腹瀉是導(dǎo)致仔豬生產(chǎn)性能低下的腸道疾病,給養(yǎng)豬業(yè)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。C型產(chǎn)氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens type C)是引起仔豬細(xì)菌性腹瀉的常見(jiàn)病原菌之一,該菌經(jīng)口感染仔豬,在腸道中大量繁殖,并通過(guò)釋放多種毒素破壞腸道組織,最終導(dǎo)致仔豬腹瀉。盡管使用藥物或接種疫苗控制仔豬C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉取得一定的效果,但長(zhǎng)期使用藥物容易引發(fā)藥物殘留問(wèn)題,同時(shí)可能導(dǎo)致病原菌藥物耐受性增強(qiáng),出現(xiàn)毒性更強(qiáng)的變異菌株,給健康養(yǎng)殖與食品安全帶來(lái)巨大風(fēng)險(xiǎn)。研究表明,個(gè)體的遺傳基礎(chǔ)差異與病原菌感染的抗性/易感性密切相關(guān)。同時(shí),個(gè)體在響應(yīng)病原菌感染過(guò)程中亦會(huì)啟動(dòng)免疫應(yīng)答、代謝調(diào)控等生物過(guò)程,此過(guò)程涉及大量蛋白的表達(dá)變化及關(guān)鍵信號(hào)通路的激活或關(guān)閉。因此,為了從整體水平上了解仔豬耐受C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉的生物學(xué)事件,解析C型產(chǎn)氣莢膜梭菌抗性仔豬的遺傳基礎(chǔ),本研究以7日齡二元仔豬為研究對(duì)象,使用C型產(chǎn)氣莢膜梭菌培養(yǎng)液對(duì)25頭仔豬進(jìn)行攻毒試驗(yàn),根據(jù)仔豬腹瀉總評(píng)分高低,分別挑選3頭仔豬作為易感組(IS)及耐受組(IR),灌服未接種菌株培養(yǎng)液的3頭仔豬作為對(duì)照組(IC),主要開(kāi)展以下研究:(1...

【文章頁(yè)數(shù)】：133 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Summary
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 仔豬腹瀉的影響因素
        1.1 傳染性因素
        1.2 非傳染性因素
    2 產(chǎn)氣莢膜梭菌概述
        2.1 產(chǎn)氣莢膜梭菌的基因組特征
        2.2 產(chǎn)氣莢膜梭菌的類(lèi)型
        2.3 產(chǎn)氣莢膜梭菌分泌的毒素
        2.4 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌
        2.5 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌的致病機(jī)理
    3 轉(zhuǎn)錄組學(xué)在仔豬腹瀉中的研究現(xiàn)狀
        3.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述
            3.1.1 RNA-Seq測(cè)序技術(shù)的研究方法
            3.1.2 RNA-Seq測(cè)序技術(shù)的工作流程
        3.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)在仔豬腹瀉相關(guān)研究中的應(yīng)用
        3.3 轉(zhuǎn)錄組學(xué)在仔豬C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉研究中的應(yīng)用
    4 蛋白質(zhì)組學(xué)在仔豬腹瀉中的研究現(xiàn)狀
        4.1 蛋白質(zhì)組學(xué)概述
            4.1.1 基于光譜計(jì)數(shù)的Label-free定量蛋白質(zhì)組學(xué)
            4.1.2 基于離子強(qiáng)度的Label-free定量蛋白質(zhì)組學(xué)
        4.2 蛋白質(zhì)組學(xué)在仔豬腹瀉相關(guān)研究中的應(yīng)用
    5 蛋白質(zhì)組學(xué)與轉(zhuǎn)錄組學(xué)聯(lián)合分析在生物學(xué)研究中的應(yīng)用
    6 研究目的與意義
第二章 試驗(yàn)材料與方法
    1 試驗(yàn)材料
        1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        1.2 仔豬感染C型產(chǎn)氣莢膜梭菌試驗(yàn)
        1.3 樣品采集
        1.4 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備與主要試劑
            1.4.1 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備
            1.4.2 主要試劑
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 Label-free定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究試驗(yàn)方法
            2.1.1 蛋白提取、濃度檢測(cè)及酶解
            2.1.2 LC-MS/MS數(shù)據(jù)采集
            2.1.3 蛋白質(zhì)譜鑒定
            2.1.4 蛋白差異表達(dá)分析
            2.1.5 差異表達(dá)蛋白生物信息學(xué)分析
        2.2 蛋白質(zhì)組學(xué)與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)聯(lián)合分析試驗(yàn)方法
            2.2.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
            2.2.2 關(guān)聯(lián)基因與共表達(dá)基因篩選
            2.2.3 關(guān)聯(lián)基因與共表達(dá)基因表達(dá)特征分析
            2.2.4 關(guān)聯(lián)基因與共表達(dá)基因生物信息學(xué)分析
        2.3 RT-qPCR驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)
            2.3.1 去除基因組DNA
            2.3.2 mRNA反轉(zhuǎn)錄
            2.3.3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
第三章 試驗(yàn)結(jié)果與討論
    1 仔豬回腸組織蛋白質(zhì)組學(xué)研究的結(jié)果與討論
        1.1 仔豬回腸組織蛋白質(zhì)組學(xué)研究結(jié)果
            1.1.1 仔豬回腸組織蛋白濃度檢測(cè)結(jié)果
            1.1.2 肽段特征與蛋白鑒定結(jié)果
            1.1.3 蛋白差異表達(dá)分析結(jié)果
            1.1.4 差異表達(dá)蛋白聚類(lèi)分析結(jié)果
            1.1.5 差異表達(dá)蛋白GO功能注釋結(jié)果
            1.1.6 差異表達(dá)蛋白GO功能富集分析結(jié)果
            1.1.7 差異表達(dá)蛋白KEGG信號(hào)通路富集分析結(jié)果
        1.2 討論
        1.3 小結(jié)
    2 蛋白質(zhì)組學(xué)與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析的結(jié)果與討論
        2.1 蛋白質(zhì)組學(xué)與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析結(jié)果
            2.1.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果
            2.1.2 關(guān)聯(lián)基因與共表達(dá)基因篩選結(jié)果
            2.1.3 關(guān)聯(lián)基因與共表達(dá)基因表達(dá)特征
            2.1.4 共表達(dá)基因GO功能注釋結(jié)果
            2.1.5 共表達(dá)基因GO功能富集分析結(jié)果
            2.1.6 共表達(dá)基因KEGG信號(hào)通路富集分析結(jié)果
            2.1.7 差異表達(dá)基因RT-qPCR驗(yàn)證結(jié)果
        2.2 討論
        2.3 小結(jié)
第四章 全文結(jié)論
第五章 創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡(jiǎn)介
導(dǎo)師簡(jiǎn)介



本文編號(hào)：3837197