隨著對(duì)植物內(nèi)生菌研究的不斷深入,發(fā)現(xiàn)植物體內(nèi)不僅具有非常豐富的微生物資源,而且這些內(nèi)生菌本身還具有一定的有益功能,如促生、防病、降解有機(jī)污染物等,具有良好的農(nóng)業(yè)應(yīng)用前景。關(guān)于植物微生物組研究的難點(diǎn)之一是如何確定其核心微生物組,現(xiàn)有研究證實(shí),植物種子內(nèi)存在著豐富的細(xì)菌群落,這些群落可能會(huì)成為下一代植物內(nèi)生細(xì)菌的來(lái)源,并在世代間進(jìn)行傳播。相對(duì)于植物的根際和葉際微生物,種子作為種子植物的繁殖器官,對(duì)其相關(guān)微生物的研究至今還十分薄弱,特別是對(duì)其種子內(nèi)生細(xì)菌的研究尤為落后。本課題利用Illumina高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)6個(gè)基因型的水稻親代種子和其子代水稻根、莖、種子內(nèi)生細(xì)菌及根際細(xì)菌進(jìn)行調(diào)查,揭示水稻基因型與環(huán)境對(duì)水稻根、莖、種子內(nèi)生細(xì)菌及根際細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)與多樣性的影響,并確定水稻種子內(nèi)生細(xì)菌核心微生物菌群。此外,利用來(lái)源追蹤方法探討水稻內(nèi)生細(xì)菌的來(lái)源,從而探討水稻內(nèi)生細(xì)菌是否可以垂直傳播及其來(lái)源途徑。取得了如下主要結(jié)果:a)基因型與環(huán)境對(duì)水稻內(nèi)生細(xì)菌的影響:水稻各組織內(nèi)生細(xì)菌α-多樣性Shannon、Simpson和Chao指數(shù)以及主坐標(biāo)分析結(jié)果顯示:基因型對(duì)水稻根際細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)沒有顯著影響,但對(duì)...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1水稻種子表面滅菌效果檢測(cè)Figure2.1Detectionofsterilizationeffectonsurfaceofriceseeds

圖2.1水稻種子表面滅菌效果檢測(cè)ure2.1Detectionofsterilizationeffectonsurfaceofrice與檢測(cè)SPINKitforSoil提取DNA，具體方法如下品放入無(wú)菌研缽中，加液氮研磨至粉狀，之sohat....

圖2.21%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物Figure2.2DetectionofPCRproductsby1%agarosegelelectrophoresis

內(nèi)生細(xì)菌與根際、散土細(xì)菌16SrRNA基因利用帶有60(CCAGCAGCCGCGGTAAT)和783R(ACCMGGGT進(jìn)行擴(kuò)增。配制50μLPCR體系：Mix25μL，534F與70μL；PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性3min；94℃變性....

圖2.31%瓊脂糖凝膠電泳對(duì)純化產(chǎn)物進(jìn)行凈光密度大小的檢測(cè)Figure2.3DetectionofnetopticaldensityofpurifiedPCRproductsby1%agarosegelelectrophoresis

碩士學(xué)位論文第二章實(shí)驗(yàn)材料膠回收產(chǎn)物重新進(jìn)行1%瓊脂糖凝膠電泳。據(jù)每個(gè)樣品純化產(chǎn)物的濃度與純樣品的凈光密度值（圖2.3）。由于目的條帶約300bp，因此以marker250b密度值等于1，將全部樣品凈光密度值進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化（樣品凈光密度值/mark度值），之后將凈光密度值....

圖2.4Illumina測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程

12圖2.4Illumina測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程Figure2.4TheIlluminasequencingpipelineofGalaxy高通量原始數(shù)據(jù)的處理主要在中國(guó)科學(xué)院生態(tài)環(huán)境研究中心鄧曄研究員數(shù)據(jù)分析Galaxy網(wǎng)站進(jìn)行(http://159.22....

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