,王欣. 中國煙草學報. 2014(06)
[9]基于高密度SSR連鎖群的煙草致香物質關聯(lián)分析[J]. 任民,張長靜,蔣彩虹,程立銳,賈興華,楊愛國. 中國煙草學報. 2014(04)
[10]煙草白粉病抗性基因的QTL定位[J]. 牟建英,錢玉梅,任民,劉艷華,張興偉,王志德,潘應花. 中國煙草學報. 2013(04)
碩士論文
[1]芥菜AGL24基因的啟動子克隆與其互作因子SOC1遺傳轉化研究[D]. 陳嬌.西南大學 2016
[2]胞外脫氫抗壞血酸在低溫誘導煙草早花過程中的參與機制[D]. 楊永銀.河南農業(yè)大學 2015
[3]煙草遺傳圖譜構建與農藝性狀和化學成分的QTL定位[D]. 李茜.西南大學 2015
[4]低溫誘導煙草早花研究與煙草MADS-box基因的同源克隆[D]. 李元元.中國農業(yè)科學院 2011
[5]煙草（Nicotiana tabacum L.）赤星病抗性QTL的定位分析[D]. 焦天雷.浙江大學 2011
本文編號：3347297
【文章來源】：中國煙草科學. 2020,41(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：6 頁
【部分圖文】：
MAGIC群體材料開花期的表型分布圖
采用TASSEL V 5.0軟件MLM模型，對519份MAGIC群體材料進行開花期的全基因組關聯(lián)分析，如圖2、3所示。其中共檢測到13個與開花期顯著關聯(lián)的位點（p<0.000 1）（表1），分別位于煙草第4、5、6、8、12、13、15、17、19號染色體上，根據(jù)p值排序，在煙草全基因組染色體上的物理位置分別為：12號染色體，109 616 410 bp;8號染色體，2 266 918 bp;8號染色體，135 192 920 bp;17號染色體，43 342 018 bp;6號染色體，74 138 868bp;4號染色體，35 423 572 bp;4號染色體，91 394779 bp;12號染色體，57 703 873 bp;13號染色體，76 563 713 bp;15號染色體，21 104 329 bp;5號染色體，138 720 068 bp;6號染色體，146 052 300bp;19號染色體，40 502 891 bp；其中，4、6、8號染色體分別檢測出2個顯著性位點，12號染色體上109 616 410 bp處的SNP位點顯著性最高，p值為4.79；單個位點表型變異貢獻率（R2）范圍為3.38～4.74%，其中最顯著位點的表型貢獻率為4.49%。圖3 全基因組關聯(lián)分析分位數(shù)-分位數(shù)圖（QQ圖）
全基因組關聯(lián)分析分位數(shù)-分位數(shù)圖（QQ圖）
【參考文獻】：
期刊論文
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[7]基于關聯(lián)分析發(fā)掘煙草高鉀優(yōu)異等位變異[J]. 樊文強,孫鑫,楊愛國,程立銳,張忠鋒,任民. 中國煙草學報. 2016(02)
[8]烤煙生育期相關性狀的初步遺傳分析[J]. 蔡長春,鄧環(huán),馮吉,程玲,余君,王欣. 中國煙草學報. 2014(06)
[9]基于高密度SSR連鎖群的煙草致香物質關聯(lián)分析[J]. 任民,張長靜,蔣彩虹,程立銳,賈興華,楊愛國. 中國煙草學報. 2014(04)
[10]煙草白粉病抗性基因的QTL定位[J]. 牟建英,錢玉梅,任民,劉艷華,張興偉,王志德,潘應花. 中國煙草學報. 2013(04)
碩士論文
[1]芥菜AGL24基因的啟動子克隆與其互作因子SOC1遺傳轉化研究[D]. 陳嬌.西南大學 2016
[2]胞外脫氫抗壞血酸在低溫誘導煙草早花過程中的參與機制[D]. 楊永銀.河南農業(yè)大學 2015
[3]煙草遺傳圖譜構建與農藝性狀和化學成分的QTL定位[D]. 李茜.西南大學 2015
[4]低溫誘導煙草早花研究與煙草MADS-box基因的同源克隆[D]. 李元元.中國農業(yè)科學院 2011
[5]煙草（Nicotiana tabacum L.）赤星病抗性QTL的定位分析[D]. 焦天雷.浙江大學 2011
本文編號：3347297
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