【目的】白花泡桐Paulownia fortunei (Seem.) Hemsl.為中國南方重要的尾礦造林樹種。為了揭示泡桐根系受重金屬脅迫后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制,明確泡桐根系響應重金屬脅迫的相關(guān)基因和重要通路�！痉椒ā恳陨L在鉛鋅礦、南方紅壤的白花泡桐根為實驗材料,進行高通量測序,將組裝的基因序列在Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、SwissProt、KEGG和GO數(shù)據(jù)庫中進行基因功能注釋,同時對在紅壤、鉛鋅礦中差異表達的泡桐根部基因進行了分析�！窘Y(jié)果】1)經(jīng)過測序共得到366 701 960條reads序列,總堿基數(shù)為53.90 Gb,GC平均含量達44.58%。將測序所得reads再經(jīng)Trinity軟件組裝后得到126 061條基因序列,其中96 133條序列獲得了注釋信息,占總數(shù)的76.25%。2)注釋到Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO數(shù)據(jù)庫的基因序列數(shù)分別為63 938、64 685、68 840、29 886、66 433、28 747、68 840條。3)相對于紅壤生長條件,鉛鋅礦脅迫時泡桐根部分別有154個基因上調(diào)和4 143個基...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實驗材料
    1.2 實驗設(shè)計
    1.3 實驗方法
        1.3.1 RNA提取與鑒定
        1.3.2 文庫構(gòu)建及轉(zhuǎn)錄組測序
        1.3.3 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估及轉(zhuǎn)錄本拼接
        1.3.4 基因功能注釋
        1.3.5 SSR監(jiān)測及引物設(shè)計
        1.3.6 差異表達基因分析
        1.3.7 差異表達基因的q RT-PCR驗證
2 結(jié)果與分析
    2.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
    2.2 基因功能注釋與分類
        2.2.1 功能注釋序列比較
        2.2.2 GO數(shù)據(jù)庫注釋與分類
        2.2.3 KOG數(shù)據(jù)庫注釋與分類
        2.2.4 KEGG數(shù)據(jù)庫注釋分析與分類
        2.2.5 基因表達水平分析
    2.3 差異表達基因分析
        2.3.1 差異基因的篩選
        2.3.2 差異表達基因的GO富集性分析
        2.3.3 差異表達基因KEGG富集性分析
        2.3.4 鉛鋅礦脅迫下的轉(zhuǎn)錄因子分析
        2.3.5 差異表達基因q RT-PCR驗證
3 結(jié)論與討論



本文編號：3801113