為了研究棗樹棗瘋病發(fā)生的分子機(jī)理,基于邊合成邊測序技術(shù),本研究使用Illumina高通量測序平臺對健康及感病的木棗樹葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析。經(jīng)過測序質(zhì)量控制,共得到Clean Data 55.17 Gb,各樣品Clean Data平均為6.13 Gb,GC%含量為45.43%,Q30＞93.63%,與參考基因組的比對效率在78.41%～85.77%之間,共發(fā)掘1 909個新基因。樣品間共篩選出9 593個差異表達(dá)基因,其中上調(diào)基因有6 199個,下調(diào)基因有3 394個。同時,還預(yù)測出1 298個轉(zhuǎn)錄因子,歸于55類轉(zhuǎn)錄因子,其中AP2-EREBP家族、MYB家族、b HLH家族和C2H2家族最多,分別有112個、90個、90個和85個。健康木棗與感病木棗（ML vs.WL）注釋到各數(shù)據(jù)庫的差異表達(dá)基因數(shù)（4 755）明顯多于其它兩個樣品組。各樣品組間差異表達(dá)基因顯著富集在黃酮類化合物、苯丙烷類化合物和不飽和脂肪酸生物合成途徑,以及植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、淀粉和蔗糖代謝和脂肪酸代謝等代謝通路。該轉(zhuǎn)錄組測序分析為尋找棗瘋病相關(guān)基因提供理論參考。 

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 轉(zhuǎn)錄組測序分析與比對組裝
    1.2 樣品間基因表達(dá)相關(guān)性分析
    1.3 差異基因表達(dá)分析
        1.3.1 差異表達(dá)基因分布
        1.3.2 差異表達(dá)基因功能注釋
        1.3.4 差異表達(dá)基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子預(yù)測分析
2 討論
3 材料與方法
    3.1 試驗材料
    3.2 RNA的提取檢測
    3.3 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
    3.4 差異表達(dá)基因篩選及注釋
作者貢獻(xiàn)


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3734533