發(fā)布時間：2018-03-24 16:01

  本文選題：水稻　切入點(diǎn)：DNA錯配修復(fù)　出處：《中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院》2017年博士后論文

【摘要】：水稻是作物基因組研究的一種模式生物。早期水稻基因組相關(guān)的研究主要致力于尋找與重要農(nóng)藝性狀相關(guān)的基因組中變異,克隆相關(guān)的功能基因。以高質(zhì)量的參考基因組序列為基礎(chǔ),利用高通量測序技術(shù)的各種組學(xué)分析,為從基因型到表型之間的多個環(huán)節(jié)的研究提供了便利,如了解DNA本身的變異、DNA甲基化、組蛋白甲基化、與蛋白質(zhì)互作的DNA區(qū)域、基因的表達(dá)調(diào)控等。本文對采用高通量測序技術(shù),針對不同目的而產(chǎn)生的多種組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,從而:1)解析了天優(yōu)華占的優(yōu)良性狀相關(guān)的遺傳基礎(chǔ),通過親本間SNP/InDel分析及對基因功能影響的比較分析,在華占/天豐、華占/熱研和天豐/熱研三個組合間分別找到了 1318、3918和3890個可以互補(bǔ)的候選基因,并對120個華占/熱研經(jīng)雜交/.自交得到的重組自交系進(jìn)行重測序,構(gòu)建基因分型圖(bin圖),對與株型、產(chǎn)量和抗性相關(guān)的 17 個性狀的 QTL;2)通過 RNA-seq、CHIP-seq、BS-seq 和DNA重測序分析了“草稻”中與多分蘗表型(DNA錯配修復(fù)系統(tǒng)發(fā)生突變的突變體)相關(guān)的基因的表達(dá)變化、基因組中組蛋白結(jié)合區(qū)的變化、DNA甲基化變化和DNA變異分別找到了 43、434、301和1881個與突變表型相對應(yīng)的候選基因。
[Abstract]:Rice is a model organism in crop genome research. Early rice genome-related studies focused on searching for genomic variations related to important agronomic traits. Cloning of related functional genes. Based on high-quality reference genomic sequences, various genomics analyses using high-throughput sequencing techniques have facilitated the study of multiple links from genotypes to phenotypes, For example, to understand the methylation of DNA itself, histone methylation, DNA region interacting with protein, gene expression regulation and so on. Thus, the genetic basis of the relationship between the excellent traits of Tian you Hua Zhan was analyzed. Through the SNP/InDel analysis among parents and the comparative analysis of the effect on gene function, they were found in China / Tianfeng. Among the three combinations, Huazhen / Reyan and Tianfeng / Reyan, 1318N3918 and 3890 complementary candidate genes were found respectively, and 120 recombinant inbred lines were sequenced. Construction of genotyping map bin map, pairing with plant type, QTL2 (17 traits related to yield and resistance) was used to analyze the expression changes of genes related to mutants with multiple tillering phenotype and mismatch repair system by RNA-seqnCHIP-seqBS-seq and DNA resequencing. The variation of histone binding region and DNA mutation found 43434301 and 1881 candidate genes corresponding to the mutant phenotype, respectively.
【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】：博士后
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：Q943.2

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本文編號：1659009