大豆抗大豆疫霉根腐病基因定位及候選基因分析
發(fā)布時(shí)間:2021-08-13 04:37
大豆疫霉根腐。≒hytophthora root rot of soybean)是由土傳卵菌大豆疫霉菌(Phytophthorasojae Kaufmann&Gerdemann P.sojae)侵染引起的大豆病害。該病害可在大豆各個(gè)生育期發(fā)生,造成大豆嚴(yán)重減產(chǎn),利用抗耐病品種是目前最經(jīng)濟(jì)有效的措施。抗源篩選是獲得優(yōu)異抗病種質(zhì)最主要的方式,而抗病基因的挖掘是研究大豆抗性分子機(jī)制的主要途徑。本研究分析了 337份江淮大豆育種種質(zhì)對(duì)3個(gè)毒力不同的大豆疫霉菌株的抗性反應(yīng),并結(jié)合SNPLDBs和SNP標(biāo)記關(guān)聯(lián)定位該群體的抗病位點(diǎn);利用蒙8206和臨蒙6-46衍生的次級(jí)群體進(jìn)行抗病基因的遺傳分析,結(jié)合SSR標(biāo)記連鎖定位;對(duì)可能參與抗病通路的基因進(jìn)行克隆和初步的生物信息學(xué)分析。這些結(jié)果將有助于深入研究大豆對(duì)大豆疫霉根腐病抗性的遺傳機(jī)制和分子機(jī)理,也有助于分子標(biāo)記輔助選擇育種。1.江淮大豆育種種質(zhì)群體抗大豆疫霉根腐病的抗性鑒定利用下胚軸創(chuàng)傷接種法鑒定337份江淮大豆種質(zhì)對(duì)3個(gè)毒力不同的大豆疫霉菌株HeN08-35(3a,3c,4,5,6,7)、AH(2,3a,3b,4,5)、PNJ1(1d,...
【文章來(lái)源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:120 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-2中國(guó)已發(fā)現(xiàn)大豆疫霉的地區(qū)??Fig.?1-2?The?distribution?regions?of?P.?sojae?in?China??if:IiKiM???
稱(chēng)為M.??SNPLDB?(Multiple?SNPs),區(qū)塊內(nèi)SNP個(gè)數(shù)2-79不等,在20條染色體上的分布變??幅為222-613個(gè);另外8925個(gè)是只含有單個(gè)SNP的SNPLDBs,因?yàn)檫@部分標(biāo)記在??200kb區(qū)間內(nèi)與其它標(biāo)記不存在較強(qiáng)連鎖不平衡,稱(chēng)為S.?SNPLDB?(Single?SNP),在??20條染色體上的分布變幅為305-706個(gè)(表2-2)。??.?1?2?3?4?5?6?7?S?9?JO??-?,?K??(A)?(B)??廠.。??(c)??圖2-2種質(zhì)群體結(jié)構(gòu)分析??Fig.?2-2?Population?structure?analysis?in?soybean.??注:A.鄰接進(jìn)化樹(shù)分析;B.最佳K值分析,紅色線(xiàn)指AK的變化,藍(lán)色線(xiàn)指LnP?(K)的變化;C.?3個(gè)亞群結(jié)??構(gòu)分析。紅色指第一亞群,綠色指第二亞群,藍(lán)色指第三亞群。??Note:?A.?Neighbor-joining?tree;?B.?True?K?was?analyzed?for?population.?Red?line?infer?to?change?of?AK,?blue?line?infer?to??change?of?LnP?(K)?;?C.?Population?structure?analysis.?The?subgroupl?shows?in?red,?subgroup2?shows?in?green,?subgroup3??shows?in?blue.??26??
