核苷二磷酸激酶（NDPKs）參與許多與增殖、發(fā)育和分化相關(guān)的調(diào)節(jié)過程,對DNA/RNA合成、細(xì)胞分裂、大分子代謝和生長至關(guān)重要,在響應(yīng)植物非生物脅迫方面發(fā)揮重要作用。本研究選擇實驗前期獲得的一個馬鈴薯核苷二磷酸激酶基因的EST序列,以此作為實驗材料。采用電子克隆技術(shù),獲得馬鈴薯中一個核苷二磷酸激酶基因cDNA序列全長,命名為St NDPKs并上傳到GenBank數(shù)據(jù)庫中獲得登錄號。通過生物信息學(xué)的方法,對該基因所編碼的蛋白質(zhì)從理化性質(zhì)、高級結(jié)構(gòu)等多角度進(jìn)行分析預(yù)測。結(jié)果表明:該基因的cDNA全長為717 bp,編碼了238個氨基酸,分子式為C₁₁₃₃H₁₈₁₁N₃₃₁O₃₄₁S₅,是定位于葉綠體基質(zhì)的親水性蛋白;該基因?qū)儆贜DPK superfamily家族,無膜穿透性,無信號肽,磷酸化位點有28個;通過對該蛋白的結(jié)構(gòu)功能域進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)該序列中含有8個功能位點;根據(jù)蛋白質(zhì)同源序列比對結(jié)果,證明該基因與馬鈴薯核苷二磷酸激酶基因高度同源,表明該基因與核苷二磷酸激酶基因具有相似的生... 

【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(09)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

St NDPKs基因的c DNA序列及其預(yù)測的氨基酸序列

St NDPKs蛋白的疏水性/親水性預(yù)測

用NCBI中的Blast對該基因進(jìn)行同源性分析，結(jié)果顯示同源性有99%，說明St NDPKs基因與馬鈴薯NDPKs序列有高度同源性。為了進(jìn)一步探究St NDPKs基因與NDPKs之間的進(jìn)化關(guān)系，選取了馬鈴薯、辣椒、番茄、煙草、番木瓜中的核苷二磷酸激酶進(jìn)行同源進(jìn)化比對，通過MEGA 7.0軟件構(gòu)建了同源進(jìn)化樹(圖7)，可知該基因與馬鈴薯同類基因的進(jìn)化關(guān)系更近。以上結(jié)果表明，此基因?qū)儆隈R鈴薯NDPKs家族。由結(jié)果推論，St NDPKs其可能同馬鈴薯NDPKs具有類似的活性和功能。此結(jié)果與保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測的結(jié)果相一致。圖4 St NDPKs蛋白的三級結(jié)構(gòu)預(yù)測

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]植物核苷二磷酸激酶研究進(jìn)展[J]. 朱馨妮,汪珊珊,周佳琴,朱世華.  生物技術(shù)通報. 2017(11)
[2]芒果核苷二磷酸激酶（NDPK）基因克隆及表達(dá)分析[J]. 羅睿雄,趙志常,黃建峰,黨志國,高愛平.  熱帶作物學(xué)報. 2016(11)
[3]AtNDPK2基因轉(zhuǎn)化敖漢苜蓿及其耐鹽性分析[J]. 王麗娜,王麗艷,劉景文,郭永霞,金勛,芮海英.  激光生物學(xué)報. 2014(01)
[4]植物核苷二磷酸激酶（NDPKs）研究進(jìn)展[J]. 王文斌,王金勝,鄧西平,劉建東.  農(nóng)學(xué)學(xué)報. 2011(06)



本文編號：3320993