發(fā)布時間：2022-01-02 21:31

　　RNA編輯是一種重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機制,可改變氨基酸序列、影響可變剪接、導(dǎo)致內(nèi)含子滯留、影響RNA穩(wěn)定性等,為解釋諸多復(fù)雜生命過程提供了一種方向。與人和鼠相比,對豬中RNA編輯的認(rèn)識仍十分有限。本研究基于高通量測序技術(shù)對豬7種組織中的RNA編輯位點進(jìn)行鑒定,同時在背膘厚高低組間篩選差異RNA編輯位點,并對RNA編輯酶基因ADAR1和ADAR2進(jìn)行cDNA全長序列克隆。主要研究內(nèi)容如下:1、豬7種組織RNA編輯位點鑒定與分析利用RES-Scanner基于鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測序和基因組重測序數(shù)據(jù)檢測3頭豬大腦、心臟、背部脂肪、肝臟、肺、背最長肌和卵巢中的RNA編輯位點。共檢測到74863個非冗余RNA編輯位點,其中92.1%為A-to-G編輯,主要分布于非編碼區(qū)。在CDS區(qū)中共檢測到151個A-to-G編輯位點,其中94個可導(dǎo)致氨基酸改變。97.4%的A-to-G位點位于重復(fù)序列中,其中88.6%位于PRE-1中。相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)RNA編輯酶基因ADAR1和ADAR2的表達(dá)量與A-to-G編輯位點的數(shù)量及總編輯水平存在顯著正相關(guān)（P<0.05）。腦組織中RNA編輯位點最多,肌肉組織中最少。對... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：147 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

A-to-IRNA編輯示意圖（Lorenzinietal.,2018）

14圖 2.1 測序方案Fig 2.1 Experimental design for sequencing1.2.3 鏈特異性 RNA-seq利用上述提取的各樣品 RNA，分別構(gòu)建 21 個鏈特異性 RNA-seq 文庫（圖 2.2）。建庫

圖 2.2 鏈特異性 RNA-seq 文庫構(gòu)建引自 NEB 官網(wǎng)（https://international.neb.com）Fig. 2.2 Strand-specific RNA sequencing library preparationCiting from New England Biolabs(NEB) official website(https://international.neb.com)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]轉(zhuǎn)錄組測序的發(fā)展和應(yīng)用[J]. 王楚彪,盧萬鴻,林彥,羅建中.  桉樹科技. 2018(04)
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[3]KDM2B基因克隆及其在牦牛組織和卵母細(xì)胞減數(shù)分裂過程中的表達(dá)研究[J]. 蔡雯祎,熊顯榮,陳通,楊顯英,韓杰,阿果約達(dá),李鍵.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2018(03)
[4]肉雞腹脂雙向選擇系中RNA編輯位點的鑒定研究[J]. 梁浩,李敏,董翔宇,李輝,杜志強.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2017(09)
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[8]單分子實時測序技術(shù)的原理與應(yīng)用[J]. 柳延虎,王璐,于黎.  遺傳. 2015(03)
[9]Alu元件研究進(jìn)展[J]. 湯麗夢,浦汪洋,肖莉,李凱,郭紫芬.  生物技術(shù)世界. 2014(08)
[10]豬是研究肥胖及代謝綜合征的理想模型[J]. 章杰.  養(yǎng)豬. 2014(03)

博士論文
[1]豬12號染色體上增加肌內(nèi)脂肪含量的因果基因及其因果突變的鑒別與作用機理研究[D]. 熊信威.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]雞腹脂沉積相關(guān)基因和miRNA篩選及BNP基因的功能鑒定[D]. 黃華云.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2014
[3]RasGRP3和Ca2+調(diào)控TLRs觸發(fā)的天然免疫應(yīng)答及其機制研究[D]. 唐松青.浙江大學(xué) 2014
[4]Gabra-3基因A至ⅠRNA編輯位點的鑒定及其分子機制的研究[D]. 田男.浙江大學(xué) 2010

碩士論文
[1]基于大規(guī)模高通量RNA-seq數(shù)據(jù)對大鼠RNA編輯事件的全面探究[D]. 汪浩.華東師范大學(xué) 2016
[2]豬Dppa5, FP和MAL2基因遺傳多態(tài)性與繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 李穩(wěn).中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2011



本文編號：3564907