本文關鍵詞：用通用PCR和宏基因組學發(fā)現(xiàn)鴨和鵝的新病毒　出處：《中國農(nóng)業(yè)大學》2017年博士論文　論文類型：學位論文

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【摘要】：近20年來,水禽新發(fā)傳染病不斷出現(xiàn),給我國水禽養(yǎng)殖業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟損失,因此,開展水禽新病毒的發(fā)掘工作有利于水禽疾病的防控。本研究旨在用微RNA病毒和嵌杯病毒的通用RT-PCR以及宏基因組學技術分別檢測鵝和麻鴨的樣品,以期發(fā)現(xiàn)可能存在的水禽新病毒。2014～2015年,從某鵝場采集腸炎病例的63份樣品,用微RNA病毒通用RT-PCR進行檢測,17份(27.0%)樣品為陽性;用嵌杯病毒通用RT-PCR進行檢測,9份(14.3%)樣品為陽性。用擴增產(chǎn)物序列進行同源性和進化分析,結(jié)果顯示,所測微RNA病毒毒株分屬4類,與之氨基酸序列同源性最高的病毒分別是鴨megrivirus(DMV)(90.5-99.3%)、蝙蝠微RNA病毒3(BatPV3)(66.2%)、鴨甲肝病毒(DuckhepatitisAvirus,DHAV)(53.4%)和猿 sapelovirus1(55.5%)。所測嵌杯病毒毒株分屬2類,與之同源性最高的病毒分別是Nacovirus(47.6-66.7%)和札幌病毒(42.9-46.4%)。由此可見,鵝可作為多種微RNA病毒和嵌杯病毒的儲存宿主。測定了 3株(HN50-k株、W18株和HN56株)鵝源微RNA病毒的基因組序列。HN50-k株基因組全長 8059 nt,其基因組結(jié)構(gòu)為5'UTR-L-p1(VP0-VP3-VP1)-P2(2AH-box/NC-2B-2CHel-P3(3A-3BVPg-3CPro-3DPol)-3'UTR-Poly(A)。同源性分析顯示,HN50-k 株與嵴病毒在 P1(47.86%)和 P2(42.70%)區(qū)的氨基酸序列同源性最高,與Passerivirus在P3區(qū)的同源性最高(46.83%)。進化分析結(jié)果表明,在2C和3CD進化樹中,HN50-k株處于獨立的進化分支;而在P1蛋白進化樹上則位于嵴病毒分支。因此,將HN50-k株鑒定為微RNA病毒科嵴病毒屬的一個新病毒種。42份鵝樣品中,HN50-k株的陽性率為69.05%,提示鵝群感染HN50-k株的現(xiàn)象較為普遍。W18株和HN56株的基因組長度為9840 nt和10101 nt,其基因組結(jié)構(gòu)為5'UTR-P(VP0-VP3-VP1)-P2(2A1-2A2-2A3H-box/NC-2B-2CHel)-P3(3A-3Bvpg-3CPro-3Dpol)-3'UTR-Poly(A)。在 P2 和 P3 區(qū),W18 株和 HN56株均與DMV的氨基酸序列同源性最高(91.7%),表明W18株和HN56株屬于Megrivirus屬的成員;但在結(jié)構(gòu)蛋白P1區(qū),則分別與DMV和Mesivirus-1的同源性最高(68.5%和52.2%)。結(jié)合遺傳演化分析結(jié)果,可將W18株、HN56株和DMV鑒定為同種病毒的3個不同基因型。在42份鵝樣品中,Megrivirus的陽性率為90.5%,表明鵝群感染megrivirus的現(xiàn)象較為普遍。測定了 1株微RNA病毒(HN27株)基因組3'端3711 nt序列。在2C、3CD和P3區(qū),HN27株均與DHAV的氨基酸序列同源性最高,但僅為48.3%、48.7%和43.9%,可能屬于微RNA病毒科一個新病毒屬的成員,暫將屬名稱為"Goalvirus"。從霍爾多巴吉鵝腸道樣品HN50和HN27中檢出5株嵌杯病毒,分屬兩類,分別以HN50-1株和HN27-1株為代表。測定了 HN50-1株基因組序列(8449nt)和HN27-1株基因組大部分序列(6273nt)。序列分析結(jié)果表明,HN50-1株和HN27-1株均具有嵌杯病毒的基因組結(jié)構(gòu)特征。同源性分析結(jié)果表明,HN50-1 株與 Nacovirus 在 NS(35.83-37.64%)、Pro-Pol(47.39-50.46%)和VP1(30.34-32.62%)區(qū)氨基酸序列同源性最高,與諾如病毒的VP2(19.15-20.97%)蛋白同源性最高;HN27-1 株與 Nacovirus 在 Pro-Pol(45.72-47.25%)、VP1(32.29-33.64%)和 VP2(16.59-23.11%)區(qū)的氨基酸序列同源性最高。結(jié)合進化分析結(jié)果,HN50-1株和HN27-1株代表2個新病毒屬,暫名為"Sanovirus"和"Hunovirus"。進一步分析表明,HN50-1株及另外2株相近病毒為同種病毒的3個基因型,而HN27-1株與另一株相近病毒為同種病毒的不同毒株。用宏基因組學技術檢測了 2份麻鴨產(chǎn)蛋下降病例的腸道樣品,獲得1672條contig序列,其中255條(15.25%)匹配至小雙節(jié)RNA病毒(Picobirnavirus,PBV),10條(0.60%)匹配至輪狀病毒(Rotavirus,RV),2條(0.12%)匹配至微RNA病毒。從PBV序列中選全長或接近全長的基因序列進行分析,包括19株PBV的S1片段和11株PBV的S2片段。同源性分析結(jié)果顯示,在衣殼蛋白區(qū),19株PBV的氨基酸序列同源性為16.07-51.89%,與其他PBV的同源性為15.12-40.46%;在RdRp區(qū),11株PBV的氨基酸序列同源性為47.73-70.65%。結(jié)合遺傳演化分析結(jié)果,可見鴨源PBV均屬基因Ⅰ群,但表現(xiàn)出高度變異性。測定了鴨源輪狀病毒LH530株7個基因節(jié)段的部分序列。同源性分析顯示,在所測基因節(jié)段,LH530株均與輪狀病毒D(RVD)的氨基酸序列同源性最高,分別為 94.70-95.42%(VP1)、96.99-97.19%(VP2)、83.28-83.44%(VP3)、73.02-73.62%(VP4)、62.01-62.66%(VP7)、86.00-86.03%(NSP2)和 72.95-75.85%(NSP3)。進化分析結(jié)果表明,LH530株與雞源RVD聚為相同的進化分支,但亦存在明顯差距,屬于RVD的一個新基因型。結(jié)果表明,麻鴨可感染多種RNA病毒。
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【學位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：S852.65

