本文關(guān)鍵詞： 湖羊 斷奶羔羊 斷奶應(yīng)激 腸道 RNA-seq iTRAQ　出處：《中國農(nóng)業(yè)科學院》2016年博士后論文　論文類型：學位論文

【摘要】：湖羊是我國著名的多胎品種,平均產(chǎn)羔率達256%,高繁殖率選育群可達300%以上。在實際生產(chǎn)過程中,如母羊多胎或母體體質(zhì)弱、母乳不足、羔羊規(guī)�；屎凸S化生產(chǎn)、優(yōu)良品種母羊一年兩產(chǎn)等情況,需要羔羊早期或超早期斷奶。先前的研究主要圍繞羔羊早期斷奶的方法和緩解斷奶應(yīng)激的技術(shù)措施展開。對于斷奶過程中的分子調(diào)節(jié)機制的研究相對較少。本研究選用初生雙胞胎湖羊作為研究對象,隨母哺乳至3日齡,采用配對試驗設(shè)計,對照組隨母哺乳,試驗組飼喂代乳品至15日齡屠宰,取羔羊空腸組織。對斷母乳羔羊腸道組織進行切片分析,同時采用RNA-Seq技術(shù)和iTRAQ技術(shù)分別對斷母乳湖羊羔羊腸道差異表達基因和差異表達蛋白進行分析。結(jié)果如下：1.組織形態(tài)學分析表明斷母乳羔羊腸道組織形態(tài)發(fā)生明顯變化,主要表現(xiàn)為腸絨毛長度縮短,隱窩深度增加。2.采用RNA-seq技術(shù)分析斷母乳對羔羊腸道組織基因mRNA水平的影響。RNA-seq結(jié)果顯示,腸道組織樣品表達轉(zhuǎn)錄本注釋得到的基因有24592個,對所有能夠比對上基因組的基因按padj 0.05的條件篩選,共有482個差異表達基因。其中,斷母乳組表達上調(diào)的基因有235個,表達下調(diào)的基因有247個。差異表達基因GO和KEGG分析結(jié)果顯示,差異表達基因主要參與調(diào)節(jié)機體營養(yǎng)素的代謝,消化系統(tǒng)、免疫系統(tǒng)和內(nèi)分泌系統(tǒng)。通過RNA-seq數(shù)據(jù)分析,我們發(fā)現(xiàn)4個免疫相關(guān)的新基因,分別為ENSOARG00000010572, ENSOARG00000015002, ENSOARG00000009042和ENSOARG00000014493。3.采用iTRAQ技術(shù)對斷母乳羔羊腸道組織進行蛋白質(zhì)組學分析,共鑒定得到蛋白5338個,根據(jù)篩選標準FC1.2或0.83,且經(jīng)統(tǒng)計檢驗其p-value0.05的蛋白作為差異蛋白,斷母乳組羔羊共得到差異蛋白389個,其中表達上調(diào)蛋白143個,表達下調(diào)蛋白246個。差異表達蛋白主要參與生物學過程包括免疫系統(tǒng)、物質(zhì)代謝、生物黏附和細胞遷移等過程。本研究采用聯(lián)合組學技術(shù),從mRNA水平和蛋白質(zhì)水平探討斷母乳羔羊腸道基因表達模式和代謝通路,為后續(xù)羔羊揭示羔羊斷奶應(yīng)激的分子調(diào)控機制提供依據(jù)。
[Abstract]:Hu is a famous prolific species, average lambing rate of 256%, the high reproduction rate of breeding groups can reach more than 300%. In the actual production process, such as multiple births or ewe maternal physical weakness, lack of breast milk, lamb scale breeding and factory production, fine varieties of ewe two a year production situation, need Lamb the early or super early weaning. Previous studies mainly focus on the methods of lamb early weaning and technical measures to alleviate weaning stress. The molecular regulation mechanism of the weaning process is relatively small. This research selects the newborn twins sheep as the research object, the mother breast-feeding to 3 days of age, using a paired experimental design, the control group with lactation the test group, fed milk replacer to 15 days of age were slaughtered lamb. Lamb of the jejunum tissue off the breast intestinal tissue slice analysis, using RNA-Seq technology and iTRAQ technology on broken milk sheep Differential expression of gene and protein expression of intestinal lamb difference was analyzed. The results are as follows: 1. the morphological analysis showed that the broken milk lamb intestinal morphology changed significantly, mainly for intestinal villus length shortened, crypt depth increased.2. RNA-seq technology was used to analyze the fault breast effect on gene level of mRNA lamb intestinal tissue.RNA-seq results showed that the intestinal tissue the sample expressed transcripts annotated from 24592 genes, all of which can be aligned on the genome Padj gene according to the condition of 0.05 screening, a total of 482 differentially expressed genes. Among them, broken breast milk group was up-regulated and 235 genes down regulated genes, 247 differentially expressed genes. GO and KEGG analysis results showed that the differentially expressed genes were mainly involved in the regulation of metabolism, body nutrients digestive system, immune system and endocrine system. Through the analysis of RNA-seq data, I They found 4 immune related genes were ENSOARG00000010572, ENSOARG00000015002, ENSOARG00000009042 and ENSOARG00000014493.3. by iTRAQ analysis of broken breast lamb intestinal tissue proteome, 5338 proteins were identified, according to the screening criteria of FC1.2 or 0.83, and the statistical test of p-value0.05 protein as a protein, milk broken group lamb there are 389 different proteins, including 143 up-regulated proteins and 246 down regulated proteins. The differentially expressed proteins are mainly involved in biological processes including immune system, metabolism, biological adhesion and cell migration process. This research adopts combined group technology, to explore the gene expression pattern of intestinal lamb weaning and metabolic pathways from the mRNA level and the protein level, provide the basis for further revealing the molecular mechanism of lamb lamb weaning stress.

【學位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學院
【學位級別】：博士后
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S826

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