本文關(guān)鍵詞：分子植物育種期刊，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

　　
　　《分子植物育種》是由新聞出版總署認可關(guān)于植樹類的學(xué)術(shù)期刊，是由海南省科學(xué)技術(shù)會主管，海南省生物工程協(xié)會主辦。是一本為植物轉(zhuǎn)基因育種、常規(guī)育種、分子標(biāo)記育種交流創(chuàng)見一個學(xué)術(shù)平臺。創(chuàng)刊于2003年，雙月刊，每期為單月的28日出版，大16開本，國內(nèi)外公開發(fā)行，國內(nèi)統(tǒng)一刊號：46-1068/S，國際標(biāo)準(zhǔn)刊號：1672-416X，郵發(fā)代號：84-23。國內(nèi)發(fā)行：由海南報刊發(fā)行，國內(nèi)各地郵局均可訂閱。國外發(fā)行是由：中國國際貿(mào)易總公司發(fā)行。也可通過聯(lián)合征訂：征訂代碼為6512.
　　《分子植物育種》影響因子、收錄及榮譽
　　復(fù)合影響因子：1.440，綜合影響因子：0.785
　　2011年被北京大學(xué)圖書館《中文核心期刊目錄總覽》收錄
　　中國科學(xué)信息研究所的中國科技論文統(tǒng)計源期刊
　　中國科學(xué)院文獻情報中心的中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫（CSCD）來源期刊
　　被中國期刊全文數(shù)據(jù)庫（CJFD）中國知網(wǎng)收錄
　　被維普中文科技期刊網(wǎng)收錄
　　萬方中國核心期刊（遴選）數(shù)據(jù)庫收錄
　　中國生物文獻數(shù)據(jù)庫（CBA）收錄
　　美國化學(xué)文摘（CA）收錄
　　國際農(nóng)業(yè)與生物科學(xué)研究文摘（CABI）收錄
　　臺灣花藝數(shù)數(shù)據(jù)庫（TEPS）收錄
　　《分子植物育種》主要征集圍繞植物分子遺傳育種理論、分子育種方法、分子育種研究動態(tài)及科學(xué)報道等論文。包括了：林業(yè)、棉麻、大豆、薯類、蔬菜、水果、花卉、茶、水稻等相關(guān)方向的學(xué)術(shù)論文。
　　《分子植物育種》2014年01期部分文章目錄：
　　利用高世代回交群體定位水稻抽穗期和株高QTL
　　................................馮玉濤；蔣海潮；高冠軍；張慶路；何予卿
　　水稻MYB轉(zhuǎn)錄因子冷脅迫表達譜分析
　　..................................劉曉月；張婷；黃立鈺；王文生；傅彬英
　　應(yīng)用分子標(biāo)記輔助選擇培育兼抗稻瘟病和白葉枯病的水稻恢復(fù)系
　　................................朱玉君；樊葉楊；王惠梅；吳建利；莊杰云
　　抗草甘膦基因GR79Mt表達載體的構(gòu)建及擬南芥和苜蓿的遺傳轉(zhuǎn)化
　　............................................孫展；鄭興衛(wèi)；李聰；苗麗宏
　　高原藜米(ChenopodiumquinoaWilld.)單基因性狀
　　......................................貢布扎西；吉萬泉；昌西白；瑪曲宗
　　水稻無葉枕突變體oslg-h鑒定及基因定位
　　..........................................張所兵；張云輝；林靜；方先文
　　水稻柱頭外露率QTL定位
　　..........................尹成；李平波；高冠軍；張慶路；羅利軍；何予卿
　　細胞分裂素受體基因TaCRE1變異對小麥次生根及分蘗的影響
