使用通用引物擴(kuò)增榕小蜂cox1基因,對同一個體的cox1擴(kuò)增片段同時(shí)使用一代測序方式(Sanger測序)與二代測序方式(Illumina Miseq測序)測序,并分析了:(1)基于Sanger測序的DNA條形碼分析;(2)基于Illumina Miseq擴(kuò)增子測序的線粒體異質(zhì)性分析;(3)結(jié)合Sanger測序與Illumina Miseq擴(kuò)增子測序結(jié)果,分析線粒體異質(zhì)性對DNA條形碼的影響;(4)使用高通量測序所得線粒體異質(zhì)性序列,模擬DNA宏條形碼評估多樣性分析,以了解線粒體線粒體異質(zhì)性對DNA條形碼評估生物多樣性的而影響;(5)基于多種方式驗(yàn)證了線粒體異質(zhì)性的真實(shí)性,而非Numts的干擾。主要結(jié)果如下:1.基于Sanger測序的DNA條形碼分析。以形態(tài)鑒定為基礎(chǔ),通過Sanger測序逐頭獲取隸屬于3科5亞科10屬28種,154頭榕小蜂的DNA條形碼。通過檢查序列中是否含有終止密碼子,發(fā)現(xiàn)其中3頭標(biāo)本所獲取的DNA序列為Numts;通過構(gòu)建NJ進(jìn)化樹,發(fā)現(xiàn)其中5頭標(biāo)本所獲取的DNA序列可能來自實(shí)驗(yàn)過程中的交叉污染。最后有28個物種146頭標(biāo)本的DNA條形碼用于后續(xù)分析。經(jīng)計(jì)算DNA條...

【文章頁數(shù)】：138 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖1-1.2003年以來，NCBI核酸數(shù)據(jù)庫中真核生物COI記錄數(shù)量以及記錄物種數(shù)量不斷增長[15]

第一章文獻(xiàn)綜述3圖1-1.2003年以來，NCBI核酸數(shù)據(jù)庫中真核生物COI記錄數(shù)量以及記錄物種數(shù)量不斷增長[15]Figure1-1.ThenumberofEukaryoteCOIrecordsanduniquespeciesintheNCBInucleotidedatabas....

圖1-2.Astraptesfulgerator的成蟲(a)及幼蟲(b)[24]

河北大學(xué)博士學(xué)位論文4通過對蝴蝶Astraptesfulgerator的DNA條形碼分析，發(fā)現(xiàn)這些標(biāo)本的DNA條形碼聚為多支；隨后Hebert根據(jù)DNA條形碼的聚類結(jié)果，進(jìn)一步詳細(xì)分析了不同聚類樣本的生物學(xué)特征，例如幼蟲形態(tài)，取食特點(diǎn)以及生活環(huán)境，最終確認(rèn)蝴蝶Astraptesf....

圖1-3.蝗蟲(A)與鰲蝦（B）中Numts對DNA條形碼的影響[33]

河北大學(xué)博士學(xué)位論文6圖1-3.蝗蟲(A)與鰲蝦（B）中Numts對DNA條形碼的影響[33]Figure1-3.EffectofNumtsonDNABarcodeingrasshoppers(A)andcrayfish(B)其中，紅色支系為Numts，其余支系為真正的線粒體DN....

圖1-4.DNA條形碼gap示意圖

第一章文獻(xiàn)綜述7圖1-4.DNA條形碼gap示意圖Figure1-4.SchematicoftheInferredBarcodingGapDNA條形碼種內(nèi)差異為紅色，DNA條形碼種間差異為黃色。（A）示意了理想的DNA條形碼鑒定情況，種內(nèi)/種間差異分布完全分離，存在gap；（B）....

本文編號：3973398