酶參與催化生命體內(nèi)的各種代謝反應(yīng)。相比于傳統(tǒng)催化劑,酶的顯著優(yōu)點包括高效性、催化反應(yīng)專一性以及反應(yīng)條件溫和等。隨著酶學(xué)的不斷發(fā)展,酶已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、食品、輕工、環(huán)保以及相關(guān)科研領(lǐng)域。近年來,隨著化學(xué)手段、結(jié)構(gòu)生物學(xué)、生物信息學(xué)和基因操作等技術(shù)的發(fā)展,科研工作者可以對酶分子進(jìn)行修飾、改造、設(shè)計和開發(fā),使其滿足醫(yī)藥和工農(nóng)業(yè)的需求。因此,深入研究酶的結(jié)構(gòu)、性質(zhì)、功能和催化機理不僅有助于闡明生命現(xiàn)象的本質(zhì)、理解酶的生物學(xué)功能,對于拓展酶的應(yīng)用和發(fā)展酶工程也具有十分重要的意義。在酶學(xué)研究中,使用實驗方法可以得到酶促反應(yīng)的反應(yīng)速率、酶蛋白的晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、動力學(xué)參數(shù)、突變結(jié)果等數(shù)據(jù)。而理論計算則能夠給出實驗上難以捕獲的過渡態(tài)和中間體結(jié)構(gòu),以及反應(yīng)過程中所涉及的能量學(xué)信息等,對實驗結(jié)果進(jìn)行補充和解釋。隨著計算機技術(shù)和算法開發(fā)的不斷發(fā)展,計算化學(xué)在大尺度生物化學(xué)體系的研究中已經(jīng)成為一個重要的工具。本論文使用分子對接方法、分子動力學(xué)模擬以及量子力學(xué)與分子力學(xué)結(jié)合（QM/MM）方法對幾類非血紅素氧化酶體系進(jìn)行了系統(tǒng)的理論研究。本文所涉及到的氧化酶均含有金屬輔酶因子。由于金屬酶分布廣泛,并且金屬離子的電... 

【文章頁數(shù)】：195 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１－１酶促反應(yīng)（實線）和非酶反應(yīng)（虛線）所對應(yīng)的活化能??

圖２－１底物分子對接進(jìn)入諾加霉素合成酶ＳｎｏＫ的活性位點中（ＰＤＢ編號５ＥＰＡ）??

圖２－２?ＱＭ／ＭＭ計算中的ＱＭ區(qū)和ＭＭ區(qū)??


本文編號：3664306