　　............甘劍峰；劉勝男；王玉葉；常成；張海萍；司紅起；盧杰；馬傳喜
　　分子標(biāo)記輔助選擇育成的玉米自交系京24單抗絲黑穗病和莖腐病改良材料性
　　....................................余輝；宋偉；趙久然；王鳳格；吳金鳳
　　大豆籽粒異黃酮含量與IFS1基因相對表達量的關(guān)系
　　....................練云；魏荷；雷晨芳；武永康；李海朝；王金社；盧為國
　　大豆百粒重相關(guān)分子標(biāo)記的實用性分析與驗證
　　........................................任海紅；劉學(xué)義；朱保葛；林漢明
　　花生及其野生種質(zhì)溶血磷脂酸酰基轉(zhuǎn)移酶基因(LPAAT)的克隆及序列分............................................華方靜；劉風(fēng)珍；萬勇善；張昆
　　轉(zhuǎn)MvNHX1基因棉花抗旱性研究和株系變異分析
　　..............................錢進；楊云堯；任燕萍；朱超；陳全家；張樺
　　荔枝兩個F1雜交群體的EST-SSR鑒定及多樣性分析
　　....................孫清明；馬帥鵬；馬文朝；趙俊生；方靜；楊曉燕；向旭
　　蘋果三倍體雜種后代基因組DNA甲基化水平和模式的MSAP分析
　　...................................王玉霞；何平；張麗杰；李林光；董文軒
　　

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分子植物育種論文模板范文

摘要：采用分子動力學(xué)分別模擬了ＦｏｘＯ１和兩個不同的ＤＮＡ序列ＩＲＥ－ＤＮＡ、ＤＢＥ－ＤＮＡ結(jié)合形成的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。６ｎｓ的分子動力學(xué)模擬結(jié)果表明，ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)較ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)更穩(wěn)定，和試驗中活性測試結(jié)果一致。兩個系統(tǒng)的氫鍵計算顯示，ＤＢＥ－ＤＮＡ在堿基Ｔｈｙ２、Ｇｕａ３和Ｔｈｙ７′上和ＦｏｘＯ１形成了更多的高占有率的氫鍵，使得ＤＢＥ－ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１結(jié)合得更加緊密。通過比較ＤＮＡ構(gòu)象參數(shù)，揭示了ＤＮＡ序列在５′端小溝的壓縮以及３′端大溝的擴張是有利于和ＦｏｘＯ１結(jié)合的優(yōu)勢構(gòu)象。為從原子水平上理解ＦｏｘＯ１的調(diào)控機理提供了一定的理論依據(jù)。
　　關(guān)鍵詞：ＦｏｘＯ１；ＤＮＡ；分子動力學(xué)模擬；大溝；小溝
　　ＦｏｘＯ蛋白是Ｆｏｘ家族的一個亞群，它們在哺乳動物細胞的凋亡、應(yīng)激、細胞周期阻滯、ＤＮＡ損傷／修復(fù)以及糖代謝調(diào)節(jié)中起著重要作用［１］。另外，小鼠基因敲除研究證明ＦｏｘＯｓ也是腫瘤抑制因子［２］。作為ＦｏｘＯ蛋白家族的主要成員，ＦｏｘＯ１轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子在動物的生長和肉品質(zhì)方面發(fā)揮著重要的作用，并可能是糖尿病等疾病的重要治療靶點［３，４］。ＦｏｘＯ１含有一段約１００個氨基酸殘基組成的ＤＮＡ結(jié)合域，此區(qū)域稱為ＦｏｘＯ１保守叉頭（ｆｏｒｋｈｅａｄ）盒序列，也叫做帶翼螺旋（Wｉｎｇｅｄｈｅｌｉｘ）。