為了研究棗樹棗瘋病發(fā)生的分子機理,基于邊合成邊測序技術(shù),本研究使用Illumina高通量測序平臺對健康及感病的木棗樹葉片進行轉(zhuǎn)錄組測序分析。經(jīng)過測序質(zhì)量控制,共得到Clean Data 55.17 Gb,各樣品Clean Data平均為6.13 Gb,GC%含量為45.43%,Q30＞93.63%,與參考基因組的比對效率在78.41%～85.77%之間,共發(fā)掘1 909個新基因。樣品間共篩選出9 593個差異表達基因,其中上調(diào)基因有6 199個,下調(diào)基因有3 394個。同時,還預(yù)測出1 298個轉(zhuǎn)錄因子,歸于55類轉(zhuǎn)錄因子,其中AP2-EREBP家族、MYB家族、b HLH家族和C2H2家族最多,分別有112個、90個、90個和85個。健康木棗與感病木棗（ML vs.WL）注釋到各數(shù)據(jù)庫的差異表達基因數(shù)（4 755）明顯多于其它兩個樣品組。各樣品組間差異表達基因顯著富集在黃酮類化合物、苯丙烷類化合物和不飽和脂肪酸生物合成途徑,以及植物激素信號轉(zhuǎn)導、淀粉和蔗糖代謝和脂肪酸代謝等代謝通路。該轉(zhuǎn)錄組測序分析為尋找棗瘋病相關(guān)基因提供理論參考。 

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 轉(zhuǎn)錄組測序分析與比對組裝
    1.2 樣品間基因表達相關(guān)性分析
    1.3 差異基因表達分析
        1.3.1 差異表達基因分布
        1.3.2 差異表達基因功能注釋
        1.3.4 差異表達基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子預(yù)測分析
2 討論
3 材料與方法
    3.1 試驗材料
    3.2 RNA的提取檢測
    3.3 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
    3.4 差異表達基因篩選及注釋
作者貢獻


【參考文獻】：
期刊論文
[1]棗WRKY轉(zhuǎn)錄因子的鑒定及其對棗瘋病植原體和激素處理的應(yīng)答[J]. 付冰,葉霞,王會魚,陳鵬,李繼東,鄭先波,譚彬,馮建燦.  林業(yè)科學. 2018(08)
[2]陸地棉植物絡(luò)合素合酶基因的鑒定與功能預(yù)測[J]. 梅磊,李玲,肖欽之,陳進紅,祝水金.  棉花學報. 2018(03)
[3]基于轉(zhuǎn)錄組水平的棗瘋病發(fā)病機理研究[J]. 張舒怡,張鐘,張春梅,李歡,李新崗.  園藝學報. 2017(07)
[4]棗AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子的全基因組鑒定及生物信息學分析[J]. 紀晴,周凡,周軍,王大瑋,胡孟豪,李丹,沈兵琪,鄧浪,高曉宇,杜宗義.  基因組學與應(yīng)用生物學. 2018(07)
[5]植物C2H2型鋅指蛋白研究進展[J]. 張佳,劉俊芳,趙婷婷,任婧,許向陽.  分子植物育種. 2018(02)
[6]基于RNA-Seq技術(shù)的京海黃雞卵巢組織轉(zhuǎn)錄本預(yù)測及新基因挖掘[J]. 董新龍,張向前,韓昆鵬,凌姣姣,張跟喜,王金玉,王永娟.  中國畜牧獸醫(yī). 2017(02)
[7]苦蕎轉(zhuǎn)錄因子基因FtbHLH3的克隆及其非生物脅迫下的表達分析[J]. 姚攀鋒,趙學榮,李茂菲,王安虎,吳琦.  基因組學與應(yīng)用生物學. 2016(02)
[8]實時熒光定量PCR（SYBR Green I）檢測不同抗棗瘋病棗樹品種嫁接接穗中的植原體濃度[J]. 任爭光,王合,林彩麗,劉曦,宋傳生,馮術(shù)快,于少帥,盧緒利,田國忠.  植物病理學報. 2015(05)
[9]苦蕎轉(zhuǎn)錄因子基因FtMYB21的克隆及其非生物脅迫下的表達分析[J]. 黃云吉,鄧仁榆,高飛,雒曉鵬,吳琦.  基因組學與應(yīng)用生物學. 2015(09)
[10]棗瘋病植原體LAMP可視化檢測方法的建立[J]. 韓劍,羅明,何貴倫,張祥林,項雪峰.  西北農(nóng)業(yè)學報. 2015(06)

博士論文
[1]基于RNA-Seq的野生蕉（Musa itinerans）果皮顏色差異形成的分子機制研究[D]. 鄧素芳.福建農(nóng)林大學 2018
[2]棗樹對植原體侵染的光合響應(yīng)及其抗性誘導研究[D]. 劉志國.河北農(nóng)業(yè)大學 2014

碩士論文
[1]棗瘋病發(fā)生過程中差異表達NAC轉(zhuǎn)錄因子篩選及功能初步鑒定[D]. 顧理媛.河南農(nóng)業(yè)大學 2018
[2]基于轉(zhuǎn)錄組水平的棗瘋病發(fā)病機理研究[D]. 張舒怡.西北農(nóng)林科技大學 2017



本文編號：3734533