蒙古櫟(Quercus mongolica)是我國北方闊葉樹主要建群種,采用RNA-seq技術(shù)對蒙古櫟葉片的轉(zhuǎn)錄組進行測序。通過Illumina測序平臺共獲得52 076 914條有效reads,從頭組裝共得到24 196個UniGene,平均長度為732 bp。根據(jù)GO功能注釋,共有17 561個UniGene可以注釋到分別對應(yīng)于細胞組分、分子功能、生物學(xué)過程的674、1 909、2 842個GO term。KEGG富集分析表明,9 189個UniGene被富集到138條代謝途徑,主要包括植物-病原體相互作用、剪接體、內(nèi)吞、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白質(zhì)加工、植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等。根據(jù)eggNOG分類注釋結(jié)果,19 378個UniGene富集到25個功能類別中。NCBI_nr庫注釋結(jié)果表明,蒙古櫟與核桃(Juglans regia)之間可能存在較近的親緣關(guān)系。研究結(jié)果擴充了蒙古櫟的基因資源,為進一步挖掘蒙古櫟的功能基因信息提供了理論基礎(chǔ)。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 樣品采集與總RNA提取
    1.2 c DNA文庫構(gòu)建與轉(zhuǎn)錄組測序
    1.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)從頭組裝
    1.4 基因注釋
2 結(jié)果與分析
    2.1 蒙古櫟葉片轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝
    2.2 Uni Gene的GO分類注釋
    2.3 Uni Gene的KEGG代謝途徑分類
    2.4 Uni Gene的egg NOG分類注釋
    2.5 Uni Gene的NCBI＿nr庫注釋
3 小結(jié)



本文編號：3812004