【目的】測(cè)定綠眼賽繭蜂Zele chlorophthalmus線(xiàn)粒體基因組全序列,分析其基因組結(jié)構(gòu)及繭蜂科（Braconidae）部分類(lèi)群的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。【方法】利用Illumina MiSeq二代測(cè)序技術(shù)對(duì)綠眼賽繭蜂的線(xiàn)粒體基因組進(jìn)行測(cè)序,對(duì)基因組序列進(jìn)行拼裝、注釋,分析其結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和堿基組成;基于22種繭蜂科昆蟲(chóng)的COX1蛋白編碼基因序列,應(yīng)用最大似然法（ML）和鄰接法（NJ）構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),分析綠眼賽繭蜂與繭蜂科其他昆蟲(chóng)的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。【結(jié)果】綠眼賽繭蜂線(xiàn)粒體基因組全長(zhǎng)16 661 bp（GenBank登錄號(hào):MG822749）,包含13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、22個(gè)tRNA基因和2個(gè)rRNA基因,共37個(gè)基因,以及1個(gè)控制區(qū)。線(xiàn)粒體基因組有明顯的核苷酸組成的偏倚,AT偏正,GC偏負(fù),其A+T含量為82.83%�；蚺帕许樞蚺c推測(cè)的昆蟲(chóng)祖先的序列不完全一致,tRNA基因7處發(fā)生重排。13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因均以ATN為起始密碼子,以TAA為終止密碼子。在22個(gè)tRNA基因二級(jí)結(jié)構(gòu)中,除tRNA^His（H）缺失TΨC環(huán)和tRNA^Cys（C）僅剩二氫尿... 

【文章來(lái)源】：昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2020,63(08)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：11 頁(yè)

【部分圖文】：

綠眼賽繭蜂線(xiàn)粒體基因組tRNA基因二級(jí)結(jié)構(gòu)

綠眼賽繭蜂線(xiàn)粒體基因組中,A, T, G和C含量分別為43.00%, 39.84%, 10.09%和7.08%,A含量最高而C含量最低(表2)。全基因組的A+T總量高達(dá)82.83%,G+C含量為17.17%,呈現(xiàn)明顯的A+T偏好性,符合昆蟲(chóng)線(xiàn)粒體基因組中A+T含量偏向性的特征(夏靖等, 2011; 王菊平等, 2015; 鐘健等, 2017)。綠眼賽繭蜂基因組全序列的AT偏斜(AT-skew)為0.038,GC偏斜(GC-skew)為0.176,表明A多于T,G多于C。從不同的基因來(lái)看,蛋白質(zhì)編碼基因的AT偏斜均為負(fù)值,J鏈上9個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因的GC偏斜為負(fù)值。N鏈上4個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因和rRNA基因的GC偏斜均為正值,與大多數(shù)昆蟲(chóng)的線(xiàn)粒體基因組AT/GC偏斜(彭艷等, 2017)一致。表1 綠眼賽繭蜂線(xiàn)粒體基因組特征分析Table 1 Gene organization of the mitochondrial genome of Zele chlorophthalmus 基因Genes 編碼鏈Coding strand 位置(bp)Position 基因長(zhǎng)度(bp)Gene length 起始密碼子Start codon 終止密碼子Stop codon 反密碼子Anticodon 基因間隔(bp)Intergenic length tRNAMet(M) N 1-64 64 CAT -1 tRNAIle(I) N 64-127 64 GAT -2 rrnS N 126-873 748 -2 tRNAVal(V) N 872-933 62 TAC 33 rrnL N 967-2230 1 264 -21 tRNALeu-1(L1) N 2 210-2 280 71 TAG 25 NAD1 N 2 306-3 241 936 ATG TAA 236 tRNASer-2(S2) J 3 478-3 545 68 TGA 854 Cob J 4 400-5 536 1 137 ATG TAA -23 NAD6 J 5 514-6 014 501 ATT TAA 60 tRNAPro(P) N 6 075-6 138 64 TGG 0 tRNAThr(T) J 6 139-6 206 68 TGT 8 NAD4l N 6 215-6 508 294 ATT TAA -7 NAD4 N 6 502-7 842 1 341 ATG TAA -1 tRNAHis(H) N 7 842-7 904 63 GTG -3 NAD5 N 7 902-9 572 1 671 ATT TAA -5 tRNAAsn(N) J 9 568-9 632 65 GTT -1 tRNAPhe(F) N 9 632-9 696 65 GAA -2 tRNAGlu(E) J 9 695-9 760 66 TTC 0