【參考文獻】

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1 YANG Peng Fei;YAN Qing Li;LIU Chun Cheng;XING Ya Dong;ZHANG Min Hui;GAO Qiang;YU Hao;YAO Hai Bo;HE Nan Jiang;;Characterization of Avian Influenza A(H7N9) Virus Prevalence in Humans and Poultry in Huai′an,China:Molecular Epidemiology,Phylogenetic,and Dynamics Analyses[J];Biomedical and Environmental Sciences;2016年10期

2 寧康;王丹;王府民;劉寧;張冰;張大丙;;櫻桃谷北京鴨短喙和侏儒綜合征的初步研究[J];中國獸醫(yī)雜志;2015年10期

3 顏丕熙;李國新;吳曉剛;閆麗萍;滕巧泱;李澤君;;應用套式RT-PCR快速檢測鴨坦布蘇病毒[J];中國動物傳染病學報;2011年03期

4 黃瑜;傅光華;施少華;萬春和;程龍飛;江斌;陳紅梅;林芳;林建生;張大丙;;新致病型鴨呼腸孤病毒的分離鑒定[J];中國獸醫(yī)雜志;2009年12期

5 陳少鶯;陳仕龍;林鋒強;江斌;王劭;程曉霞;朱小麗;張世忠;李兆龍;程由銓;;一種新的鴨病(暫名鴨出血性壞死性肝炎)病原學研究初報[J];中國農(nóng)學通報;2009年16期

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1 王笑言;鴨產(chǎn)蛋下降相關新病毒的分子鑒定與生物學特性研究[D];中國農(nóng)業(yè)大學;2015年

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本文編號：1383110