通過高通量轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),比較研究SP600125誘導鯽同源四倍體細胞（SP4n）與鯽二倍體細胞（2n）以及鯽鯉四倍體細胞（JL4n）在轉(zhuǎn)錄組水平的表達特征,進一步掌握SP600125對細胞的生物學影響,為深入探討SP600125的生物學作用及應(yīng)用提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1.SP4n細胞與2n細胞的比較轉(zhuǎn)錄組學分析。SP4n細胞比對2n細胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),獲得663個差異表達基因,其中顯著上調(diào)基因255個（38.46%）,顯著下調(diào)基因408個（61.54%）;GO和KEGG數(shù)據(jù)庫差異富集分析顯示,SP4n細胞比對2n細胞的差異表達基因主要與細胞黏附遷移、鈣離子調(diào)控、能量代謝等密切相關(guān);同時轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及qRT-PCR檢驗結(jié)果均表明,SP4n細胞與2n細胞在主要細胞周期調(diào)控相關(guān)基因的mRNA表達水平上并無顯著差異。2.SP4n細胞與JL4n細胞的比較轉(zhuǎn)錄組學分析SP4n細胞比對JL4n細胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),共獲得35599個差異表達基因,其中顯著上調(diào)基因30449個（85.53%）,顯著下調(diào)的為5150個（14.47%）;KEGG差異富集分析及qRT-PCR結(jié)果顯示,SP4n細胞與JL4... 

【文章來源】：湖南師范大學湖南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組測序的實驗流程

SP600125誘導的鯽同源四倍體細胞系轉(zhuǎn)錄組學分析15圖2-2拼接SP4nUnigene的長度分布圖Figure2-2LengthDistributionofSP4nAll-Unigene在五個數(shù)據(jù)庫中共計Blast注釋到的Unigenes有77402個，其中注釋比對率最高的為NR數(shù)據(jù)庫中，注釋到51751個占總比的66.86%，有44271個注釋到SwissProt數(shù)據(jù)庫，占比57.20%，注釋率第三的為KEGG數(shù)據(jù)庫（35585，占比45.97%），GO數(shù)據(jù)庫（34101，占比44.06%）略低于KEGG數(shù)據(jù)庫，在KOG數(shù)據(jù)庫中比對率最低，僅占18.39%，具體情況如表2-4：表2-4SP4nUnigene功能注釋結(jié)果Table2-4TheresultsofSP4nunigenefunctionannotationAnnotateddatabaseAnnotatednumberAnnotatedratioNR5175166.86%KEGG35,58545.97%Swissprot44,27157.20%KOG14,23418.39%GO34,10144.06%AllannotatedUnigenes77402利用GeneOntology（GO）數(shù)據(jù)庫分類功能注釋對SP4n轉(zhuǎn)錄本進行基因功能分析，可統(tǒng)一的限定和描述樣本中基因及蛋白功能的屬性。GO總共有三個分類，生物過程BP、細胞組分CC及分子功能MF，我們根據(jù)已得到的NR注釋信息，使用blast2go軟件比對得到unigene的GO注釋信息。

