奶牛產(chǎn)奶性狀多組學(xué)研究及候選基因RRL8的功能驗(yàn)證
發(fā)布時(shí)間:2022-02-15 17:41
產(chǎn)奶性狀是奶牛最為重要的經(jīng)濟(jì)性狀,挖掘和篩選影響產(chǎn)奶性狀的候選功能基因一直是奶牛遺傳育種領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。高通量組學(xué)技術(shù)快速發(fā)展,為奶牛產(chǎn)奶性狀候選功能基因的篩選與鑒定提供了新途徑。本研究基于多層次組學(xué)信息,從基因組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白組水平挖掘產(chǎn)奶性狀重要功能基因和調(diào)控元件,并對(duì)重要候選基因RPL8進(jìn)行體外功能驗(yàn)證。研究共包括四部分試驗(yàn):試驗(yàn)一:以9,615頭中國(guó)荷斯坦牛為資源群體,利用測(cè)定日表型作為全基因組關(guān)聯(lián)分析的反應(yīng)變量,對(duì)1-3胎次產(chǎn)奶量、乳脂率和乳蛋白率三個(gè)性狀進(jìn)行縱向GWAS分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)84個(gè)SNP達(dá)到基因組顯著水平,其中65個(gè)SNP位于已報(bào)道產(chǎn)奶性狀相關(guān)QTL區(qū)間,最顯著的位點(diǎn)位于DGAT1和GHR基因內(nèi)部。對(duì)結(jié)果深入分析,發(fā)現(xiàn)1個(gè)新的值得進(jìn)一步探究的顯著影響乳脂率的QTL。該研究不僅充分證明了已報(bào)道的研究發(fā)現(xiàn),也為產(chǎn)奶性狀功能研究提供新資源。試驗(yàn)二:為了進(jìn)一步從轉(zhuǎn)錄組水平挖掘和驗(yàn)證產(chǎn)奶性狀的候選基因及調(diào)控元件,利用RNA-seq技術(shù)鑒定4頭健康中國(guó)荷斯坦牛泌乳高峰期和泌乳末期乳腺組織中mRNA和lncRNA的變化。結(jié)果共發(fā)現(xiàn)了254個(gè)差異mRNA和117個(gè)差異lncRNA。...
【文章來(lái)源】:中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:154 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-22006-2018年牛GWAS文章數(shù)量(截止到2018年3月12日)??Figure?1?-2?The?number?of?cattle?G?WAS?from?2006?to?2018(deadline?to?March?12??2018)??注:橫坐標(biāo)是年份,縱坐標(biāo)是文竄的數(shù)H??
圖I-3IncRNA分類(lèi)Figure1-3ClassificationofIncRNAs〔來(lái)溉
證了?lncNRAd£WC/?在抑制牛脂肪細(xì)胞分化中的調(diào)控機(jī)制,發(fā)現(xiàn)ADNCR是與內(nèi)miR-204競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合,從而上調(diào)了?miR-204靶基因的表達(dá),進(jìn)而抑制脂肪細(xì)胞a/.?2016b)?〇??蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué)??1蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué)概述??白質(zhì)組(Proteome)是蛋白質(zhì)(Protein)與基因組(Genome)兩個(gè)詞的組合,指的是細(xì)胞的基因組所有表達(dá)的蛋白質(zhì)的總和。根據(jù)中心法則(圖1-5),遺傳物質(zhì)從DNANA,然后RNA翻譯成蛋白質(zhì),因此最終直接執(zhí)行生物功能的是蛋白質(zhì),是生命功。因此蛋白質(zhì)組是幫助我們理解生物系統(tǒng)調(diào)控的工具,對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的研究機(jī)體在不同生理?xiàng)l件下功能變化的機(jī)制,有廣泛和直接的研究前景。蛋白質(zhì)omics)即是研究蛋白質(zhì)組組成及其變化規(guī)律的科學(xué),這個(gè)概念最早由Marc?Wikins提ns?e;?a/.?1996)。蛋白質(zhì)組學(xué)研究范圍主要包括對(duì)細(xì)胞和組織內(nèi)總蛋白的定性或定量研細(xì)胞內(nèi)的定位、蛋白與蛋白、蛋白和DNA的互作及翻譯后修飾研究等(Tyers?&?M。??Central?dogma?New?technology?Genomic?hypothesis??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Depletion of ribosomal protein L8 impairs Drosophila development and is associated with apoptosis[J]. LI HongYan1,PAN LiXia2 & GOU KeMian1* 1State Key Laboratory for Agrobiotechnology,China Agricultural University,Beijing 100193,China;2School of Medicine,Tsinghua University,Beijing 100080,China. Science China(Life Sciences). 2010(09)
本文編號(hào):3627052
【文章來(lái)源】:中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:154 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-22006-2018年牛GWAS文章數(shù)量(截止到2018年3月12日)??Figure?1?-2?The?number?of?cattle?G?WAS?from?2006?to?2018(deadline?to?March?12??2018)??注:橫坐標(biāo)是年份,縱坐標(biāo)是文竄的數(shù)H??
圖I-3IncRNA分類(lèi)Figure1-3ClassificationofIncRNAs〔來(lái)溉
證了?lncNRAd£WC/?在抑制牛脂肪細(xì)胞分化中的調(diào)控機(jī)制,發(fā)現(xiàn)ADNCR是與內(nèi)miR-204競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合,從而上調(diào)了?miR-204靶基因的表達(dá),進(jìn)而抑制脂肪細(xì)胞a/.?2016b)?〇??蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué)??1蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué)概述??白質(zhì)組(Proteome)是蛋白質(zhì)(Protein)與基因組(Genome)兩個(gè)詞的組合,指的是細(xì)胞的基因組所有表達(dá)的蛋白質(zhì)的總和。根據(jù)中心法則(圖1-5),遺傳物質(zhì)從DNANA,然后RNA翻譯成蛋白質(zhì),因此最終直接執(zhí)行生物功能的是蛋白質(zhì),是生命功。因此蛋白質(zhì)組是幫助我們理解生物系統(tǒng)調(diào)控的工具,對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的研究機(jī)體在不同生理?xiàng)l件下功能變化的機(jī)制,有廣泛和直接的研究前景。蛋白質(zhì)omics)即是研究蛋白質(zhì)組組成及其變化規(guī)律的科學(xué),這個(gè)概念最早由Marc?Wikins提ns?e;?a/.?1996)。蛋白質(zhì)組學(xué)研究范圍主要包括對(duì)細(xì)胞和組織內(nèi)總蛋白的定性或定量研細(xì)胞內(nèi)的定位、蛋白與蛋白、蛋白和DNA的互作及翻譯后修飾研究等(Tyers?&?M。??Central?dogma?New?technology?Genomic?hypothesis??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Depletion of ribosomal protein L8 impairs Drosophila development and is associated with apoptosis[J]. LI HongYan1,PAN LiXia2 & GOU KeMian1* 1State Key Laboratory for Agrobiotechnology,China Agricultural University,Beijing 100193,China;2School of Medicine,Tsinghua University,Beijing 100080,China. Science China(Life Sciences). 2010(09)
本文編號(hào):3627052
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