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【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]黃淮海地區(qū)大豆主栽品種對(duì)8個(gè)大豆疫霉菌株的抗性評(píng)價(jià)[J]. 李曉那,孫石,鐘超,韓天富. 作物學(xué)報(bào). 2017(12)
[2]大豆組成型三重反應(yīng)基因GmCTR1的克隆與功能分析[J]. 張楠楠,薛冬,崔曉霞,趙晉銘,郭娜,王海棠,邢邯. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(16)
[3]大豆疫霉根腐病的綜合防治措施[J]. 蔡瑩瑩,宮千淳,屈曉澤. 生物化工. 2017(03)
[4]亮盾種衣劑包衣對(duì)防治大豆疫霉根腐病的效果分析[J]. 馮濤,謝麗華,陳明麗,高虹. 現(xiàn)代化農(nóng)業(yè). 2017(05)
[5]四川大豆疫霉毒力鑒定及資源抗性分析[J]. 陳四維,張婷婷,肖麗,武曉玲,楊文鈺. 中國(guó)油料作物學(xué)報(bào). 2016(04)
[6]大豆品種鄭97196對(duì)疫霉根腐病的抗性遺傳分析及基因定位[J]. 張海鵬,郭娜,牛景萍,黃婧,彭洋,王海棠,趙晉銘,邢邯. 大豆科學(xué). 2016(03)
[7]植物關(guān)聯(lián)分析方法的研究進(jìn)展[J]. 馮建英,溫陽(yáng)俊,張瑾,章元明. 作物學(xué)報(bào). 2016(07)
[8]三江平原主栽大豆品種對(duì)大豆疫霉根腐病的抗性分析[J]. 楊曉賀,顧鑫,于銘,趙海紅,姚亮亮,劉偉,申宏波,丁俊杰. 大豆科學(xué). 2016(02)
[9]華南大豆種質(zhì)對(duì)疫霉根腐病的抗性分析[J]. 程艷波,馬啟彬,牟英輝,譚志遠(yuǎn),吳鴻,年海. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(12)
[10]野生大豆資源對(duì)大豆疫病抗病性和耐病性鑒定[J]. 鐘超,李銀萍,孫素麗,劉章雄,邱麗娟,朱振東. 植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2015(04)
博士論文
[1]大豆對(duì)大豆疫霉根腐病抗性基因和QTL的定位[D]. 黃婧.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]大豆疫霉根腐病抗源篩選及抗性基因定位[D]. 孫聚濤.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[3]大豆疫霉根腐病抗性評(píng)價(jià)、基因定位及抗性相關(guān)基因的篩選[D]. 武曉玲.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[4]大豆疫霉根腐病抗性的遺傳分析及基因定位的初步研究[D]. 孫石.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號(hào):3339758
【文章來(lái)源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:120 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-2中國(guó)已發(fā)現(xiàn)大豆疫霉的地區(qū)??Fig.?1-2?The?distribution?regions?of?P.?sojae?in?China??if:IiKiM???
稱(chēng)為M.??SNPLDB?(Multiple?SNPs),區(qū)塊內(nèi)SNP個(gè)數(shù)2-79不等,在20條染色體上的分布變??幅為222-613個(gè);另外8925個(gè)是只含有單個(gè)SNP的SNPLDBs,因?yàn)檫@部分標(biāo)記在??200kb區(qū)間內(nèi)與其它標(biāo)記不存在較強(qiáng)連鎖不平衡,稱(chēng)為S.?SNPLDB?(Single?SNP),在??20條染色體上的分布變幅為305-706個(gè)(表2-2)。??.?1?2?3?4?5?6?7?S?9?JO??-?,?K??(A)?(B)??廠.。??(c)??圖2-2種質(zhì)群體結(jié)構(gòu)分析??Fig.?2-2?Population?structure?analysis?in?soybean.??注:A.鄰接進(jìn)化樹(shù)分析;B.最佳K值分析,紅色線(xiàn)指AK的變化,藍(lán)色線(xiàn)指LnP?(K)的變化;C.?3個(gè)亞群結(jié)??構(gòu)分析。紅色指第一亞群,綠色指第二亞群,藍(lán)色指第三亞群。??Note:?A.?Neighbor-joining?tree;?B.?True?K?was?analyzed?for?population.?Red?line?infer?to?change?of?AK,?blue?line?infer?to??change?of?LnP?(K)?;?C.?Population?structure?analysis.?The?subgroupl?shows?in?red,?subgroup2?shows?in?green,?subgroup3??shows?in?blue.??26??
