高密度遺傳圖譜是提高參考基因組組裝、基因定位、比較基因組研究的重要工具。蘿1、（Raphanus sativus L.）是一種重要的一、二年生十字花科根菜類蔬菜作物。蘿卜肉質(zhì)根營養(yǎng)豐富,藥用食療價(jià)值高,不同基因型蘿卜品種品質(zhì)性狀存在顯著的差異�；趥鹘y(tǒng)分子標(biāo)記構(gòu)建的蘿卜遺傳圖譜,由于標(biāo)記密度低,可利用的功能標(biāo)記偏少,極大程度上限制了蘿卜重要品質(zhì)性狀的基因定位研究。鑒于此,本研究以蘿卜高代自交系‘NAU-LB’（白色長圓柱形）和‘NAU-YH’（紅色小圓球形）為親本配制F2群體,通過全基因組重測序與基因分型技術(shù)構(gòu)建蘿卜高密度遺傳圖譜,并對11個(gè)品質(zhì)性狀進(jìn)行了 QTL定位;通過構(gòu)建的F2、BC1P1和BC1P2作圖群體進(jìn)行遺傳分析表明根皮色性狀是由單基因控制;基于蘿卜三個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定可變剪切、SNP、InDel、SSR標(biāo)記;結(jié)合BSA-seq與精細(xì)作圖技術(shù)定位紅皮基因;主要研究結(jié)果如下:1.對‘NAU-LB’、‘NAU-YH’和137個(gè)F2單株進(jìn)行全基因組重測序分別獲得了 5.63Gb、7.46Gb、404.44Gb的原始數(shù)據(jù)。利用BWA軟件,將兩個(gè)親本測序數(shù)據(jù)比對到蘿卜參考基因組,利用... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：109 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 分子標(biāo)記技術(shù)
        1.1 基于雜交技術(shù)的第一代分子標(biāo)記
        1.2 基于PCR的第二代分子標(biāo)記
        1.3 基于高通量測序的第三代分子標(biāo)記
    2. 遺傳連鎖圖譜構(gòu)建
        2.1 遺傳連鎖圖譜構(gòu)建步驟
        2.2 基于全基因組重測序構(gòu)建遺傳圖譜
        2.3 蘿卜遺傳圖譜研究進(jìn)展
    3 蘿卜品質(zhì)性狀QTL定位研究進(jìn)展
        3.1 QTL定位原理和方法
        3.2 蘿卜重要性狀QTL定位研究進(jìn)展
        3.3 蘿卜根紅色性狀研究進(jìn)展
    4. 轉(zhuǎn)錄組測序和可變剪切
        4.1 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)簡介
        4.2 可變剪切研究進(jìn)展
        4.3 轉(zhuǎn)錄組測序開發(fā)SNP和InDel標(biāo)記
    5. 本研究目的與意義
第二章 蘿卜高密遺傳圖譜構(gòu)建和品質(zhì)性狀QTL定位
    1 材料與方法
        1.1 供試材料
        1.2 基因組DNA的提取
        1.3 高通量基因組測序
        1.4 遺傳連鎖圖譜構(gòu)建
        1.5 表型測定
        1.6 圖譜特征分析
        1.7 QTL定位分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 蘿卜高密度遺傳圖譜
        2.2 遺傳圖譜與甘藍(lán)和白菜基因組共線性分析
        2.3 蘿卜基因組重組特征分析
        2.4 基于遺傳圖譜品質(zhì)性狀基因QTLs定位
    3 討論
        3.1 蘿卜高密度遺傳圖譜特征
        3.2 蘿卜高密度遺傳提高基因組組裝
        3.3 比較分析蘿卜與兩個(gè)蕓薹屬基因組同源關(guān)系
        3.4 重組對蘿卜遺傳研究的影響
        3.5 蘿卜品質(zhì)性狀QTL定位
第三章 蘿卜紅皮性狀基因鑒定
    1 材料與方法
        1.1 試驗(yàn)材料和性狀統(tǒng)計(jì)
        1.2 花青素總量測定
        1.3 BSA-seq分析
        1.4 轉(zhuǎn)錄組序列和比對到參考基因組
        1.5 可變剪切事件鑒定及驗(yàn)證
        1.6 SNP、InDel和SSR鑒定
        1.7 DNA多態(tài)性引物設(shè)計(jì)和驗(yàn)證
        1.8 分子標(biāo)記開發(fā)
        1.9 基因定位
        1.10 候選基因克隆
        1.11 半定量和定量RT-PCR表達(dá)分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 蘿卜紅皮性狀遺傳規(guī)律
        2.2 BSA-seq分析鑒定紅皮基因候選區(qū)域
        2.3 比較轉(zhuǎn)錄組鑒定可變剪切和分子標(biāo)記開發(fā)
        2.4 蘿卜紅皮基因定位
        2.5 RsMYB90基因克隆及序列分析
        2.6 RsMYB90基因表達(dá)分析
    3 討論
        3.1 可變剪切在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中起著至關(guān)重要的作用
        3.2 比較轉(zhuǎn)錄組分析SNP和InDel特征
        3.3 SNP和InDel標(biāo)記特征和多態(tài)性
        3.4 蘿卜紅皮基因定位
        3.5 植物皮色調(diào)控基因
全文結(jié)論
創(chuàng)新之處
參考文獻(xiàn)
博士在讀期間發(fā)表學(xué)術(shù)論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
博士論文
[1]陸地棉種內(nèi)高密度遺傳圖譜構(gòu)建及重要農(nóng)藝性狀QTL定位[D]. 賈曉昀.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[2]應(yīng)用生物組學(xué)分析鑒定蘿卜鹽脅迫響應(yīng)相關(guān)基因與miRNA[D]. 孫小川.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]桉樹高密度遺傳圖譜構(gòu)建及生長和材性相關(guān)QTL解析[D]. 于曉麗.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2015
[4]MYB對楊梅果實(shí)花青素苷合成的調(diào)控及其機(jī)制[D]. 牛姍姍.浙江大學(xué) 2011



本文編號：3172954