最近，農作物和家畜核苷酸序列的積累，使我們能夠在全基因組范圍內比較分析模式生物的基因和發(fā)現(xiàn)新的涉及表型的相關基因。從不同物種得來的基因組的整合信息，如大規(guī)模收集的cDNA和全基因組測序計劃的數(shù)據(jù)將有利于我們共享關于模式生物和應用生物基因功能的信息，也將加速重要農藝性狀相關的分子水平的研究。在網(wǎng)絡上可以訪問的一些植物基因組學的信息資源已經(jīng)出現(xiàn)，另外還有一些適當?shù)姆治龉ぞ摺１?是植物基因組一些個綜合數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址。

數(shù)據(jù)庫 植物 網(wǎng)址

TAIR 擬南芥

SIGnAL 擬南芥

RARGE 擬南芥

Rice Genome Annotation Project 水稻

RAP-DB 水稻

SOL genomics network 茄科

Gramene 禾本科

GrainGenes 麥類作物

SoyBase 大豆

MazieGDB 玉米

CyanoBase 藍細菌

GDR (Genome Database for Rosaceae) 薔薇科

Brassica Genome Gateway 蕓苔

Cucurbit Genomics Database 葫蘆科

Phytozome 植物 (全基因組信息)

PlantGDB 植物(全基因組或/大規(guī)模 EST信息)

EnsemblPlants 植物(全基因組信息)

ChloroplastDB 植物(葉綠體基因組)

KEGG PLANT 植物(全基因組或/大規(guī)模 EST信息)

8.1 植物門戶網(wǎng)站信息資源
TAIR是位于美國的擬南芥信息資源網(wǎng)站（The Arabidopsis Information Resource, TAIR）（），也是國際上最為權威的擬南芥基因組數(shù)據(jù)庫和擬南芥基因組注釋系統(tǒng)。它具有豐富的數(shù)據(jù)資源和最新的注釋信息。擬南芥轉錄因子數(shù)據(jù)庫DATF的每個條目都有TAIR鏈接，可以直接查看最新更新信息。Salk研究所基因組分析實驗室（The Salk Institute Genomic Analysis Laboratory，SIGnAL) 也主要是一個涉及擬南芥的信息資源（），，它整合了各種組學數(shù)據(jù)。RIKEN植物科學研究中心的基因組的百科全書（The RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia，RARGE） 能夠提供關于擬南芥的各種組學信息（）。上述這樣的門戶網(wǎng)站都提供了獲取組學綜合數(shù)據(jù)的生物資源，還設有注解基因的數(shù)據(jù)，如基因的全長cDNA克隆、基因突變、基因表達模式和基因組中的同源基因Gramene 是谷類比較圖譜的資源網(wǎng)站。它是一個協(xié)助性的、以網(wǎng)絡為基礎的公開性數(shù)據(jù)資源，致力于稻科植物的比較基因組分析。Gramene的目標是使用公用工程信息促進交叉物種的同源關系研究。這些公用工程信息包括基因組、EST序列、蛋白質結構和功能分析、遺傳學和物理圖譜、生物化學通路的闡述、表型特征和突變的QTL定位及描述。作為一個信息源，Gramene可以在公共資源中提供更多有價值的資料，便于研究者利用。

隨著基因組測序計劃的實施，分享組學進展成果和整合相關資源的門戶網(wǎng)站也相繼推出。其中包括番茄基因組測序計劃的基因組信息資源門戶網(wǎng)站（）。 SoyBase是大豆基因組研究資源的門戶網(wǎng)站，它公布全基因組序列數(shù)據(jù)（）。MaizeGDB是關于玉米生物信息社會的數(shù)據(jù)庫，包括遺傳和基因組數(shù)據(jù)集和相關信息（）。Sol 基因組網(wǎng)絡是茄科植物基因組的門戶網(wǎng)站，包含有番茄基因組計劃的信息資源（）。此外還有大豆數(shù)據(jù)庫SoyBase（），它是一個全面的大豆遺傳學和基因組學的信息資源庫。玉米基因組的網(wǎng)站在（），該數(shù)據(jù)庫包括玉米所有遺傳學、基因產(chǎn)物、功能分析以及相關文獻查閱等的信息。

