通過(guò)高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),比較研究SP600125誘導(dǎo)鯽同源四倍體細(xì)胞（SP4n）與鯽二倍體細(xì)胞（2n）以及鯽鯉四倍體細(xì)胞（JL4n）在轉(zhuǎn)錄組水平的表達(dá)特征,進(jìn)一步掌握SP600125對(duì)細(xì)胞的生物學(xué)影響,為深入探討SP600125的生物學(xué)作用及應(yīng)用提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1.SP4n細(xì)胞與2n細(xì)胞的比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。SP4n細(xì)胞比對(duì)2n細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),獲得663個(gè)差異表達(dá)基因,其中顯著上調(diào)基因255個(gè)（38.46%）,顯著下調(diào)基因408個(gè)（61.54%）;GO和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)差異富集分析顯示,SP4n細(xì)胞比對(duì)2n細(xì)胞的差異表達(dá)基因主要與細(xì)胞黏附遷移、鈣離子調(diào)控、能量代謝等密切相關(guān);同時(shí)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及qRT-PCR檢驗(yàn)結(jié)果均表明,SP4n細(xì)胞與2n細(xì)胞在主要細(xì)胞周期調(diào)控相關(guān)基因的mRNA表達(dá)水平上并無(wú)顯著差異。2.SP4n細(xì)胞與JL4n細(xì)胞的比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析SP4n細(xì)胞比對(duì)JL4n細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),共獲得35599個(gè)差異表達(dá)基因,其中顯著上調(diào)基因30449個(gè)（85.53%）,顯著下調(diào)的為5150個(gè)（14.47%）;KEGG差異富集分析及qRT-PCR結(jié)果顯示,SP4n細(xì)胞與JL4... 

【文章來(lái)源】：湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：56 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程

SP600125誘導(dǎo)的鯽同源四倍體細(xì)胞系轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析15圖2-2拼接SP4nUnigene的長(zhǎng)度分布圖Figure2-2LengthDistributionofSP4nAll-Unigene在五個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中共計(jì)Blast注釋到的Unigenes有77402個(gè)，其中注釋比對(duì)率最高的為NR數(shù)據(jù)庫(kù)中，注釋到51751個(gè)占總比的66.86%，有44271個(gè)注釋到SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)，占比57.20%，注釋率第三的為KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)（35585，占比45.97%），GO數(shù)據(jù)庫(kù)（34101，占比44.06%）略低于KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)，在KOG數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)率最低，僅占18.39%，具體情況如表2-4：表2-4SP4nUnigene功能注釋結(jié)果Table2-4TheresultsofSP4nunigenefunctionannotationAnnotateddatabaseAnnotatednumberAnnotatedratioNR5175166.86%KEGG35,58545.97%Swissprot44,27157.20%KOG14,23418.39%GO34,10144.06%AllannotatedUnigenes77402利用GeneOntology（GO）數(shù)據(jù)庫(kù)分類功能注釋對(duì)SP4n轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行基因功能分析，可統(tǒng)一的限定和描述樣本中基因及蛋白功能的屬性。GO總共有三個(gè)分類，生物過(guò)程BP、細(xì)胞組分CC及分子功能MF，我們根據(jù)已得到的NR注釋信息，使用blast2go軟件比對(duì)得到unigene的GO注釋信息。

碩士學(xué)位論文16從注釋結(jié)果圖2-3來(lái)看，16671個(gè)unigene被分成了64個(gè)亞類且又分別聚類到了三個(gè)大類。Unigene（包括重復(fù)）分別為BP(64233)、CC（20150）、MF（36673）在參與的生物過(guò)程這一類中共有25個(gè)亞類，unigene數(shù)目達(dá)1667（10%）以上的就有12個(gè)，其中cellularprocess（10684，64.09%）、single-organismprocess（9549,57.28%）和metabolicprocess（8837,53.01%）三個(gè)聚類最多。而聚類最少的三個(gè)process為biologicalphase（11,0.07%）、cellkilling（13,0.08%）和hormonesecretion（27,0.16%）。在細(xì)胞組分大類里面有20個(gè)亞類，7個(gè)亞類unigene數(shù)目超過(guò)1667（10%），聚類最多的三個(gè)為cell（7600,45.59%）和cellpart（7600,45.59%）以及organelle（5176,31.05%），聚類最少的三個(gè)亞類分別是symplast（4,0.02%）、nucleoid（15,0.09%）和extracellularmatrixpart（30,0.18%）。而分子功能大類包括了19個(gè)亞類，unigene數(shù)目超過(guò)1667（10%）的僅有2個(gè)亞類分別是binding（9191,55.13%）和catalyticactivity（6282,37.68%），聚類最少的三個(gè)亞類（nutrientreservoiractivity，proteintag，metallochaperoneactivity）均只有一個(gè)unigene。圖2-3SP4nUnigenesGO功能注釋Figure2-3SP4nGOannotationofUnigenesKOG是一個(gè)真核生物蛋白相鄰類的聚簇?fù)?jù)庫(kù)。如圖2-4共計(jì)匹配到的seq有15060條。[T]信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制和[R]一般功能預(yù)測(cè)，是富集最多的兩類Unigene數(shù)目分別為2301，1482。最少的兩類為[Y]核結(jié)構(gòu)和[N]細(xì)胞運(yùn)動(dòng)性，分別包括46，12個(gè)Unigene。

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