ＦｏｘＯ１保守叉頭和不同ＤＮＡ的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)研究［５］揭示了ＦｏｘＯ１與不同ＤＮＡ序列結(jié)合調(diào)節(jié)著ＦｏｘＯ１的活性。如圖１所示，ＦｏｘＯ１保守叉頭可以分別和ＩＲＥ－ＤＮＡ識別序列（５′－ＴＴＧＴＴＴＴＧ－３′）以及ＤＢＥ－ＤＮＡ識別序列（５′－ＴＴＧＴＴＴＡＣ－３′）形成穩(wěn)定的復(fù)合物結(jié)構(gòu)ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ。比較ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＤＢＥ－ＤＮＡ，這兩個序列在第７和８號位點的堿基對不同，這導(dǎo)致了ＦｏｘＯ１對ＤＢＥ－ＤＮＡ的結(jié)合活性是對ＩＲＥ－ＤＮＡ結(jié)合活性的兩倍［５］。那么，ＦｏｘＯ１和不同的ＤＮＡ序列結(jié)合導(dǎo)致活性差別的原因是什么，ＦｏｘＯ１保守叉頭和ＤＮＡ之間具體形成了哪些穩(wěn)定的相互作用，ＤＮＡ在結(jié)合位點上的構(gòu)象如何影響著與ＦｏｘＯ１蛋白的結(jié)合等問題有待進一步闡明。為探討以上問題，本研究對ＦｏｘＯ１和ＩＲＥ－ＤＮＡ、ＤＢＥ－ＤＮＡ結(jié)合的復(fù)合物結(jié)構(gòu)進行分子動力學(xué)模擬研究，以深入理清ＦｏｘＯ１和ＤＮＡ的相互作用機制。
　　１模擬方法
　　分別以ＦｏｘＯ１和ＤＮＡ復(fù)合物的兩個晶體結(jié)構(gòu)（ＰＤＢ代碼：３ＣＯＡ和３ＣＯ６）為初始結(jié)構(gòu)［５］，采用ＶＭＤ１．９［6］軟件搭建兩個分子動力學(xué)模擬（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓ，ＭＤ）體系：ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)和ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)。每個初始結(jié)構(gòu)被放置在填充了ＴＩＰ３Ｐ水分子的周期性立方盒子中心，距離水盒子邊界的最小距離大約１０?魡。２５Ｎａ＋和２４Ｎａ＋分別被加到ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)中進行電性中和。然后，使用ＮＡＭＤ２．６軟件包［７］和ＣＨＡＲＭＭ２７［８］對核酸的全原子力場，對兩個體系進行ＭＤ模擬。ＳＨＡＫＥ算法［９］用于約束鍵長，ＰＭＥ方法［１０］用于計算靜電相互作用，非鍵相互作用的截斷距離設(shè)為１２?魡。每個模擬過程均包含３個步驟：①對體系進行２００００步的能量最小化；②約束溶質(zhì)分子進行０．５ｎｓ的預(yù)平衡ＭＤ模擬，約束力常數(shù)為０．１ｋｃａｌ／（ｍｏｌ·?魡２），這個階段對體系進行緩慢升溫，溫度從０Ｋ逐步升到３１０Ｋ；③放開約束，進行６ｎｓ的恒溫（３１０Ｋ）恒壓（１ａｔｍ）平衡ＭＤ模擬，其中溫度和壓強采用Ｌａｎｇｅｖｉｎｐｉｓｔｏｎ［１１］的方法控制。平衡ＭＤ模擬的積分步長為２ｆｓ，蛋白質(zhì)和ＤＮＡ結(jié)構(gòu)坐標(biāo)每２．０ｐｓ采樣１次，因此每個體系均收集了３０００個構(gòu)象用于分析。
　�。步Y(jié)果與分析
　�。玻闭w結(jié)構(gòu)變化