8.2 植物種間基因組尺度比較
隨著一些植物物種基因組測序的完成，基因組規(guī)模的比較分析開始能夠被用來開發(fā)數(shù)據(jù)和發(fā)布數(shù)據(jù)集，以識別植物物種之間保守或特殊的性質。

人們已經(jīng)利用從模式生物基因組測序推導出的蛋白質組數(shù)據(jù)集，完成了若干項嘗試，目的是建立平臺，以驗證基因和闡明基因重復和種間基因功能的多樣化。全面基因家族的數(shù)據(jù)集通常利用計算機程序來完成，包括進先行一次所有的序列相似性搜索，然后是聚類蛋白質家族，方法如馬爾可夫聚類（Markov Clustering，MCL）或蛋白質結構域分析等。

物種間基因的排列以及相關的染色體定位也被稱為同線性或共線性，這已經(jīng)成為從共同祖先基因推導到一個相關的物種的重要方法。植物基因組復制數(shù)據(jù)庫（The plant genome duplication database，PGDD）能夠提供植物全基因組序列和基因組同線性關系（ .agtec.uga.edu/duplication/）。

8.3 植物基因組學重點數(shù)據(jù)庫
序列特異性DNA結合結構域是關鍵的分子開關，它能夠控制或影響許多生物過程，例如發(fā)育或對環(huán)境的變化反應等。在植物中，擬南芥全基因組范圍內，鑒定編碼轉錄因子基因的實驗最早實施和公布，這些信息與其它生物比較，揭示了一些植物特有轉錄因子的特點。在過去的十年中，通過完整的基因組序列信息的利用，人們已經(jīng)能夠在一些生物中匯編描述轉錄因子調節(jié)系統(tǒng)和功能的組織結構網(wǎng)絡。有很多數(shù)據(jù)庫可以提供植物編碼轉錄因子基因的信息，這些信息通常是基于計算機方法的預測，如序列的相似性搜索或/和隱含馬爾可夫搜索保守的DNA結合結構域（表5）。

Database URL Species

RARTF 擬南芥

AGRIS, AtTFDB 擬南芥

DATF 擬南芥

DRTF 水稻

DPTF 白楊

TOBFAC 煙草

SoybeanTFDB 大豆

PlantTFDB 22種植物

PlnTFDB 20種植物

GRASSIUS, GrassTFDB 玉米、水稻、高粱、甘蔗

LegumeTFDB 大豆、百脈根、蒺藜苜蓿

DBD ?Home 多于700物種

最近，深入的轉錄因子編碼基因數(shù)據(jù)庫整合已經(jīng)完成，從而建立了一個綜合性的、基于轉錄因子信息的比較基因組學轉錄因子數(shù)據(jù)庫。 GRASSIUS邁出了建立一個全面信息平臺的第一步，這個平臺能夠整合信息、工具和植物比較基因組學的調控資源。GRASSIUS 的禾草類轉錄因子數(shù)據(jù)集（The Grass Transcription Factor Database，GrassTFDB）整合了玉米轉錄因子數(shù)據(jù)庫（MaizeTFDB）、水稻轉錄因子數(shù)據(jù)庫（RiceTFDB）、高粱轉錄因子數(shù)據(jù)庫（SorghumTFDB）和甘蔗轉錄因子數(shù)據(jù)庫（CaneTFDB）（）。GRASSIUS的豆科植物轉錄因子數(shù)據(jù)集（GrassTFDB）提供了豆科植物預測的轉錄因子編碼基因，這些基因來自豆科3個主要品種（大豆、益母草和截型苜蓿）的基因組注解（）。這個數(shù)據(jù)庫是SoybeanTFDB（）的擴展版本，目的是整合豆科植物轉錄因子的知識，并提供豆科植物的公共資源，并用于豆科植物、非豆科植物或其他植物轉錄因子的比較基因組學。

原文檢索
Mochida K & Shinozaki K. Genomics and bioinformatics resources for crop improvement. Plant Cell Physiol. 2010, 51(4):497-523.
謝兆輝、焦傳珍/編譯