核苷二磷酸激酶（NDPKs）參與許多與增殖、發(fā)育和分化相關(guān)的調(diào)節(jié)過(guò)程,對(duì)DNA/RNA合成、細(xì)胞分裂、大分子代謝和生長(zhǎng)至關(guān)重要,在響應(yīng)植物非生物脅迫方面發(fā)揮重要作用。本研究選擇實(shí)驗(yàn)前期獲得的一個(gè)馬鈴薯核苷二磷酸激酶基因的EST序列,以此作為實(shí)驗(yàn)材料。采用電子克隆技術(shù),獲得馬鈴薯中一個(gè)核苷二磷酸激酶基因cDNA序列全長(zhǎng),命名為St NDPKs并上傳到GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得登錄號(hào)。通過(guò)生物信息學(xué)的方法,對(duì)該基因所編碼的蛋白質(zhì)從理化性質(zhì)、高級(jí)結(jié)構(gòu)等多角度進(jìn)行分析預(yù)測(cè)。結(jié)果表明:該基因的cDNA全長(zhǎng)為717 bp,編碼了238個(gè)氨基酸,分子式為C₁₁₃₃H₁₈₁₁N₃₃₁O₃₄₁S₅,是定位于葉綠體基質(zhì)的親水性蛋白;該基因?qū)儆贜DPK superfamily家族,無(wú)膜穿透性,無(wú)信號(hào)肽,磷酸化位點(diǎn)有28個(gè);通過(guò)對(duì)該蛋白的結(jié)構(gòu)功能域進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)該序列中含有8個(gè)功能位點(diǎn);根據(jù)蛋白質(zhì)同源序列比對(duì)結(jié)果,證明該基因與馬鈴薯核苷二磷酸激酶基因高度同源,表明該基因與核苷二磷酸激酶基因具有相似的生... 

【文章來(lái)源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(09)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

St NDPKs基因的c DNA序列及其預(yù)測(cè)的氨基酸序列

St NDPKs蛋白的疏水性/親水性預(yù)測(cè)

用NCBI中的Blast對(duì)該基因進(jìn)行同源性分析，結(jié)果顯示同源性有99%，說(shuō)明St NDPKs基因與馬鈴薯NDPKs序列有高度同源性。為了進(jìn)一步探究St NDPKs基因與NDPKs之間的進(jìn)化關(guān)系，選取了馬鈴薯、辣椒、番茄、煙草、番木瓜中的核苷二磷酸激酶進(jìn)行同源進(jìn)化比對(duì)，通過(guò)MEGA 7.0軟件構(gòu)建了同源進(jìn)化樹(圖7)，可知該基因與馬鈴薯同類基因的進(jìn)化關(guān)系更近。以上結(jié)果表明，此基因?qū)儆隈R鈴薯NDPKs家族。由結(jié)果推論，St NDPKs其可能同馬鈴薯NDPKs具有類似的活性和功能。此結(jié)果與保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)的結(jié)果相一致。圖4 St NDPKs蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3320993