　　首先檢查ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ兩個系統(tǒng)在６ｎｓ動力學(xué)模擬中勢能隨時間的變化，兩個體系的勢能分別為－３１２１１ｋＪ／ｍｏｌ和-３４０１３ｋＪ／ｍｏｌ，對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)差約為８６ｋＪ／ｍｏｌ和９２ｋＪ／ｍｏｌ，勢能波動范圍均在０．２７％左右，反映兩個體系的動力學(xué)模擬是平穩(wěn)可靠的。被模擬結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性一般用方均根偏差（Ｒｏｏｔｍｅａｎｓｑｕａｒｅｄｅｖｉａｔｉｏｎ，ＲＭＳＤ）來測量。兩個系統(tǒng)中ＦｏｘＯ１蛋白和ＤＮＡ的骨架原子相對于初始結(jié)構(gòu)的ＲＭＳＤ隨時間的變化見圖２。由圖２可以看出，兩個體系的ＲＭＳＤ均在３ｎｓ以后保持穩(wěn)定，因此３～６ｎｓ部分被作為平衡軌跡。計算平衡軌跡的ＲＭＳＤ，ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)中的ＦｏｘＯ１和ＩＲＥ－ＤＮＡ的ＲＭＳＤ分別收斂于２．３?魡和２．０?魡；ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)中的ＦｏｘＯ１和ＤＢＥ－ＤＮＡ的ＲＭＳＤ分別收斂于２．１?魡和１．８?魡。因此，ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)比ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)結(jié)合得更穩(wěn)定。ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ晶體結(jié)構(gòu)分辨率為２．２?魡，ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ晶體結(jié)構(gòu)分辨率為２．１?魡，同時試驗結(jié)果表明ＦｏｘＯ１對ＤＢＥ－ＤＮＡ的結(jié)合活性大約是ＩＲＥ－ＤＮＡ的兩倍［５］。由此可見，本研究的模擬結(jié)果和試驗結(jié)果一致，故本研究的模擬結(jié)果是可靠的。
　　被模擬結(jié)構(gòu)的柔性一般用方均根漲落（Ｒｏｏｔｍｅａｎｓｑｕａｒｅｆｌｕｃｔｕａｔｉｏｎ，ＲＭＳＦ）來表示，它反映體系在模擬過程中相對于平均結(jié)構(gòu)所發(fā)生的構(gòu)象變化，殘基的ＲＭＳＦ越高則柔性越大。兩個體系平衡軌跡中蛋白ＦｏｘＯ１的Ｃα原子ＲＭＳＦ的分布和相關(guān)性見圖３。從圖３Ａ可知，兩個體系中ＲＭＳＦ分布比較相似。ＲＭＳＦ相對較低的位置在Ｔｙｒ１６５（Ｎ端）、Ｓｅｒ１８４~Ｔｙｒ１８７（α２螺旋）、Ａｓｎ２１１~Ｓｅｒ２１８（α３螺旋）、Ｓｅｒ２３５~Ｔｒｐ２３７（ｗｉｎｇ１）這幾個區(qū)域上，這可能是因為在這幾個區(qū)域ＦｏｘＯ１蛋白和ＤＮＡ形成了穩(wěn)定的相互作用，從而導(dǎo)致運動幅度降低。兩個體系中ＲＭＳＦ相對較高的位置基本分布在Ｓｅｒ１７５~Ｌｙｓ１７９（連接α１和α２螺旋的ｌｏｏｐ區(qū)）、Ｌｙｓ１９８~Ａｓｎ２０４（連接α３和α４螺旋的ｌｏｏｐ區(qū)）、Ｇｌｕ２２９~Ｔｈｒ２３１（ｗｉｎｇ１）這幾個區(qū)域。值得注意是，和ＤＢＥ－ＤＮＡ結(jié)合的ＦｏｘＯ１的穩(wěn)定性比和ＩＲＥ－ＤＮＡ結(jié)合的要高（圖２Ａ），同時和ＤＢＥ－ＤＮＡ結(jié)合的ＦｏｘＯ１的柔性比和ＩＲＥ－ＤＮＡ結(jié)合的也相對偏高（圖３Ａ）。這可能是因為蛋白ＦｏｘＯ１在以上ｌｏｏｐ區(qū)和ｗｉｎｇ１區(qū)的高柔性有利于幫助調(diào)整其ＤＮＡ結(jié)合域上殘基的方位，從而更好地和ＤＮＡ形成相互作用。兩個體系中蛋白ＦｏｘＯ１的ＲＭＳＦ的相關(guān)性比較見圖３Ｂ，其相關(guān)系數(shù)（Ｒ）達到０．８，表明兩個體系雖然在ＤＮＡ識別序列的最后兩個堿基對的類型上有所不同（圖１），但蛋白ＦｏｘＯ１的運動性質(zhì)沒有發(fā)生根本性變化。
　�。玻矚滏I分析
