【目的】目前杉木分子標(biāo)記數(shù)量無法滿足種質(zhì)資源評價及分子標(biāo)記輔助育種等相關(guān)研究需求,需要開發(fā)更多的杉木SSR標(biāo)記十分重要�！痉椒ā恳躁惿郊t心杉轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),進(jìn)行EST-SSR標(biāo)記的檢測和開發(fā),并對陳山紅心杉二代種子園進(jìn)行遺傳變異分析。【結(jié)果】轉(zhuǎn)錄組測序共獲得99 122 394個reads片段,包含了14.87 Gb的序列數(shù)據(jù)。序列組裝后,獲得76 597個unigene,共計104.18 Mb數(shù)據(jù),平均長983 bp。尋找到8 072個SSR位點(diǎn),單核苷酸和三核苷酸是主要重復(fù)類型,分別占總數(shù)的66.30%和17.48%,其次是二核苷酸重復(fù)類型,占總數(shù)的12.31%。AT/TA和AG/TC是主要的雙堿基重復(fù)序列,分別占總位點(diǎn)數(shù)的6.79%和1.93%。AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三堿基重復(fù)序列,分別占總位點(diǎn)數(shù)的1.45%和1.44%。從隨機(jī)挑選的150對SSR引物中篩選出11對多態(tài)性引物。陳山紅心杉二代種子園SSR位點(diǎn)間的平均等位基因數(shù)為4.4個,有效等位基因?yàn)?.4個;群體平均觀察雜合度、期望雜合度、Shannon多樣性指數(shù)分別為0.533 5、0.563 8、1.0... 

【文章頁數(shù)】：8 頁

【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 植物材料
    1.2 轉(zhuǎn)錄組測序
    1.3 EST-SSR挖掘和引物設(shè)計
    1.4 引物篩選與產(chǎn)物檢測
    1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝
    2.2 轉(zhuǎn)錄組中EST-SSR位點(diǎn)的分布特點(diǎn)
    2.3 EST-SSR引物的篩選
    2.4 陳山紅心杉二代種子園遺傳多樣性和遺傳相似系數(shù)
3 結(jié)論和討論
    3.1 陳山紅心杉轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)量和EST-SSR的分布特點(diǎn)
    3.2 陳山紅心杉二代種子園遺傳多樣性


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]云南金花茶轉(zhuǎn)錄組SSR的分布及其序列特征[J]. 葉鵬,李顯煌,唐軍榮,李斌,張貴良,劉成,雷瀚,辛培堯.  中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報. 2019(09)
[2]基于干旱脅迫下杉木轉(zhuǎn)錄組序列的EST-SSR分子標(biāo)記開發(fā)[J]. 吳夏雷,董黎,孫宇涵,胡瑞陽,鄭會全,胡德活,李云.  東北林業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2018(02)
[3]榧樹轉(zhuǎn)錄組SSR信息分析及其分子標(biāo)記開發(fā)[J]. 張敏,周彩紅,陳燾,戴文圣,張遲.  果樹學(xué)報. 2017(10)
[4]陳山紅心杉優(yōu)樹自由授粉子代苗木生長特性研究[J]. 劉芙蓉,段愛國,賈晨,羅建勛.  四川林業(yè)科技. 2016(05)
[5]杉木轉(zhuǎn)錄組SSR挖掘及EST-SSR標(biāo)記規(guī)�；_發(fā)[J]. 文亞峰,韓文軍,周宏,徐剛標(biāo).  林業(yè)科學(xué). 2015(11)
[6]紅松轉(zhuǎn)錄組SSR分析及EST-SSR標(biāo)記開發(fā)[J]. 張振,張含國,莫遲,張磊.  林業(yè)科學(xué). 2015(08)
[7]基于RNA-Seq技術(shù)的連翹轉(zhuǎn)錄組組裝與分析及SSR分子標(biāo)記的開發(fā)[J]. 王興春,譚河林,陳釗,孟令芝,王文斌,范圣此.  中國科學(xué):生命科學(xué). 2015(03)
[8]華北落葉松種子園不同世代間遺傳多樣性變化[J]. 于大德,袁定昌,張登榮,范英明,李旦,張鴻景,張金鳳.  植物遺傳資源學(xué)報. 2014(05)
[9]杉木地理種源的EST-SSR分子標(biāo)記變異研究[J]. 徐陽,陳金慧,趙亞琦,王穎,王新民,劉偉東,施季森,鄭仁華,歐陽磊,張志才,黃金華,葉代全,方揚(yáng)輝.  南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2014(01)
[10]杉木EST-SSR與基因組SSR引物開發(fā)[J]. 徐陽,陳金慧,李亞,洪舟,王穎,趙亞琦,王新民,施季森.  南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2014(01)



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