?第二章江淮大豆育種種質(zhì)群體抗大豆疫霉根腐病的抗性鑒定及抗病位點(diǎn)關(guān)聯(lián)定位???1/60862即-log10P?>?4.78的SNP標(biāo)記記為顯著關(guān)聯(lián)標(biāo)記,分析后在1號(hào)染色體上鑒定??到符合條件的SNP有26個(gè),表型變異解釋率為6.14%-11.18%?(表2-4,圖2-7),與??RTM-GWAS定位到的表型變異解釋率最高的抗病位點(diǎn)〇^_1_44288132_44486104重??疊,說(shuō)明這個(gè)區(qū)間與疫霉根腐病抗性相關(guān)。??6?GLM??3?5?MLM??li;^?? ̄I?I?I?I?I?I?I ̄??0?1?2?3?4?5?6??Expected?-log10(p)??圖2-6兩種模型下關(guān)聯(lián)分析的Quantile-Quantile圖??Fig.?2-6?Quantile-Quantile?plots?were?estimated?by?-logioP?using?two?models??表2-4通過(guò)關(guān)聯(lián)分析鑒定出的與大豆疫霉根腐病顯著相關(guān)的SNP標(biāo)記??Table?2-4?Identified?SNPs?about?R?sojae?resistance?traits?by?GWAS??§ia?FI?對(duì)數(shù)值?表型解釋率??SNP?P?-l〇gi〇P?R2?(%)??Gm01_44414453?2.48E-09?8^61?11.18??Gm01_44457909?2.50E-08?7.60?9.70??Gm01_44458121?2.50E-08?7.60?9.70??GmOl—44436455?3.76E-08?7.42?9.4
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]黃淮海地區(qū)大豆主栽品種對(duì)8個(gè)大豆疫霉菌株的抗性評(píng)價(jià)[J]. 李曉那,孫石,鐘超,韓天富. 作物學(xué)報(bào). 2017(12)
[2]大豆組成型三重反應(yīng)基因GmCTR1的克隆與功能分析[J]. 張楠楠,薛冬,崔曉霞,趙晉銘,郭娜,王海棠,邢邯. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(16)
[3]大豆疫霉根腐病的綜合防治措施[J]. 蔡瑩瑩,宮千淳,屈曉澤. 生物化工. 2017(03)
[4]亮盾種衣劑包衣對(duì)防治大豆疫霉根腐病的效果分析[J]. 馮濤,謝麗華,陳明麗,高虹. 現(xiàn)代化農(nóng)業(yè). 2017(05)
[5]四川大豆疫霉毒力鑒定及資源抗性分析[J]. 陳四維,張婷婷,肖麗,武曉玲,楊文鈺. 中國(guó)油料作物學(xué)報(bào). 2016(04)
[6]大豆品種鄭97196對(duì)疫霉根腐病的抗性遺傳分析及基因定位[J]. 張海鵬,郭娜,牛景萍,黃婧,彭洋,王海棠,趙晉銘,邢邯. 大豆科學(xué). 2016(03)
[7]植物關(guān)聯(lián)分析方法的研究進(jìn)展[J]. 馮建英,溫陽(yáng)俊,張瑾,章元明. 作物學(xué)報(bào). 2016(07)
[8]三江平原主栽大豆品種對(duì)大豆疫霉根腐病的抗性分析[J]. 楊曉賀,顧鑫,于銘,趙海紅,姚亮亮,劉偉,申宏波,丁俊杰. 大豆科學(xué). 2016(02)
[9]華南大豆種質(zhì)對(duì)疫霉根腐病的抗性分析[J]. 程艷波,馬啟彬,牟英輝,譚志遠(yuǎn),吳鴻,年海. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(12)
[10]野生大豆資源對(duì)大豆疫病抗病性和耐病性鑒定[J]. 鐘超,李銀萍,孫素麗,劉章雄,邱麗娟,朱振東. 植物遺傳資源學(xué)報(bào). 2015(04)
博士論文
[1]大豆對(duì)大豆疫霉根腐病抗性基因和QTL的定位[D]. 黃婧.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]大豆疫霉根腐病抗源篩選及抗性基因定位[D]. 孫聚濤.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[3]大豆疫霉根腐病抗性評(píng)價(jià)、基因定位及抗性相關(guān)基因的篩選[D]. 武曉玲.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[4]大豆疫霉根腐病抗性的遺傳分析及基因定位的初步研究[D]. 孫石.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號(hào):3339758
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