本文關(guān)鍵詞：6q24-25.1區(qū)域新STR基因座及其在法醫(yī)學和胃癌LOH研究中的應用

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【摘要】：背景和目的 STR是廣泛存在于人類基因組中的一類具有高度多態(tài)性的短串聯(lián)重復序列,又稱為微衛(wèi)星DNA。作為第二代遺傳標記,STR己被廣泛地應用于個體識別、親權(quán)鑒定、精細遺傳圖的構(gòu)建、連鎖不平衡性分析、腫瘤抑癌基因的雜合性缺失、疾病基因定位和器官移植等領(lǐng)域。在群體遺傳學中的STR多態(tài)性研究構(gòu)成了法醫(yī)學應用的基礎(chǔ),STR分析極大地拓寬了法醫(yī)物證檢驗范圍。腫瘤抑癌基因通常通過二次打擊機制而失活,即一個等位基因發(fā)生了突變,另一個等位基因發(fā)生了雜合性缺失。雜合性缺失是在大部分實體瘤的基因組中發(fā)現(xiàn)的一種普遍的遺傳學改變。非隨機區(qū)域的雜合性缺失可能意味著在此區(qū)域存在有抑癌基因,它的缺失能促進腫瘤的發(fā)生和進展,因此它或許有癌變發(fā)生、發(fā)展的預后征兆的意義。 本課題旨在查找6號染色體6q24-25.1區(qū)域上新的STR基因座,為法醫(yī)學和腫瘤學等各領(lǐng)域的應用提供更多可供選擇的STR遺傳標記；調(diào)查6q24-25.1區(qū)域上新的STR基因座在河南漢族群體中的遺傳多態(tài)性,評價其法醫(yī)學應用價值。同時我們用6q24-25.1區(qū)域上的4個新查找的STR標記檢測了30例胃癌標本的LOH情況,以求進一步闡明胃癌發(fā)病的分子學機制。 方法 尋找人類6號染色體6q24-25.1區(qū)域中新的STR基因座,選擇重復單位為四核苷酸的微衛(wèi)星,利用Primer3軟件設(shè)計引物;應用降溫PCR方法對基因座進行擴增,電泳分型。優(yōu)化其擴增條件,在群體內(nèi)查找不同的等位基因,構(gòu)建等位基因分型標準物。調(diào)查6號染色體上新發(fā)現(xiàn)的STR基因座在河南漢族群體中的等位基因頻率。利用PowerStats vl.2軟件分析結(jié)果,獲得群體遺傳學數(shù)據(jù),計算個體識別概率(PD),非父排除率(PE),多態(tài)信息含量(PIC)、等位基因頻率(frequency)、雜合度(H)等法醫(yī)學參數(shù)。 選取6q24-25.1區(qū)域上的4個STR標記,對腫瘤組織和正常對照組織進行聚合酶鏈式(PCR)反應,非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分析,以檢測LOH發(fā)生情況。 結(jié)果 通過對6號染色體DNA序列的查找,我們發(fā)現(xiàn)了14個新的STR基因座,其中6個基因座的PD值、H和PIC較高且易于準確分型,分別命名為：D6SZ2、D6SZ6、D6SZ7、D6SZ8、D6SZ9、D6SZ12,其擴增片段分別是219bp、150bp、167bp、234bp、246bp、193bp(參考序列)。在河南漢族群體中這6個STR基因座分別檢出6、6、7、4、7、5個等位基因,H值分別為0.555、0.555、0.585、0.712、0.667、0.750,PD值分別是0.857、0.811、0.821、0.803、0.829、0.827,PIC分別是0.65、0.57、0.62、0.60、0.61、0.64。 用其中4個STR遺傳標記對30例成對胃癌和正常對照組織的LOH的結(jié)果發(fā)現(xiàn),30例胃癌樣本中有3份樣本發(fā)生了LOH,其中位于6q24.2的D6SZ7發(fā)生LOH的頻率最高,達到15.0%,其次為6q24.1的D6SZ2(11.1%),6q24.2的D6SZ8(9.09%),6q24.2的D6SZ9(6.25%) 結(jié)論 利用6q24-25.1區(qū)域上的DNA序列信息,我們查找到了6個多態(tài)性較好、易于準確分型的STR基因座,可應用于法醫(yī)物證學檢驗和人類遺傳學研究中。在此區(qū)域上有一個候選抑癌基因PLAGL1,且在胃癌標本中發(fā)生了低頻率的LOH。
【學位授予單位】：鄭州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2011
【分類號】：D919;R735.2

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本文編號：1210611