碩士學位論文16從注釋結(jié)果圖2-3來看，16671個unigene被分成了64個亞類且又分別聚類到了三個大類。Unigene（包括重復(fù)）分別為BP(64233)、CC（20150）、MF（36673）在參與的生物過程這一類中共有25個亞類，unigene數(shù)目達1667（10%）以上的就有12個，其中cellularprocess（10684，64.09%）、single-organismprocess（9549,57.28%）和metabolicprocess（8837,53.01%）三個聚類最多。而聚類最少的三個process為biologicalphase（11,0.07%）、cellkilling（13,0.08%）和hormonesecretion（27,0.16%）。在細胞組分大類里面有20個亞類，7個亞類unigene數(shù)目超過1667（10%），聚類最多的三個為cell（7600,45.59%）和cellpart（7600,45.59%）以及organelle（5176,31.05%），聚類最少的三個亞類分別是symplast（4,0.02%）、nucleoid（15,0.09%）和extracellularmatrixpart（30,0.18%）。而分子功能大類包括了19個亞類，unigene數(shù)目超過1667（10%）的僅有2個亞類分別是binding（9191,55.13%）和catalyticactivity（6282,37.68%），聚類最少的三個亞類（nutrientreservoiractivity，proteintag，metallochaperoneactivity）均只有一個unigene。圖2-3SP4nUnigenesGO功能注釋Figure2-3SP4nGOannotationofUnigenesKOG是一個真核生物蛋白相鄰類的聚簇據(jù)庫。如圖2-4共計匹配到的seq有15060條。[T]信號轉(zhuǎn)導機制和[R]一般功能預(yù)測，是富集最多的兩類Unigene數(shù)目分別為2301，1482。最少的兩類為[Y]核結(jié)構(gòu)和[N]細胞運動性，分別包括46，12個Unigene。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]中國腫瘤健康教育現(xiàn)狀與對策分析[J]. 萬紹平,易芳,王青青,李雪純.  腫瘤預(yù)防與治療. 2019(11)
[2]異丙酚對人腎小管上皮細胞缺氧復(fù)氧損傷的保護作用[J]. 曹紅,肖業(yè)達,汪華新,江慧萍,汪超,姚華,夏建國.  中國臨床藥理學雜志. 2019(21)
[3]JNK酶活性下調(diào)對人前列腺癌、肝細胞癌和乳腺癌細胞生長的抑制作用[J]. 岳圓,徐瀛濂,王晶晶,孫敏英,張澤南,趙馨越,李宗璞,臺桂香.  吉林大學學報(醫(yī)學版). 2019(05)
[4]間歇浸沒法和浸泡法誘導木薯多倍體[J]. 符芳寧,黃俞銘,李良香,馮斗.  江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2019(16)
[5]骨形態(tài)發(fā)生蛋白9對人牙周膜干細胞增殖分化及信號通路的影響[J]. 朱虹倩.  中國臨床藥理學雜志. 2019(16)
[6]秋水仙素對馬鈴薯多倍體誘導的初步研究[J]. 劉磊.  農(nóng)業(yè)科技通訊. 2019(03)
[7]腫瘤生殖學概述[J]. 馬丁.  中國實用婦科與產(chǎn)科雜志. 2018(12)
[8]JNK/FOXO3信號通路介導黃連素促人肺腺癌PC-9細胞凋亡的研究[J]. 劉紅崗,賴遠陽,朱以芳,同李平,董小平,許娟,張勇,郭海華,李小飛,閆小龍.  中國腫瘤臨床. 2017(17)
[9]非整倍體與腫瘤細胞致瘤性關(guān)系的初步研究[J]. 康燕燕,徐陽.  中國癌癥雜志. 2017(02)
[10]丁苯酞對帕金森病細胞模型JNK通路死亡受體途徑相關(guān)凋亡因子的影響[J]. 陳娟,吳慶文,賈玉鳳,程月發(fā),王小偉,郭瑞玉.  醫(yī)藥導報. 2017(02)

博士論文
[1]SP600125誘導魚類細胞多倍化的分子機制研究[D]. 莫艷秀.湖南師范大學 2019
[2]Hippo信號通路調(diào)控肝細胞多倍體和腫瘤發(fā)生的機理研究[D]. 張世浩.廈門大學 2017
[3]松蘿酸通過ROS誘導乳腺癌細胞凋亡機制的實驗研究[D]. 左舒婷.吉林大學 2016
[4]Smad4對膽管癌細胞的雙相調(diào)控作用[D]. 林有智.華中科技大學 2013
[5]半滑舌鰨（Cynoglossus semilaevis）細胞培養(yǎng)及細胞系建立研究[D]. 鄭媛.中國海洋大學 2012

碩士論文
[1]單獨或聯(lián)合應(yīng)用柴胡皂苷D和JNK抑制劑SP600125對人骨肉瘤U-20S細胞的影響[D]. 高天.南昌大學 2019
[2]多倍體腫瘤細胞促進食管鱗狀細胞癌惡性表型的分子機制研究[D]. 于娟.濟寧醫(yī)學院 2019
[3]Jaspine B衍生物ZE-2抑制胃癌細胞增殖作用機制的研究[D]. 班倩紅.鄭州大學 2019
[4]藍萼乙素通過JNK和p38 MAPK通路誘導人宮頸癌細胞凋亡和細胞周期阻滯[D]. 劉瑩瑩.新鄉(xiāng)醫(yī)學院 2019
[5]前列腺素E1治療糖尿病腎病新機制—抗腎小管細胞凋亡及其通路研究[D]. 張亞芹.山東大學 2018
[6]2005-2009年我國惡性腫瘤疾病負擔研究[D]. 張學飛.石河子大學 2016
[7]中國前列腺癌發(fā)病及死亡現(xiàn)狀和流行趨勢分析[D]. 韓蘇軍.北京協(xié)和醫(yī)學院 2015
[8]2006～2010年某市惡性腫瘤發(fā)病和死亡監(jiān)測狀況分析[D]. 李秋月.浙江大學 2013
[9]基于JNK信號轉(zhuǎn)導通路研究環(huán)維黃楊星D的腎毒性機制[D]. 何苗.南京中醫(yī)藥大學 2013
[10]JNK信號轉(zhuǎn)導通路在去甲斑蝥素誘導肝癌細胞凋亡中的作用[D]. 蔡慧蕓.河北醫(yī)科大學 2013



本文編號：3070841