以蜜蜂科為外群,基于已報(bào)道的21個(gè)繭蜂科種和綠眼賽繭蜂的線(xiàn)粒體基因組COX1蛋白編碼基因序列,采用最大似然法(ML)和鄰接法(NJ)利用MEGA-X軟件構(gòu)建繭蜂科的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(圖3和4)。最大似然法分析結(jié)果(圖3)表明,繭蜂科各個(gè)種群分類(lèi)關(guān)系為蚜繭峰亞科Aphidiinae+(長(zhǎng)體繭蜂亞科Macrocentrinae+毛繭蜂亞科Doryctinae+探繭峰亞科Ichneutinae+(窄徑繭蜂亞科Agathidinae+折脈繭蜂亞科Cardiochilinae))+優(yōu)繭峰亞科Euphorinae;鄰接法分析結(jié)果表明,優(yōu)繭峰亞科Euphorinae+(蚜繭峰亞科Aphidiinae+((窄徑繭蜂亞科Agathidinae+折脈繭蜂亞科Cardiochilinae)+(探繭峰亞科Ichneutinae)+(長(zhǎng)體繭蜂亞科Macrocentrinae+毛繭蜂亞科Doryctinae)))。綜合比較,兩種方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)大致相同。在系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中,繭蜂科主要分為3支,蚜繭峰亞科為一支,優(yōu)繭蜂亞科為一支,剩余的一支包括長(zhǎng)體繭蜂亞科、毛繭蜂亞科、探繭蜂亞科、折脈繭蜂亞科和窄徑繭蜂亞科。窄徑繭蜂亞科(Agathidinae)和折脈繭蜂亞科(Cardiochilinae)在兩種方法中都為姐妹群。綠眼賽繭蜂聚于優(yōu)繭蜂亞科賽繭蜂屬,與傳統(tǒng)形態(tài)分類(lèi)學(xué)結(jié)果一致,其與雪跗賽繭蜂Zele niveitarsis親緣關(guān)系較近。圖4 鄰接法構(gòu)建的基于線(xiàn)粒體COX1序列的繭蜂科22個(gè)種的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(1 000次重復(fù))

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]綠眼賽繭蜂生物學(xué)特性及其對(duì)草地螟的控害作用[J]. 李倩,程云霞,羅禮智,杜芹,江幸福,張蕾.  中國(guó)生物防治學(xué)報(bào). 2017(06)
[2]琥珀蠶線(xiàn)粒體全基因組測(cè)序及序列分析[J]. 鐘健,劉增虎,楊偉克,朱峰,董占鵬.  昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2017(08)
[3]黃側(cè)異腹胡蜂線(xiàn)粒體基因組全序列測(cè)定和分析[J]. 彭艷,陳斌,李廷景.  昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2017(04)
[4]武鎧蛺蝶線(xiàn)粒體基因組全序列測(cè)定和分析[J]. 王菊平,宣善濱,張育平,楊靜,曹天文,馬恩波.  昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2015(03)
[5]昆蟲(chóng)比較線(xiàn)粒體基因組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 魏書(shū)軍,陳學(xué)新.  應(yīng)用昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2011(06)
[6]大衛(wèi)絹蛺蝶線(xiàn)粒體基因組全序列測(cè)定和分析[J]. 夏靖,胡靜,朱國(guó)萍,朱朝東,郝家勝.  昆蟲(chóng)學(xué)報(bào). 2011(05)
[7]中國(guó)優(yōu)繭蜂亞科研究概況及已知種名錄（膜翅目:繭蜂科）[J]. 陳學(xué)新,何俊華,C.van Achterberg,馬云.  昆蟲(chóng)分類(lèi)學(xué)報(bào). 2000(01)

博士論文
[1]小腹繭蜂亞科（膜翅目：繭蜂科）比較線(xiàn)粒體基因組學(xué)與系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 宋勝楠.浙江大學(xué) 2015
[2]基于線(xiàn)粒體基因組的膜翅目繭蜂科（Hymenoptera:Braconidae）比較基因組學(xué)與系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 李倩.浙江大學(xué) 2014
[3]膜翅目線(xiàn)粒體基因組的特征與進(jìn)化及其在系統(tǒng)發(fā)育研究中的應(yīng)用[D]. 魏書(shū)軍.浙江大學(xué) 2009

碩士論文
[1]河北康�？h苜蓿害蟲(chóng)及其天敵的研究[D]. 杜芹.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3516457