為從分子水平揭示甲基營養(yǎng)型芽胞桿菌WM7低溫響應(yīng)機(jī)制,采用高通量測序技術(shù)對低溫和常溫培養(yǎng)的菌體進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析,對部分差異表達(dá)顯著基因進(jìn)行RT-qPCR驗證。結(jié)果表明,共檢測到2 029個差異表達(dá)基因,其中1 519個低溫上調(diào),510個低溫下調(diào)。GO和KEGG分析顯示,1 199個差異表達(dá)基因歸屬細(xì)胞組分、分子功能和生物過程3個部分,683個基因參與到225個代謝途徑中,其中涉及基因最多的是磷酸戊糖途徑、嘌呤和氨基酸合成途徑。菌株低溫響應(yīng)主要與脂肪酸代謝、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、碳氮代謝等途徑相關(guān)。此外,檢測到大量差異表達(dá)的未知功能基因,多個基因差異表達(dá)倍數(shù)均大于50倍。本研究從基因表達(dá)方面闡述了甲基營養(yǎng)型芽胞桿菌WM7低溫響應(yīng)機(jī)制,為全面揭示其低溫生長機(jī)制奠定了理論基礎(chǔ),提供了基因信息。

【文章頁數(shù)】：9 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗材料
    1.2 菌株培養(yǎng)
    1.3 RNA提取與文庫構(gòu)建
    1.4 測序數(shù)據(jù)分析
    1.5 差異基因RT-qPCR驗證
2 結(jié)果與分析
    2.1 轉(zhuǎn)錄組與參考基因組比對
    2.2 基因表達(dá)量分析
    2.3 差異表達(dá)基因分析
    2.4 差異表達(dá)顯著基因的GO功能和KEGG分析
    2.5 脂肪酸合成與膜蛋白相關(guān)基因
    2.6 膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)基因
    2.7 適冷酶及冷適應(yīng)蛋白相關(guān)基因
    2.8 差異表達(dá)基因的RT-qPCR驗證
3 討論
4 結(jié)論



本文編號：3860022