發(fā)布時(shí)間：2024-04-18 01:26

　　以銀杏基因組數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),通過序列比對(duì),并經(jīng)過鑒定篩選,共獲得112個(gè)ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員,對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)及表達(dá)模式分析。結(jié)果顯示:銀杏112個(gè)ERF成員在系統(tǒng)進(jìn)化樹上分為10個(gè)亞家族;基因結(jié)構(gòu)分析表明,大部分ERF家族基因結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單,僅少量基因含有1～4個(gè)內(nèi)含子;基因表達(dá)分析顯示,39個(gè)ERF基因在雄蕊中表達(dá)量較高,20個(gè)基因在幼苗中表達(dá)量較高,40個(gè)基因在胚中表達(dá)量較高;部分基因在雄蕊、胚和幼苗中具有相同的表達(dá)模式,說明其可能具有類似的功能。

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【部分圖文】：

圖1銀杏ERF家族的系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果

根據(jù)已知的擬南芥ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員的氨基酸序列，在銀杏數(shù)據(jù)庫中檢索到147條可能為AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員的氨基酸序列。進(jìn)一步采用NCBI–CDD在線工具對(duì)氨基酸序列上的保守結(jié)構(gòu)域進(jìn)行檢測(cè)，剔除保守結(jié)構(gòu)域中不完整的序列，最終得到112個(gè)銀杏ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員。根據(jù)下....

圖2銀杏ERF家族成員AP2/ERF保守結(jié)構(gòu)域

利用ClustalX對(duì)銀杏ERF轉(zhuǎn)錄因子家族成員的氨基酸序列進(jìn)行多重比對(duì)，發(fā)現(xiàn)112個(gè)成員中均含有1個(gè)由60～70個(gè)氨基酸殘基組成的保守區(qū)域，即AP2/ERF結(jié)構(gòu)域，在其N端含有3個(gè)β–折疊，C端含有1個(gè)α–螺旋(圖2–A)。利用在線工具WebLogo分析銀杏ERF家族所有成....

圖3銀杏ERF家族基因結(jié)構(gòu)分析

利用在線工具GSDS對(duì)銀杏ERF家族112個(gè)成員的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析，結(jié)果如圖3所示。大部分的基因不含有內(nèi)含子，有19個(gè)基因成員含有1個(gè)內(nèi)含子，4個(gè)ERF基因成員含有2個(gè)內(nèi)含子，5個(gè)基因含有3個(gè)內(nèi)含子，僅有2個(gè)基因含有4個(gè)內(nèi)含子。其中，含有3個(gè)內(nèi)含子的基因主要分布在第IV、VII....

圖4銀杏不同組織ERF編碼基因的表達(dá)分析結(jié)果

利用Heml1.0軟件繪制基因表達(dá)熱圖(圖4)。結(jié)果顯示：112個(gè)銀杏ERF家族基因在不同的組織中表達(dá)水平存在差異，39個(gè)基因成員在銀杏雄株開花期的雄蕊中的表達(dá)水平較高；20個(gè)基因在銀杏幼苗中的表達(dá)水平較高；40個(gè)基因在銀杏雌株的胚中表達(dá)量較高；剩余的13個(gè)ERF家族基因在3個(gè)....

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