　　分析蛋白ＦｏｘＯ１和ＤＮＡ副鏈上形成的氫鍵對于在原子層面上理解ＦｏｘＯ１和ＤＮＡ的相互作用非常重要。本研究中氫鍵計算的幾何判據(jù)為截斷距離３．５?魡和截斷角度３５°［１２］，ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ兩個體系中氫鍵占有率在５０％以上的成鍵情況見表１。兩個復(fù)合物體系中的氫鍵信息基本一致，蛋白ＦｏｘＯ１以下幾個殘基都和ＤＮＡ相同位置上的堿基的磷酸基團形成穩(wěn)定氫鍵：Ｔｙｒ１６５（Ｎ端）、Ｔｙｒ１８７（α２螺旋）、Ｓｅｒ２１８（α３螺旋）、Ｓｅｒ２３５／Ｔｒｐ２３７（ｗｉｎｇ１）。因為蛋白ＦｏｘＯ１在這幾個位點和ＤＮＡ形成了穩(wěn)定的相互作用，因此在殘基ＲＭＳＦ分布圖中（圖２Ａ），這幾個位置的ＲＭＳＦ基本都處于局部較小值。在ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)中，殘基Ａｓｎ２１１和堿基Ａｄｅ５′形成堿基特異性識別氫鍵；在ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)中，殘基Ｈｉｓ２１５和堿基Ｔｈｙ６形成堿基特異性識別氫鍵。以上證實了ＦｏｘＯ１蛋白的殘基Ａｓｎ２１１和Ｈｉｓ２１５負責(zé)與ＤＮＡ形成特異性識別相互作用。
　　值得注意的是，ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)僅形成了６個穩(wěn)定氫鍵，而ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)形成了９個穩(wěn)定氫鍵。通過氫鍵數(shù)量對比，很好地解釋了ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)相對ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)有較高的穩(wěn)定性。具體來講，和ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ比較，ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ的蛋白ＦｏｘＯ１和ＤＮＡ序列的第２、３和７′號堿基上的磷酸骨架形成的氫鍵數(shù)目分別多出一個。在這３個堿基中，兩個系統(tǒng)僅在第７′號位點的堿基類型不同（ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ：Ｔｈｙ７′；ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ：Ａｄｅ７′），因此，筆者認為這兩個系統(tǒng)的穩(wěn)定性差異可能和第７＇號的堿基類型改變是相關(guān)的，由此引起ＤＮＡ骨架和蛋白ＦｏｘＯ１之間的結(jié)合緊密程度有所改變。
　　２．３ＤＮＡ結(jié)合位點的構(gòu)象分析
　�。模危恋臉�(gòu)象變化對于蛋白質(zhì)與ＤＮＡ的識別和結(jié)合是非常關(guān)鍵的，而溝參數(shù)的變化經(jīng)常和蛋白質(zhì)與ＤＮＡ之間的相互作用聯(lián)系在一起［１３，１４］。ＦｏｘＯ１－ＤＮＡ復(fù)合物晶體研究［５］表明，蛋白ＦｏｘＯ１和ＤＮＡ的１～４號堿基對的小溝發(fā)生相互作用，且和ＤＮＡ的５～８號堿基對的大溝發(fā)生相互作用。因此，有必要分析ＤＮＡ識別序列（１～８號堿基對）在堿基層上的小溝和大溝的變化對與蛋白ＦｏｘＯ１結(jié)合的影響。本研究從ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ兩個系統(tǒng)的３～６ｎｓ的平衡軌跡中每隔１０ｐｓ采樣一次，各抽取了３００個ＤＮＡ的結(jié)構(gòu)快照，然后分別計算每個系統(tǒng)中這３００個ＤＮＡ結(jié)構(gòu)在堿基上的大、小溝參數(shù)的平均值，結(jié)果見圖４。