本文關(guān)鍵詞：Pseudomonas sp.C27反硝化脫硫的蛋白質(zhì)組學(xué)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《中國(guó)化學(xué)會(huì)第二屆全國(guó)質(zhì)譜分析學(xué)術(shù)報(bào)告會(huì)會(huì)議摘要集》2015年

pQuant:蛋白質(zhì)組學(xué)定量數(shù)據(jù)解析軟件

劉超  宋春青  袁作飛  遲浩  付巖  王樂(lè)珩  賀思敏  董夢(mèng)秋  孫瑞祥  

【摘要】：蛋白質(zhì)定量是蛋白質(zhì)組學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容,而定量數(shù)據(jù)解析是其中最關(guān)鍵的環(huán)節(jié)之一。我們開(kāi)發(fā)了相關(guān)軟件pQuant,主要支持基于一級(jí)譜圖信息的標(biāo)記定量實(shí)驗(yàn),如SILAC標(biāo)記實(shí)驗(yàn)、15N標(biāo)記實(shí)驗(yàn)等的數(shù)據(jù)解析。pQuant在定量算法上的特點(diǎn)是針對(duì)現(xiàn)在復(fù)雜樣品中普遍存在的近質(zhì)量共洗脫肽段信號(hào)互相干擾的問(wèn)題,為肽段輕、重標(biāo)形式的每個(gè)同位素峰重構(gòu)色譜曲線,而后挑選干擾最小的色譜曲線計(jì)算比值。如圖1所示,藍(lán)色曲線、紅色曲線分別是肽段輕標(biāo)、重標(biāo)形式的同位素峰色譜曲線。預(yù)期比值應(yīng)該是1:1。肽段重標(biāo)形式的單同位素峰曲線受到了干擾,如果選取該曲線計(jì)算比值,會(huì)得到2.5:1的不準(zhǔn)確比值。pQuant對(duì)各曲線受干擾程度進(jìn)行了分析,選擇輕標(biāo)的單同位素峰曲線、重標(biāo)的第一同位素峰曲線去計(jì)算比值,得到準(zhǔn)確的結(jié)果。pQuant與Census[1]、Max Quant[2]在7種混合比例(1:1,1:2,1:5,1:10,10:1,5:1和2:1)的SILAC標(biāo)記的He La細(xì)胞樣品上對(duì)比了結(jié)果。Census報(bào)告的肽段"非數(shù)"比值能占到總結(jié)果數(shù)目的2.5%到10.7%,Max Quant報(bào)告的肽段"非數(shù)"比值能占到總結(jié)果數(shù)目的 1.8%到2.7%,而pQuant只有0.01%到0.5%。除去肽段"非數(shù)"比值,對(duì)比其他比值的標(biāo)準(zhǔn)差,Census和MaxQ uant比pQuant大30%到100%。pQuant定量精度有明顯的提高[3]。

【作者單位】：
【基金】：國(guó)家973項(xiàng)目(2012CB910602,2011YQ09000506,2010CB912701) 中科院知識(shí)創(chuàng)新工程(KGCX1-YW-13)資助
【分類號(hào)】：Q51;TP319
【正文快照】：

圖1 p Quant精確定量示意圖pQuant:蛋白質(zhì)組學(xué)定量數(shù)據(jù)解析軟件@劉超$中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所中國(guó)科學(xué)院智能信息處理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室!北京100190 @宋春青$北京生命科學(xué)研究所!北京102206 @袁作飛$中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所中國(guó)科學(xué)院智能信息處理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室!北京100190 @

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6 郝成濤;[N];中國(guó)醫(yī)藥報(bào);2009年

7 通訊員 郝成濤;[N];科技日?qǐng)?bào);2009年

8 本報(bào)記者 劉莉;[N];科技日?qǐng)?bào);2007年

9 吳志軍 王東根;[N];科技日?qǐng)?bào);2003年

10 記者 項(xiàng)錚;[N];科技日?qǐng)?bào);2002年

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