自紅原雞被馴化以來,家雞就受到了自然選擇和人工選擇的雙重壓力,由此產(chǎn)生了豐富的遺傳多樣性,為揭示選擇塑造遺傳變異模式提供了良好的材料。本研究通過對6個代表性藏雞群體和8個四川盆地特有的地方雞品種共78只家雞進行基因組重測序,同時結(jié)合報道的5只紅色原雞和8只西雙版納斗雞基因組重測序數(shù)據(jù),進行群體比較基因組學和生物信息學分析,挖掘與雞遺傳多樣性、表型性狀和高原適應性相關(guān)的重要基因及其調(diào)控機制。本研究取得的主要研究結(jié)果如下:1.雞的遺傳多樣性本研究總共獲得1.69萬億堿基,每個樣本平均覆蓋率為18.03層,發(fā)現(xiàn)8.53 Mb高度可信的SNP,新發(fā)現(xiàn)SNP 1.10 Mb,每個群體鑒定出SNP 3.46-7.52 Mb,每個群體檢測到1398-7977個特異性SNP。利用序列多樣性統(tǒng)計的方法對每個群體核苷酸可變性（θπ）和多態(tài)性（θω）進行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn),藏雞比四川本地雞品種具有相對更高的遺傳多樣性。利用皮爾遜相關(guān)系數(shù)對GC含量和SNP以及插入和缺失（InDel）進行相關(guān)性分析,結(jié)果顯示,在雞基因組等容線中,SNP數(shù)量和GC含量呈正相關(guān)（r=0.73,p=0）,在所有雞群體和單個品種或群體中插... 

【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學四川省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：143 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

試驗的技術(shù)路線

38圖 2-1 91只雞的等位基因頻率和 17個群體的等位基因數(shù)目分布圖。圖 A、B 和 C 分別代表 91只雞已知、新發(fā)現(xiàn)和總共的 SNP 個數(shù)。圖 D 和 H 代表累計的 SNP 個數(shù)，圖 E、F 和 G 分別代表 17個

群體已知、新發(fā)現(xiàn)和總共的 SNP 中的等位基因Figure2-1. Allele frequency spectra in 91 birds and Number of alleles distribute in 1 to 17 chickenbreeds/populations. Panel A, B and C represent distribution of allele frequency of known, novel and totalSNPs in 91 birds respectively. Panel D and H is accumulative percentage of SNPs. Panel E, F and Grepresent distribution of alleles of known SNPs, novel SNPs and total SNPs in 1 to 17 chickenbreeds/populations respectively與此同時，通過對不同品種中檢測到的 SNP 進行群體間比較分析，每個群體檢測到了 1398 到 7977 個特異性的 SNP，其中紅色原雞具有最多的特異性 SNP，具有7977個，彭縣黃雞具有最少的特異性 SNP，具有 1398個（見圖 2-2）。


本文編號：3446739