微衛(wèi)星標(biāo)記（simple sequence repeat,SSR）在基因組中普遍存在,具有共顯性、高多態(tài)性等特點,在群體空間遺傳研究中應(yīng)用廣泛。隨著測序技術(shù)的發(fā)展,SSR的開發(fā)方法也更加多樣化。嶺南青岡（Quercus championii Benth）是中國南方常綠闊葉林的珍貴材用樹種,對其分子標(biāo)記的開發(fā)可促進嶺南青岡的育種和種質(zhì)保護。本研究基于4個嶺南青岡個體的簡化基因組序列進行SSR引物的開發(fā)。使用pyRAD軟件分析顯示:（1）每個個體中包含微衛(wèi)星重復(fù)片段的序列在46 000～84 000條;（2）個體內(nèi)聚類后得到的位點數(shù)在5 500～24 000;（3）個體間聚類后獲得1 158個一致性位點。在1 158個位點中獲得186個側(cè)翼序列沒有變異且重復(fù)堿基位于序列中間位置的位點。使用Primer Premier 5.0設(shè)計了25對引物,在來自3個群體的36個嶺南青岡個體中進行驗證,結(jié)果表明17對引物能成功擴增,共獲得106個等位位點,每個引物的等位基因數(shù)在2～12,平均為6.2。引物的期望雜合度和觀測雜合度分別為0.19～0.88和0.11～0.76。本研究的引物開發(fā)方法具有速度快、... 

【文章來源】：植物研究. 2020,40(04)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

基于RAD-seq開發(fā)SSR引物流程圖

微衛(wèi)星引物RAD195設(shè)計區(qū)域

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3511111