刺萼龍葵種子中適宜內(nèi)參基因的篩選
發(fā)布時(shí)間:2022-01-25 16:49
入侵雜草刺萼龍葵Solanum rostratum Dunal傳播擴(kuò)散的主要載體是種子,研究其種子休眠萌發(fā)基因的激素調(diào)控對(duì)于其防除具有重要意義,而選擇合適的內(nèi)參基因可以提高相關(guān)基因表達(dá)分析的準(zhǔn)確性。本研究以赤霉素、脫落酸和水處理的刺萼龍葵種子為材料,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder 4種軟件對(duì)15個(gè)候選內(nèi)參基因進(jìn)行表達(dá)穩(wěn)定性評(píng)價(jià),并通過(guò)檢測(cè)ABI5(abscisic acid-insensitive 5)的表達(dá)驗(yàn)證所篩選的內(nèi)參基因的適用性。結(jié)果表明,對(duì)于赤霉素、脫落酸和水處理過(guò)的種子,最穩(wěn)定的內(nèi)參基因分別為eIF(eukaryotic initiation factor)、SAND(SAND protein family)和ACT(β-actin);對(duì)所有種子樣本而言,PP2Acs(a catalytic subunit of protein phosphatase 2A)是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因。研究結(jié)果將為刺萼龍葵種子休眠萌發(fā)的遺傳調(diào)控研究提供重要參考。
【文章來(lái)源】:植物保護(hù). 2020,46(03)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:8 頁(yè)
【部分圖文】:
15個(gè)候選內(nèi)參基因的PCR產(chǎn)物
15個(gè)候選內(nèi)參基因在所有樣品中的Cq值范圍為4.0~34.5,表現(xiàn)出較大的差異,大多數(shù)Cq值在16~25之間(圖2)。在所有樣品中,18S的Cq值最低(平均Cq=6.4),表明其在種子中的表達(dá)水平很高;TIP41的Cq值最高(平均Cq=31.7),表明其在種子中的表達(dá)水平很低(圖2)。2.2 候選內(nèi)參基因的穩(wěn)定性評(píng)價(jià)
此外,geNorm還可通過(guò)計(jì)算基因配對(duì)變異值(Vn/n+1)確定qPCR分析中所需要的內(nèi)參基因最佳數(shù)量。對(duì)于脫落酸和水處理的種子,V3/4值分別為0.119和0.120,說(shuō)明對(duì)于qPCR的歸一化分析,使用穩(wěn)定性排名前三的內(nèi)參基因是足夠的;對(duì)于赤霉素處理的種子和所有樣品來(lái)說(shuō),其V4/5值分別為0.124和0.115,應(yīng)使用穩(wěn)定性最高的4個(gè)內(nèi)參基因用于qPCR分析(圖3)。2.2.2 NormFinder分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]數(shù)字PCR技術(shù)及其應(yīng)用進(jìn)展[J]. 馮兆民,舒躍龍. 病毒學(xué)報(bào). 2017(01)
[2]莖葉除草劑對(duì)刺萼龍葵的防治效果評(píng)價(jià)[J]. 張少逸,張朝賢,楊連喜,史致國(guó),黃紅娟,李香菊,魏守輝. 植物保護(hù). 2012(05)
[3]刺萼龍葵種子休眠和萌發(fā)特性研究進(jìn)展[J]. 張少逸,魏守輝,張朝賢,黃紅娟,崔海蘭,李香菊,王金信. 雜草科學(xué). 2011(02)
[4]外來(lái)入侵雜草刺萼龍葵[J]. 車晉滇,劉全儒,胡彬. 雜草科學(xué). 2006(03)
[5]刺萼龍葵——一種檢疫性雜草[J]. 關(guān)廣清,高東昌,李文耀,葉金,辛孝貴,李樹(shù)德. 植物檢疫. 1984(04)
本文編號(hào):3608894
【文章來(lái)源】:植物保護(hù). 2020,46(03)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:8 頁(yè)
【部分圖文】:
15個(gè)候選內(nèi)參基因的PCR產(chǎn)物
15個(gè)候選內(nèi)參基因在所有樣品中的Cq值范圍為4.0~34.5,表現(xiàn)出較大的差異,大多數(shù)Cq值在16~25之間(圖2)。在所有樣品中,18S的Cq值最低(平均Cq=6.4),表明其在種子中的表達(dá)水平很高;TIP41的Cq值最高(平均Cq=31.7),表明其在種子中的表達(dá)水平很低(圖2)。2.2 候選內(nèi)參基因的穩(wěn)定性評(píng)價(jià)
此外,geNorm還可通過(guò)計(jì)算基因配對(duì)變異值(Vn/n+1)確定qPCR分析中所需要的內(nèi)參基因最佳數(shù)量。對(duì)于脫落酸和水處理的種子,V3/4值分別為0.119和0.120,說(shuō)明對(duì)于qPCR的歸一化分析,使用穩(wěn)定性排名前三的內(nèi)參基因是足夠的;對(duì)于赤霉素處理的種子和所有樣品來(lái)說(shuō),其V4/5值分別為0.124和0.115,應(yīng)使用穩(wěn)定性最高的4個(gè)內(nèi)參基因用于qPCR分析(圖3)。2.2.2 NormFinder分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]數(shù)字PCR技術(shù)及其應(yīng)用進(jìn)展[J]. 馮兆民,舒躍龍. 病毒學(xué)報(bào). 2017(01)
[2]莖葉除草劑對(duì)刺萼龍葵的防治效果評(píng)價(jià)[J]. 張少逸,張朝賢,楊連喜,史致國(guó),黃紅娟,李香菊,魏守輝. 植物保護(hù). 2012(05)
[3]刺萼龍葵種子休眠和萌發(fā)特性研究進(jìn)展[J]. 張少逸,魏守輝,張朝賢,黃紅娟,崔海蘭,李香菊,王金信. 雜草科學(xué). 2011(02)
[4]外來(lái)入侵雜草刺萼龍葵[J]. 車晉滇,劉全儒,胡彬. 雜草科學(xué). 2006(03)
[5]刺萼龍葵——一種檢疫性雜草[J]. 關(guān)廣清,高東昌,李文耀,葉金,辛孝貴,李樹(shù)德. 植物檢疫. 1984(04)
本文編號(hào):3608894
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