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線粒體異質(zhì)性對應(yīng)用DNA條形碼鑒定物種和評估生物多樣性的影響

發(fā)布時(shí)間:2024-05-14 19:44
  使用通用引物擴(kuò)增榕小蜂cox1基因,對同一個體的cox1擴(kuò)增片段同時(shí)使用一代測序方式(Sanger測序)與二代測序方式(Illumina Miseq測序)測序,并分析了:(1)基于Sanger測序的DNA條形碼分析;(2)基于Illumina Miseq擴(kuò)增子測序的線粒體異質(zhì)性分析;(3)結(jié)合Sanger測序與Illumina Miseq擴(kuò)增子測序結(jié)果,分析線粒體異質(zhì)性對DNA條形碼的影響;(4)使用高通量測序所得線粒體異質(zhì)性序列,模擬DNA宏條形碼評估多樣性分析,以了解線粒體線粒體異質(zhì)性對DNA條形碼評估生物多樣性的而影響;(5)基于多種方式驗(yàn)證了線粒體異質(zhì)性的真實(shí)性,而非Numts的干擾。主要結(jié)果如下:1.基于Sanger測序的DNA條形碼分析。以形態(tài)鑒定為基礎(chǔ),通過Sanger測序逐頭獲取隸屬于3科5亞科10屬28種,154頭榕小蜂的DNA條形碼。通過檢查序列中是否含有終止密碼子,發(fā)現(xiàn)其中3頭標(biāo)本所獲取的DNA序列為Numts;通過構(gòu)建NJ進(jìn)化樹,發(fā)現(xiàn)其中5頭標(biāo)本所獲取的DNA序列可能來自實(shí)驗(yàn)過程中的交叉污染。最后有28個物種146頭標(biāo)本的DNA條形碼用于后續(xù)分析。經(jīng)計(jì)算DNA條...

【文章頁數(shù)】:138 頁

【學(xué)位級別】:博士

【部分圖文】:

圖1-1.2003年以來,NCBI核酸數(shù)據(jù)庫中真核生物COI記錄數(shù)量以及記錄物種數(shù)量不斷增長[15]

圖1-1.2003年以來,NCBI核酸數(shù)據(jù)庫中真核生物COI記錄數(shù)量以及記錄物種數(shù)量不斷增長[15]

第一章文獻(xiàn)綜述3圖1-1.2003年以來,NCBI核酸數(shù)據(jù)庫中真核生物COI記錄數(shù)量以及記錄物種數(shù)量不斷增長[15]Figure1-1.ThenumberofEukaryoteCOIrecordsanduniquespeciesintheNCBInucleotidedatabas....


圖1-2.Astraptesfulgerator的成蟲(a)及幼蟲(b)[24]

圖1-2.Astraptesfulgerator的成蟲(a)及幼蟲(b)[24]

河北大學(xué)博士學(xué)位論文4通過對蝴蝶Astraptesfulgerator的DNA條形碼分析,發(fā)現(xiàn)這些標(biāo)本的DNA條形碼聚為多支;隨后Hebert根據(jù)DNA條形碼的聚類結(jié)果,進(jìn)一步詳細(xì)分析了不同聚類樣本的生物學(xué)特征,例如幼蟲形態(tài),取食特點(diǎn)以及生活環(huán)境,最終確認(rèn)蝴蝶Astraptesf....


圖1-3.蝗蟲(A)與鰲蝦(B)中Numts對DNA條形碼的影響[33]

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河北大學(xué)博士學(xué)位論文6圖1-3.蝗蟲(A)與鰲蝦(B)中Numts對DNA條形碼的影響[33]Figure1-3.EffectofNumtsonDNABarcodeingrasshoppers(A)andcrayfish(B)其中,紅色支系為Numts,其余支系為真正的線粒體DN....


圖1-4.DNA條形碼gap示意圖

圖1-4.DNA條形碼gap示意圖

第一章文獻(xiàn)綜述7圖1-4.DNA條形碼gap示意圖Figure1-4.SchematicoftheInferredBarcodingGapDNA條形碼種內(nèi)差異為紅色,DNA條形碼種間差異為黃色。(A)示意了理想的DNA條形碼鑒定情況,種內(nèi)/種間差異分布完全分離,存在gap;(B)....



本文編號:3973398

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