為從分子水平揭示甲基營養(yǎng)型芽胞桿菌WM7低溫響應機制,采用高通量測序技術對低溫和常溫培養(yǎng)的菌體進行轉錄組測序分析,對部分差異表達顯著基因進行RT-qPCR驗證。結果表明,共檢測到2 029個差異表達基因,其中1 519個低溫上調,510個低溫下調。GO和KEGG分析顯示,1 199個差異表達基因歸屬細胞組分、分子功能和生物過程3個部分,683個基因參與到225個代謝途徑中,其中涉及基因最多的是磷酸戊糖途徑、嘌呤和氨基酸合成途徑。菌株低溫響應主要與脂肪酸代謝、ABC轉運體、轉錄調控、信號轉導、碳氮代謝等途徑相關。此外,檢測到大量差異表達的未知功能基因,多個基因差異表達倍數(shù)均大于50倍。本研究從基因表達方面闡述了甲基營養(yǎng)型芽胞桿菌WM7低溫響應機制,為全面揭示其低溫生長機制奠定了理論基礎,提供了基因信息。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗材料
    1.2 菌株培養(yǎng)
    1.3 RNA提取與文庫構建
    1.4 測序數(shù)據(jù)分析
    1.5 差異基因RT-qPCR驗證
2 結果與分析
    2.1 轉錄組與參考基因組比對
    2.2 基因表達量分析
    2.3 差異表達基因分析
    2.4 差異表達顯著基因的GO功能和KEGG分析
    2.5 脂肪酸合成與膜蛋白相關基因
    2.6 膜轉運蛋白ABC轉運體與信號轉導相關基因
    2.7 適冷酶及冷適應蛋白相關基因
    2.8 差異表達基因的RT-qPCR驗證
3 討論
4 結論



本文編號：3860022