從圖４Ａ、Ｂ可以看出，ＤＢＥ－ＤＮＡ相對ＩＲＥ－ＤＮＡ在５′端（１～４號堿基對）的小溝深度變化不大，但小溝寬度明顯下降。有研究表明，，蛋白質(zhì)與ＤＮＡ帶負電的磷酸骨架發(fā)生中和作用可以幫助ＤＮＡ小溝的壓縮［１５］，這對于蛋白質(zhì)－ＤＮＡ的相互結(jié)合非常重要。相對ＩＲＥ－ＤＮＡ，ＤＢＥ－ＤＮＡ在２、３號堿基的磷酸基團和蛋白ＦｏｘＯ１上分別多形成了一個氫鍵，且都是和帶有正電的精氨酸（Ａｒｇ）發(fā)生相互作用（表１）。這顯然更好地中和了ＤＮＡ磷酸骨架的負電效應(yīng)，所以ＤＢＥ－ＤＮＡ在５′端的小溝被壓縮是和蛋白ＦｏｘＯ１的骨架形成緊密結(jié)合的優(yōu)勢構(gòu)象。另外，由于ＤＮＡ的３′端（５～８號堿基對）是在大溝內(nèi)和蛋白ＦｏｘＯ１結(jié)合，因此研究ＤＮＡ序列３′端的大溝變化顯得尤為重要。ＤＢＥ－ＤＮＡ在７、８號堿基對附近的大溝深度明顯小于ＩＲＥ－ＤＮＡ，且大溝寬度明顯大于ＩＲＥ－ＤＮＡ（圖４Ｃ、Ｄ）。從圖４Ｄ上可以發(fā)現(xiàn)，這兩個系統(tǒng)均在５～６號堿基對上有最高的大溝寬度值。原因是ＩＲＥ－ＤＮＡ的５′號堿基和蛋白ＦｏｘＯ１形成了一個特異性識別氫鍵，ＤＢＥ－ＤＮＡ的６號堿基和蛋白ＦｏｘＯ１形成了特異性識別氫鍵。相應(yīng)的，ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＤＢＥ－ＤＮＡ體系在５、６號堿基對上大溝寬度達到峰值。因而，相比ＩＲＥ－ＤＮＡ的構(gòu)象，ＤＢＥ－ＤＮＡ在３′端的大溝顯得更寬更淺，提供了更大的和蛋白ＦｏｘＯ１相互接觸的面積。這一點也可以從氫鍵分析中得到證實，即ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)比ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)在７＇位置上的堿基的磷酸骨架多形成了一個氫鍵。所以，ＤＢＥ－ＤＮＡ在３′端的大溝的擴張更有利于和蛋白ＦｏｘＯ１結(jié)合�？偟膩碚f，和ＩＲＥ－ＤＮＡ溝參數(shù)相比，ＤＢＥ－ＤＮＡ的溝參數(shù)在結(jié)合區(qū)域上顯示出更加有利于和蛋白ＦｏｘＯ１結(jié)合的ＤＮＡ構(gòu)象。
　�。承〗Y(jié)與討論
　　本研究采用分子動力學(xué)模擬方法研究了ＦｏｘＯ１和ＤＮＡ之間的相互作用機制。ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ兩個系統(tǒng)的ＲＭＳＤ比較表明，ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)更加穩(wěn)定，與試驗中這兩個結(jié)構(gòu)的活性比較的結(jié)論是一致的，這表明本研究的模擬結(jié)果是可靠的。同時，兩個系統(tǒng)的ＲＭＳＦ相比較，揭示了蛋白ＦｏｘＯ１的兩個ｌｏｏｐ區(qū)和ｗｉｎｇ１區(qū)的柔性對于和ＤＮＡ的結(jié)合是有利的。氫鍵分析表明，ＦｏｘＯ１蛋白的殘基Ａｓｎ２１１和Ｈｉｓ２１５可以和ＤＮＡ形成特異性識別相互作用。與ＦｏｘＯ１／ＩＲＥ－ＤＮＡ比較，ＦｏｘＯ１／ＤＢＥ－ＤＮＡ系統(tǒng)中蛋白ＦｏｘＯ１和堿基Ｔｈｙ２、Ｇｕａ３和Ｔｈｙ７＇的磷酸骨架可以形成更多的相互作用，使得ＦｏｘＯ１和ＤＢＥ－ＤＮＡ序列更好地結(jié)合。此外，對比ＩＲＥ－ＤＮＡ序列，ＤＢＥ－ＤＮＡ在３＇端的大溝更寬、更淺，且在５＇端的小溝更窄，這種構(gòu)象更有利于ＤＮＡ和ＦｏｘＯ１蛋白形成更多的相互作用。本研究的模擬對于進一步探討ＦｏｘＯ１的調(diào)控機理以及和ＤＮＡ分子的相互作用機制，對以后開展動物生產(chǎn)服務(wù)及為糖尿病等疾病的治療具有一定意義。
　　參考文獻：
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